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15216105346金蟲(chóng) (著名寫手)
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為什么修改Dreiding力場(chǎng)形式用文獻(xiàn)的勢(shì)參數(shù)，體系勢(shì)能大的離譜！ 已有1人參與
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我把Dreiding力場(chǎng)的默認(rèn)L_J-12-6形式改成需要的Buckingham形式，勢(shì)參數(shù)選用某篇文獻(xiàn)，最后使用自己改進(jìn)的力場(chǎng)對(duì)體系進(jìn)行幾何優(yōu)化， 發(fā)現(xiàn)體系無(wú)論在優(yōu)化前還是優(yōu)化后都大的離奇，71707286144820604000000000000000000000000000000000000000.000000 kcal/mol。 請(qǐng)問(wèn)哪里錯(cuò)了，是不是修改Dreiding力場(chǎng)過(guò)程中有什么問(wèn)題？還是別的什么 Forcite ------- Task : Geometry Optimization Version : 7.0 Build date : Nov 12 2013 Host : xuzhenming Threads : Parallel 4 Operating system : Windows Task started : Tue Jan 27 23:43:32 2015 ---- Geometry optimization parameters ---- Algorithm : Smart Convergence tolerance: Energy : 0.001 kcal/mol Force : 0.5 kcal/mol/A Dreiding ---- Energy parameters ---- Forcefield : \xuzhenming（Dreiding的改動(dòng)） Charges : Charge using QEq Electrostatic terms: Summation method : Ewald Accuracy : 0.001 kcal/mol Buffer width : 0.5 A van der Waals terms: Summation method : Atom based Truncation method : Cubic spline Cutoff distance : 12.5 A Spline width : 1 A Long range correction : YES Buffer width : 0.5 A ---- Initial structure ---- Total enthalpy : 71707286144820604000000000000000000000000000000000000000.000000 kcal/mol External pressure term : 0.000000 kcal/mol Total energy : 71707286144820600000000000000000000000000000000000000000.000000 kcal/mol Contributions to total energy (kcal/mol): Non-bond energy : 71707286144820600000000000000000000000000000000000000000.000 van der Waals : 20608469379.584 Long range correction : 71707286144820600000000000000000000000000000000000000000.000 Electrostatic : -1033129.589 rms force : 6.592E+004 kcal/mol/A max force : 2.059E+005 kcal/mol/A Cell parameters: a: 33.799800 A b: 33.763800 A c: 47.771400 A alpha: 90.000 deg beta: 90.000 deg gamma: 90.000 deg WARNING No progress. Optimization with current method stopped. ---- Final structure ---- Total enthalpy : 71707286144820604000000000000000000000000000000000000000.000000 kcal/mol External pressure term : 0.000000 kcal/mol Total energy : 71707286144820600000000000000000000000000000000000000000.000000 kcal/mol Contributions to total energy (kcal/mol): Non-bond energy : 71707286144820600000000000000000000000000000000000000000.000 van der Waals : 20029421699.475 Long range correction : 71707286144820600000000000000000000000000000000000000000.000 Electrostatic : 91604.397 rms force : 7.466E+004 kcal/mol/A max force : 4.661E+005 kcal/mol/A Cell parameters: a: 33.799800 A b: 33.763800 A c: 47.771400 A alpha: 90.000 deg beta: 90.000 deg gamma: 90.000 deg WARNING Convergence criteria are not satisfied. 范德華項(xiàng).jpg 庫(kù)倫項(xiàng).jpg 我的目標(biāo)勢(shì)函數(shù)形式.png |
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單位不會(huì)存在問(wèn)題的，文獻(xiàn)是原子單位a.u，我已經(jīng)轉(zhuǎn)換成kcal/mol了。 剛用這個(gè)修改的力場(chǎng)跑完動(dòng)力學(xué)，結(jié)果震驚了，密度未變（為晶體密度），溫度始終為0，壓強(qiáng)超大。。晶體熔融后原子盡然分層，幫我再利用這些信息分析一下錯(cuò)在哪里？ ---- Dynamics parameters ---- Ensemble : NPT Temperature : 1300.00 K Control method : Nose Q ratio : 0.0100000 Pressure : 0.0001 GPa Control method : Berendsen Decay constant : 0.1000000 ps Timestep : 1.00 fs Number of steps : 100000 Duration : 100 ps Initial velocities : Random Random number seed : 1422376112 ---- Energy parameters ---- Forcefield : \xuzhenming Charges : Charge using QEq Electrostatic terms: Summation method : Ewald Accuracy : 0.001 kcal/mol Buffer width : 0.5 A van der Waals terms: Summation method : Atom based Truncation method : Cubic spline Cutoff distance : 12.5 A Spline width : 1 A Long range correction : YES Buffer width : 0.5 A ---- Thermostat ---- Nose mass parameter, Q mass: 334.727 kcal/mol*ps^2 ---- Dynamics summary ---- Initial Final Average Std. Dev. ------- ----- ------- --------- Tot. energy (kcal/mol) 71707286144820600000000000000000000000000000000000000000.000 71707286144820600000000000000000000000000000000000000000.000 71707286144820600000000000000000000000000000000000000000.000 0.000 Pot. energy (kcal/mol) 71707286144820600000000000000000000000000000000000000000.000 71707286144820600000000000000000000000000000000000000000.000 71707286144820600000000000000000000000000000000000000000.000 0.000 Kin. energy (kcal/mol) 16736.333 0.000 1674.217 523823.583 Tot. enthalpy (kcal/mol) 143414572289641230000000000000000000000000000000000000000.000 143414572289641230000000000000000000000000000000000000000.000 143414572289641230000000000000000000000000000000000000000.000 0.000 Temperature (K) 1300.000 0.000 130.045 40688.165 Pressure (GPa) 9138409243595302800000000000000000000000000000000000.000 9138409243595302800000000000000000000000000000000000.000 9138409243595302800000000000000000000000000000000000.000 0.000 Volume (A^3) 54517.184 54517.184 54517.184 0.000 Density (g/cm^3) 2.762 2.762 2.762 0.000 Task terminated : Wed Jan 28 10:24:16 2015 Total CPU time used by Forcite: 9:13:32 hours (33211.5s) Termination status : Normal 密度始終為晶體密度.jpg 溫度始終為0.jpg 原子分層.jpg |
3樓2015-01-28 10:55:29
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只考慮Na、Al、F這三種元素。 謝謝��！ 勢(shì)參數(shù)，原子單位.gif 文獻(xiàn)參數(shù)形式.jpg |
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2015-01-28 11:11:42, 1005.86 K
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buckingham里的β單位是A^-1，文獻(xiàn)里是a.u.，你需要轉(zhuǎn)換一下 下面的數(shù)據(jù)是我試著轉(zhuǎn)的 你看看對(duì)不對(duì) 我取一個(gè)NaF的晶胞（4.6A*4.6A*4.6A)，簡(jiǎn)單計(jì)算下，標(biāo)準(zhǔn)dreiding力場(chǎng)NVT 1300K，平衡10fs 取最后一幀計(jì)算energy，van der waals，dreiding的結(jié)果是126.68kJ/mol，換buckingham修改后的是66.082，compass是89.395 buckingham修改后的和compass結(jié)果還是接近的，也沒(méi)有出現(xiàn)很離譜的數(shù)值，計(jì)算后的β應(yīng)該是合理的 Electrostatic我全刪掉了，不刪掉也不影響van der waals 我猜主要是你的β數(shù)值問(wèn)題，你可以修改后再看看 （NVT系綜密度肯定是不變的） |
6樓2015-01-28 16:50:20
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