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北京石油化工學(xué)院2026年研究生招生接收調(diào)劑公告

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[求助] 為什么修改Dreiding力場(chǎng)形式用文獻(xiàn)的勢(shì)參數(shù)，體系勢(shì)能大的離譜！已有1人參與

我把Dreiding力場(chǎng)的默認(rèn)L_J-12-6形式改成需要的Buckingham形式，勢(shì)參數(shù)選用某篇文獻(xiàn)，最后使用自己改進(jìn)的力場(chǎng)對(duì)體系進(jìn)行幾何優(yōu)化，發(fā)現(xiàn)體系無論在優(yōu)化前還是優(yōu)化后都大的離奇，71707286144820604000000000000000000000000000000000000000.000000 kcal/mol。

請(qǐng)問哪里錯(cuò)了，是不是修改Dreiding力場(chǎng)過程中有什么問題？還是別的什么

Forcite
-------
Task          : Geometry Optimization
Version       : 7.0
Build date    : Nov 12 2013
Host          : xuzhenming
Threads       : Parallel 4
Operating system : Windows
Task started    : Tue Jan 27 23:43:32 2015

---- Geometry optimization parameters ----

Algorithm                      : Smart
Convergence tolerance:
  Energy                      : 0.001 kcal/mol
  Force                      : 0.5 kcal/mol/A
Dreiding

---- Energy parameters ----

Forcefield                   : \xuzhenming（Dreiding的改動(dòng)）
Charges                      : Charge using QEq
Electrostatic terms:
  Summation method             : Ewald
  Accuracy                   : 0.001 kcal/mol
  Buffer width                : 0.5 A

van der Waals terms:
  Summation method             : Atom based
  Truncation method          : Cubic spline
  Cutoff distance             : 12.5 A
  Spline width                : 1 A
  Long range correction       : YES
  Buffer width                : 0.5 A

---- Initial structure ----

Total enthalpy                : 71707286144820604000000000000000000000000000000000000000.000000 kcal/mol
  External pressure term       : 0.000000 kcal/mol

Total energy                   : 71707286144820600000000000000000000000000000000000000000.000000 kcal/mol

Contributions to total energy (kcal/mol):
  Non-bond energy             : 71707286144820600000000000000000000000000000000000000000.000
van der Waals             : 20608469379.584
Long range correction    : 71707286144820600000000000000000000000000000000000000000.000
Electrostatic             : -1033129.589

rms force  : 6.592E+004 kcal/mol/A
max force  : 2.059E+005 kcal/mol/A

Cell parameters: a:  33.799800 A b:  33.763800 A c:  47.771400 A
            alpha:  90.000 deg  beta:  90.000 deg gamma:  90.000 deg
WARNING No progress. Optimization with current method stopped.

---- Final structure ----

Total enthalpy                : 71707286144820604000000000000000000000000000000000000000.000000 kcal/mol
  External pressure term       : 0.000000 kcal/mol

Total energy                   : 71707286144820600000000000000000000000000000000000000000.000000 kcal/mol

Contributions to total energy (kcal/mol):
  Non-bond energy             : 71707286144820600000000000000000000000000000000000000000.000
van der Waals             : 20029421699.475
Long range correction    : 71707286144820600000000000000000000000000000000000000000.000
Electrostatic             :    91604.397

rms force  : 7.466E+004 kcal/mol/A
max force  : 4.661E+005 kcal/mol/A

Cell parameters: a:  33.799800 A b:  33.763800 A c:  47.771400 A
            alpha:  90.000 deg  beta:  90.000 deg gamma:  90.000 deg

WARNING Convergence criteria are not satisfied.

范德華項(xiàng).jpg

為什么修改Dreiding力場(chǎng)形式用文獻(xiàn)的勢(shì)參數(shù)，體系勢(shì)能大的離譜！-1

庫倫項(xiàng).jpg

為什么修改Dreiding力場(chǎng)形式用文獻(xiàn)的勢(shì)參數(shù)，體系勢(shì)能大的離譜！-2

我的目標(biāo)勢(shì)函數(shù)形式.png

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1樓 2015-01-28 00:26:30

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3樓: Originally posted by 15216105346 at 2015-01-28 10:55:29
單位不會(huì)存在問題的，文獻(xiàn)是原子單位a.u，我已經(jīng)轉(zhuǎn)換成kcal/mol了。
剛用這個(gè)修改的力場(chǎng)跑完動(dòng)力學(xué)，結(jié)果震驚了，密度未變（為晶體密度），溫度始終為0，壓強(qiáng)超大。。晶體熔融后原子盡然分層，幫我再利用這些信息 ...

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4樓2015-01-28 11:01:21

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pigrass

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15216105346(月只藍(lán)代發(fā)): 金幣+1, 鼓勵(lì)交流 2015-01-28 09:14:49

會(huì)不會(huì)是單位不一致？
MS里是kcal/mol，國際單位應(yīng)該是kJ/mol

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2樓2015-01-28 08:47:24

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2樓: Originally posted by pigrass at 2015-01-28 08:47:24
會(huì)不會(huì)是單位不一致？
MS里是kcal/mol，國際單位應(yīng)該是kJ/mol

單位不會(huì)存在問題的，文獻(xiàn)是原子單位a.u，我已經(jīng)轉(zhuǎn)換成kcal/mol了。
剛用這個(gè)修改的力場(chǎng)跑完動(dòng)力學(xué)，結(jié)果震驚了，密度未變（為晶體密度），溫度始終為0，壓強(qiáng)超大。。晶體熔融后原子盡然分層，幫我再利用這些信息分析一下錯(cuò)在哪里？

---- Dynamics parameters ----

Ensemble                      : NPT
Temperature                   : 1300.00 K
  Control method             : Nose
  Q ratio                      : 0.0100000
Pressure                      : 0.0001 GPa
  Control method             : Berendsen
  Decay constant             : 0.1000000 ps
Timestep                      : 1.00 fs
Number of steps                : 100000
Duration                      : 100 ps
Initial velocities             : Random
Random number seed             : 1422376112

---- Energy parameters ----

Forcefield                   : \xuzhenming
Charges                      : Charge using QEq
Electrostatic terms:
  Summation method             : Ewald
  Accuracy                   : 0.001 kcal/mol
  Buffer width                : 0.5 A

van der Waals terms:
  Summation method             : Atom based
  Truncation method          : Cubic spline
  Cutoff distance             : 12.5 A
  Spline width                : 1 A
  Long range correction       : YES
  Buffer width                : 0.5 A

---- Thermostat ----

Nose mass parameter, Q mass: 334.727 kcal/mol*ps^2

---- Dynamics summary ----

                           Initial       Final    Average Std. Dev.
                           -------       -----    ------- ---------
Tot. energy (kcal/mol)    71707286144820600000000000000000000000000000000000000000.000 71707286144820600000000000000000000000000000000000000000.000 71707286144820600000000000000000000000000000000000000000.000       0.000
Pot. energy (kcal/mol)    71707286144820600000000000000000000000000000000000000000.000 71707286144820600000000000000000000000000000000000000000.000 71707286144820600000000000000000000000000000000000000000.000       0.000
Kin. energy (kcal/mol)    16736.333       0.000    1674.217 523823.583
Tot. enthalpy (kcal/mol) 143414572289641230000000000000000000000000000000000000000.000 143414572289641230000000000000000000000000000000000000000.000 143414572289641230000000000000000000000000000000000000000.000       0.000
Temperature (K)          1300.000       0.000    130.045 40688.165
Pressure (GPa)          9138409243595302800000000000000000000000000000000000.000 9138409243595302800000000000000000000000000000000000.000 9138409243595302800000000000000000000000000000000000.000       0.000
Volume (A^3)             54517.184 54517.184 54517.184       0.000
Density (g/cm^3)             2.762       2.762       2.762       0.000

Task terminated             : Wed Jan 28 10:24:16 2015
Total CPU time used by Forcite: 9:13:32 hours (33211.5s)

Termination status : Normal

為什么修改Dreiding力場(chǎng)形式用文獻(xiàn)的勢(shì)參數(shù)，體系勢(shì)能大的離譜！-3

密度始終為晶體密度.jpg

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溫度始終為0.jpg

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原子分層.jpg

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3樓2015-01-28 10:55:29

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4樓: Originally posted by pigrass at 2015-01-28 11:01:21
能不能把你的參考文獻(xiàn)發(fā)一下？我看看能不能改出來...

只考慮Na、Al、F這三種元素。
謝謝��！

為什么修改Dreiding力場(chǎng)形式用文獻(xiàn)的勢(shì)參數(shù)，體系勢(shì)能大的離譜！-6

勢(shì)參數(shù)，原子單位.gif

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文獻(xiàn)參數(shù)形式.jpg

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