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[求助]
DGGE切膠回收后有部分P不出條帶！急急急急求幫助！
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好不容易把DGGE做出了一張漂亮些的圖 就卡在回收上了。 DGGE前擴16s rDNA V3區(qū)用的是HDA1-GC，HDA2，序列如下： HDA1-GC 5'-CGC CCG GGG CGC GCC CCG GGC GGG GCG GGG GCA CGG GGG GAC TCC TAC GGG AGG CAG CAG T-3' HDA2 5'-GTA TTA CCG CGG CTG CTG GCA C-3' 切膠是師兄幫忙切的，他之前經(jīng)驗很豐富來著，表示沒見過我這種大批擴不出來的情況。。 后面用的引物是HDA1和HDA2，序列如下： HDA1 5'-ACT CCT ACG GGA GGC AGC AG-3' HDA2 5'-GTA TTA CCG CGG CTG CTG GCA C-3' 切膠后用80微升的無菌水浸沒，4°隔了24h以上進行的PCR，最怪的就是一共回收了48條帶，其中上面24條里大多數(shù)能擴出來，但后面24條基本就沒東西了。但是DGGE圖上的條帶都是很分明的，量也差不多的樣子。PCR程序和之前用帶GC夾子的引物進行擴增時的程序是一樣的。 還有一點最怪的是！marker對應100bp以下那塊區(qū)域上，引物二聚體那條帶在所有PCR產(chǎn)物里特別明顯��！ 為什么會出現(xiàn)這種情況呢？？ 因為我是新手，剛開始半個月，本來不該著急的，但現(xiàn)在卡成這樣就差最后一步了，試劑公司測樣公司都快放假了，欲哭無淚。。求大家解答！ |
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2樓2015-02-04 21:23:06
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