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1142634328銅蟲(chóng) (初入文壇)
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[求助]
做完gromacs后怎么做分子表面靜電勢(shì)圖？謝謝。 已有2人參與
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我知道可以通過(guò)gaussian得到chk文件來(lái)做分子表面靜電勢(shì)圖，但不知道怎么得到chk文件？ 我想知道通過(guò)VMD怎么做分子表面靜電勢(shì)圖？ 上面的2種方法任選一種告訴我具體的步驟，謝謝啊 |
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.gro文件您拿文本編輯器打開(kāi)一看就知道了，里面記錄的是每個(gè)原子的三維坐標(biāo)而已。我認(rèn)為光憑這個(gè)是不能生成分子表面靜電勢(shì)圖的。 至于.edr文件，如果您跑完md以后能找到它，要是沒(méi)找到，那么就是mdrun這一步，沒(méi)指定輸出edr文件。 我平時(shí)分析edr文件里的信息，用g_energy命令比較多，但我沒(méi)注意過(guò)里面有沒(méi)有靜電勢(shì)的選項(xiàng)，您可以先試試。 |
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11426343286樓2015-02-10 13:24:51
1142634328
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7樓2015-02-12 09:01:12
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