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小豆芽_won銀蟲 (小有名氣)
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[求助]
求助為什么PCR條帶比目的條帶大很多 已有3人參與
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| 在提取基因組后用設(shè)計(jì)的引物進(jìn)行PCR,用的ExTaq酶,延伸時(shí)間是1分鐘。我的目的基因?yàn)?080bp而跑出的條帶比2000的MAKER也要大很多,但條帶不是很亮。想知道有哪些可能得原因。 |
銀蟲 (小有名氣)
木蟲 (正式寫手)
小蟲

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你這個(gè)問題先要搞清楚幾個(gè)前提: 第一,你所設(shè)計(jì)的引物是在基因組上還是cDNA上,如果在cDNA上,用基因組為模板PCR,中間如果有個(gè)內(nèi)含子,擴(kuò)增的片段就會(huì)比預(yù)期的要大; 第二,你擴(kuò)增出的這個(gè)片段是否測序,有可能是非特異性片段,建議引物在基因組數(shù)據(jù)庫做個(gè)BLAST比對,排除非特異性擴(kuò)增可能; 第三,可能是存在序列多態(tài)性,有些片段是可以移動(dòng)的,比如轉(zhuǎn)座子,我碰到過,中間插入一段或者缺失一段也可能導(dǎo)致這個(gè)現(xiàn)象,建議排查。 祝你好運(yùn) |

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