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mchyhxmyzn鐵蟲 (初入文壇)
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[求助]
namd/vmd使用求助 已有3人參與
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大家好！我有一個(gè)問題要請(qǐng)教一下！ 最近剛開始學(xué)namd，按照教程學(xué)習(xí)的時(shí)候，在一個(gè)地方卡住了，具體的是這樣的： 在學(xué)習(xí)namd-tutorial-unix.pdf里“1.2Generating a Protein Structure File”部分，操作完步驟1,2,3后，在VMD里打開了1UBQ.pdb文件。然后在做第4步時(shí)出問題了。 首先按照教程說的，打開VMD TkConsole,切換到1-1-build目錄。 然后操作結(jié)果如下： >Main< (1-1-build) 19% set ubq [atomselect top protein] atomeselect0 >Main< (1-1-build) 19% $ubq writepdb ubqp.pdb >Main< (1-1-build) 19% 到這里看似沒問題�？墒窃倏匆幌履夸浵旅娴奈募l(fā)現(xiàn)ubqp.pdb文件沒有生成。 有人遇到過這種情況嗎？這是怎么回事呀？ |
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2樓2015-04-24 10:41:10
gn02530640
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http://www.ks.uiuc.edu/Training/Tutorials/ 教程可以在這里下載。 我直接把樓主的兩行指令 set ubq [atomselect top protein] $ubq writepdb ubqp.pdb復(fù)制貼上發(fā)現(xiàn)是沒問題的，指令本身并沒有錯(cuò)。 請(qǐng)仔細(xì)檢查所在的目錄位置，或者是使用 locate 或 find 這類指令搜尋 ubqp.pdb，或許是生成到其他文件夾了。 |
3樓2015-04-24 11:45:46
lyjlyj6690
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5樓2015-04-26 23:11:02
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【答案】應(yīng)助回帖
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樓主遇到的問題，最大的可能是目錄路徑的問題。 輸入 pwd 可以查看當(dāng)前目錄的 ls 可以看當(dāng)前目錄的文件 一般在windows下運(yùn)行vmd，如果沒有修改過路徑，則默認(rèn)是在vmd的安裝目錄下工作。 so 如果想更改的話 要注意windows的盤符（C: D: E: F:） 也就是說，要先確定在那個(gè)盤符下，然后對(duì)應(yīng)盤符下的目錄 如果直接輸入cd 可能會(huì)進(jìn)入 C 盤 當(dāng)前用戶目錄 so 多用下 ls pwd 還有 tab鍵補(bǔ)全（有驚喜） |
6樓2015-07-02 10:49:41
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