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混合配搭新蟲(chóng) (小有名氣)
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[交流]
基因家族的問(wèn)題
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有一段序列,想找它的基因家族,是所有序列都有家族嗎?家族有多大,和選幾個(gè)可以自己決定嗎?我的序列是核苷酸,BLAST后沒(méi)出現(xiàn)幾個(gè),我轉(zhuǎn)成了氨基酸后有一些,我就把這些與它同源性高的氨基酸序列都下載下來(lái),就可以建一個(gè)家族了嗎?還需要用什么軟件篩選嗎?希望大家?guī)蛶臀,這方面不懂啊![]() ![]() |
金蟲(chóng) (正式寫(xiě)手)
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不是,我想你還是剛接觸科研這個(gè)領(lǐng)域。 我把我學(xué)位論文摘一段給你看看: 為了鑒定xxx基因家族,我們使用擬南芥和水稻中已知的xxx蛋白序列搜索大豆全基因組數(shù)據(jù)庫(kù)(http://www.phytozome.net/soybean)。搜索到的所有可能的候選基因利用InterProScan program(http://www.ebi.ac.uk/interpro)進(jìn)行確認(rèn)xx區(qū)域是否存在xx結(jié)構(gòu)域。所有確認(rèn)的蛋白序列利用Pfam (http://pfam.sanger.ac.uk/search) and SMART (http://smart.embl-heidelberg.de/) 工具進(jìn)行重新評(píng)估。 3.1.5 序列分析 鑒定后得到的xxx蛋白序列利用DNAMAN軟件預(yù)測(cè)其分子量,在PROSITE (http://web.expasy.org/myristoylator/) 網(wǎng)站預(yù)測(cè)其N(xiāo)-myristoylation motif;系統(tǒng)進(jìn)化樹(shù)構(gòu)建采用MEG 5.0。 |
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至尊木蟲(chóng) (文壇精英)

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金蟲(chóng) (正式寫(xiě)手)
新蟲(chóng) (小有名氣)
新蟲(chóng) (小有名氣)
新蟲(chóng) (小有名氣)
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