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基因blast結(jié)果分析 已有2人參與
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我們項(xiàng)目組正在進(jìn)行某個(gè)果樹物種的全基因組測(cè)序，基本已經(jīng)完成。 現(xiàn)在利用在NCBI下載的基因序列，包括擬南芥、番茄等，通過比對(duì)獲得了我們這個(gè)物種的相關(guān)基因序列 但是搞不太清下一步我對(duì)這些基因怎么進(jìn)行研究和分析 公司返回的這些數(shù)據(jù)是要一個(gè)一個(gè)去拿到NCBI比對(duì)，然后找到這條序列對(duì)應(yīng)的是什么基因吧？我怎么能知道具體哪一條序列對(duì)的是哪一個(gè)基因家族的基因呢？ 下一步是設(shè)計(jì)引物進(jìn)行基因的驗(yàn)證嗎？是否還要對(duì)這些基因進(jìn)行再測(cè)序核對(duì)呢？ 我是新手，不要太懂，請(qǐng)多多幫忙啦！ |
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就是我現(xiàn)在有這樣的一些數(shù)據(jù)，我該怎么分析呢？這些找到的基因可以直接設(shè)計(jì)引物pcr嗎？是否還需要對(duì)這些基因再blast一下 #Query_id Query_length Query_start Query_end Q_align_ratio Strand Subject_id Subject_length Subject_start Subject_end S_align_ratio Score Identity gi|A35021|ACO|Solanum 1080 53 946 0.83 + evm.model.scaffold10873.7 338 26 321 0.88 106 34.64 gi|AK226856|ACO|Arabidopsis 1307 110 1184 0.82 + evm.model.scaffold10873.7 338 13 336 0.96 117 35 |
2樓2015-03-12 14:19:54
wizardfan
至尊木蟲 (著名寫手)
- MolEPI: 4
- 應(yīng)助: 599 (博士)
- 貴賓: 1.818
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- 沙發(fā): 2
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- 性別: GG
- 專業(yè): 生物信息學(xué)
3樓2015-03-12 19:06:07
【答案】應(yīng)助回帖
★ ★ ★ ★ ★
感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
tommylike(西門吹雪170代發(fā)): 金幣+2, 鼓勵(lì)回帖交流 2015-03-12 20:21:33
tommylike: 金幣+3, ★★★很有幫助 2015-03-13 17:35:00
感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
tommylike(西門吹雪170代發(fā)): 金幣+2, 鼓勵(lì)回帖交流 2015-03-12 20:21:33
tommylike: 金幣+3, ★★★很有幫助 2015-03-13 17:35:00
| 可以嘗試做個(gè)進(jìn)化樹，這樣可以大致知道你的目的基因與你搜集到的其他物種基因哪個(gè)更接近，可以知道你的目的基因?qū)儆谀囊活�。比如說(shuō)進(jìn)化樹結(jié)果可能會(huì)顯示你的目的基因與某種果樹的某種基因?qū)儆谕活惢虻目赡苄詾?0%，然后你再具體分析那種果樹基因的功能，這樣可以推測(cè)出你的目的基因可能具有類似的功能。或者如果是蛋白的數(shù)據(jù)，有一樣道理，用氨基酸序列去做進(jìn)化樹。 |
» 本帖已獲得的紅花（最新10朵）
tommylike4樓2015-03-12 19:18:22
5樓2015-03-13 17:32:50
6樓2015-03-13 17:33:32
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