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質(zhì)粒測序后blast結(jié)果分析（菜鳥求助） 已有6人參與
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第一次做，質(zhì)粒昨天送過去測序，今天出結(jié)果。F引物測出來一段序列1129bp，R引物測出來一段序列1154bp，可是我目的序列是1290bp��！NCBI Blast比對結(jié)果如下： F引物結(jié)果 R引物結(jié)果 求大神解釋一下 |
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songzuowei
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【答案】應(yīng)助回帖
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人于兩點: 金幣+3, ★★★很有幫助 2014-08-08 11:15:48
人于兩點: 金幣+3, ★★★很有幫助 2014-08-08 11:15:48
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首先咱也是菜鳥一個，這里有點資料，希望對你有幫助，共同學(xué)習(xí)吧。 克隆PCR產(chǎn)物的方法之一，是在PCR產(chǎn)物兩端設(shè)計一定的限制酶切位點，經(jīng)酶切后克隆至用相同酶切的載體中。但實驗證明，大多數(shù)限制酶對裸露的酶切位點不能切斷。必須在酶切位點旁邊加上一個至幾個保護堿基，才能使所定的限制酶對其識別位點進行有效切斷。 下表列舉了15種限制酶，分別比較了各種限制酶在其酶切位點旁邊分別加0、1、2、3個保護堿基后的切斷情況。表中的：(-) 為不能切斷；(±) 為不能完全切斷；(+) 為能完全切斷。 結(jié)果顯示，基本上所有限制酶，在其酶切位點旁邊加上3個以上的保護堿基后，可以對其酶切位點進行有效切斷。 Enzyme Base Pairs from Terminus 0 1 2 3 Apa I － － ± + BamH I － ± + + BstX I － ± + + Cla I － ± + + EcoR I － ± + + EcoR V － + + + Hind III － － － + Not I － － + + Pst I － － ± + Sac I － ± + + Sal I + + + + Sma I － ± + + Spe I + + + + Xba I － ± + + Xho I － － ± + |
14樓2014-08-07 16:57:02
songzuowei
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感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
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gyesang: 金幣+2, 鼓勵回帖交流！ 2014-08-07 10:56:02
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| 大哥 第一次測序吧 這個很正常 測序是從模板一端開始順著引物往下走 一般可靠的結(jié)果是800bp左右 不過測出來的結(jié)果不止800bp還要延伸一段 上下游都如此，這樣上下游測出來的中間一段是重復(fù)的，你目的片段1300，測一個反應(yīng)是測不完，故你上下游引物測很正確，測完拼接一下就行，不知道你明白不？ |
2樓2014-08-06 16:32:53
3樓2014-08-06 16:38:39
4樓2014-08-06 17:09:46
5樓2014-08-06 17:57:41
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7樓2014-08-07 08:41:20
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8樓2014-08-07 08:45:50
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