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人于兩點(diǎn)銅蟲(chóng) (小有名氣)
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[求助]
質(zhì)粒測(cè)序后blast結(jié)果分析（菜鳥(niǎo)求助） 已有6人參與
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第一次做，質(zhì)粒昨天送過(guò)去測(cè)序，今天出結(jié)果。F引物測(cè)出來(lái)一段序列1129bp，R引物測(cè)出來(lái)一段序列1154bp，可是我目的序列是1290bp��！NCBI Blast比對(duì)結(jié)果如下： F引物結(jié)果 R引物結(jié)果 求大神解釋一下 |
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songzuowei
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首先咱也是菜鳥(niǎo)一個(gè)，這里有點(diǎn)資料，希望對(duì)你有幫助，共同學(xué)習(xí)吧。 克隆PCR產(chǎn)物的方法之一，是在PCR產(chǎn)物兩端設(shè)計(jì)一定的限制酶切位點(diǎn)，經(jīng)酶切后克隆至用相同酶切的載體中。但實(shí)驗(yàn)證明，大多數(shù)限制酶對(duì)裸露的酶切位點(diǎn)不能切斷。必須在酶切位點(diǎn)旁邊加上一個(gè)至幾個(gè)保護(hù)堿基，才能使所定的限制酶對(duì)其識(shí)別位點(diǎn)進(jìn)行有效切斷。 下表列舉了15種限制酶，分別比較了各種限制酶在其酶切位點(diǎn)旁邊分別加0、1、2、3個(gè)保護(hù)堿基后的切斷情況。表中的：(-) 為不能切斷；(±) 為不能完全切斷；(+) 為能完全切斷。 結(jié)果顯示，基本上所有限制酶，在其酶切位點(diǎn)旁邊加上3個(gè)以上的保護(hù)堿基后，可以對(duì)其酶切位點(diǎn)進(jìn)行有效切斷。 Enzyme Base Pairs from Terminus 0 1 2 3 Apa I － － ± + BamH I － ± + + BstX I － ± + + Cla I － ± + + EcoR I － ± + + EcoR V － + + + Hind III － － － + Not I － － + + Pst I － － ± + Sac I － ± + + Sal I + + + + Sma I － ± + + Spe I + + + + Xba I － ± + + Xho I － － ± + |
14樓2014-08-07 16:57:02
songzuowei
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| 大哥 第一次測(cè)序吧 這個(gè)很正常 測(cè)序是從模板一端開(kāi)始順著引物往下走 一般可靠的結(jié)果是800bp左右 不過(guò)測(cè)出來(lái)的結(jié)果不止800bp還要延伸一段 上下游都如此，這樣上下游測(cè)出來(lái)的中間一段是重復(fù)的，你目的片段1300，測(cè)一個(gè)反應(yīng)是測(cè)不完，故你上下游引物測(cè)很正確，測(cè)完拼接一下就行，不知道你明白不？ |
2樓2014-08-06 16:32:53
3樓2014-08-06 16:38:39
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4樓2014-08-06 17:09:46
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5樓2014-08-06 17:57:41
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6樓2014-08-06 17:59:22
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7樓2014-08-07 08:41:20
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10樓2014-08-07 09:50:57
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