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xyxaiy新蟲 (初入文壇)
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[求助]
測序結(jié)果已出，后續(xù)如何分析，以達到菌種鑒定的目的
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| 測序結(jié)果已出，后續(xù)如何分析，以達到菌種鑒定的目的，要具體的步驟，十分感謝！ |
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志子
至尊木蟲 (文壇精英)
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2樓2013-05-19 23:56:42
【答案】應(yīng)助回帖
感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
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對于臨床菌株，美國CLSI組織的文件MM-18A《DNA靶基因序列鑒定細菌和真菌的解釋標準；批準指南》詳細介紹了廣譜基因測序技術(shù)（broad-range gene sequencing）在細菌與真菌鑒定中的應(yīng)用，其中綜合了細菌的生化反應(yīng)、rRNA靶基因與其他靶基因序列分析的方法， 表1、16S rRNA基因序列鑒定細菌的通用解釋標準 相似度 序列的類型 相似度差是否大于0.8% 結(jié)果報告 評述 ≥99.0% 模式菌株 是 屬名和種名 ≥99.0% 模式菌株 否（與他多個種的相似度差小于0.8%） 屬名和多個種名 低鑒定度的鑒定 97.0-98.9% 模式菌株或 有效命名的菌株 能與其他屬區(qū)分 屬 需注明“親緣關(guān)系最近的菌種” 95.0-96.9 模式菌株或 有效命名的菌株 可能的新屬新種，并注明“親緣關(guān)系最近的菌屬” < 95% 模式菌株或 有效命名的菌株 可能的新屬新種 注：分枝桿菌與放線菌除外 |
3樓2013-05-20 01:34:17
20093651
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4樓2013-05-20 16:13:09
carrieskl
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【答案】應(yīng)助回帖
感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
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http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Bl ... EC=MicrobialGenomes 把序列整合好 輸進去 blast一下 |
5樓2013-05-20 17:35:55
Dear97
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6樓2015-09-25 14:58:39
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