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[求助]
基因blast結(jié)果分析 已有2人參與
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我們項目組正在進(jìn)行某個果樹物種的全基因組測序，基本已經(jīng)完成。 現(xiàn)在利用在NCBI下載的基因序列，包括擬南芥、番茄等，通過比對獲得了我們這個物種的相關(guān)基因序列 但是搞不太清下一步我對這些基因怎么進(jìn)行研究和分析 公司返回的這些數(shù)據(jù)是要一個一個去拿到NCBI比對，然后找到這條序列對應(yīng)的是什么基因吧？我怎么能知道具體哪一條序列對的是哪一個基因家族的基因呢？ 下一步是設(shè)計引物進(jìn)行基因的驗證嗎？是否還要對這些基因進(jìn)行再測序核對呢？ 我是新手，不要太懂，請多多幫忙啦！ |
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wizardfan
至尊木蟲 (著名寫手)
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3樓2015-03-12 19:06:07
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就是我現(xiàn)在有這樣的一些數(shù)據(jù)，我該怎么分析呢？這些找到的基因可以直接設(shè)計引物pcr嗎？是否還需要對這些基因再blast一下 #Query_id Query_length Query_start Query_end Q_align_ratio Strand Subject_id Subject_length Subject_start Subject_end S_align_ratio Score Identity gi|A35021|ACO|Solanum 1080 53 946 0.83 + evm.model.scaffold10873.7 338 26 321 0.88 106 34.64 gi|AK226856|ACO|Arabidopsis 1307 110 1184 0.82 + evm.model.scaffold10873.7 338 13 336 0.96 117 35 |
2樓2015-03-12 14:19:54
【答案】應(yīng)助回帖
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感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
tommylike(西門吹雪170代發(fā)): 金幣+2, 鼓勵回帖交流 2015-03-12 20:21:33
tommylike: 金幣+3, ★★★很有幫助 2015-03-13 17:35:00
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| 可以嘗試做個進(jìn)化樹，這樣可以大致知道你的目的基因與你搜集到的其他物種基因哪個更接近，可以知道你的目的基因?qū)儆谀囊活悺１热缯f進(jìn)化樹結(jié)果可能會顯示你的目的基因與某種果樹的某種基因?qū)儆谕活惢虻目赡苄詾?0%，然后你再具體分析那種果樹基因的功能，這樣可以推測出你的目的基因可能具有類似的功能。或者如果是蛋白的數(shù)據(jù)，有一樣道理，用氨基酸序列去做進(jìn)化樹。 |
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tommylike4樓2015-03-12 19:18:22
5樓2015-03-13 17:32:50
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