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混合配搭新蟲 (小有名氣)
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[交流]
基因家族的問(wèn)題
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有一段序列，想找它的基因家族，是所有序列都有家族嗎？家族有多大，和選幾個(gè)可以自己決定嗎？我的序列是核苷酸，BLAST后沒(méi)出現(xiàn)幾個(gè)，我轉(zhuǎn)成了氨基酸后有一些，我就把這些與它同源性高的氨基酸序列都下載下來(lái)，就可以建一個(gè)家族了嗎？還需要用什么軟件篩選嗎？希望大家?guī)蛶臀�，這方面不懂啊 |
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hailunl
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小木蟲: 金幣+0.5, 給個(gè)紅包，謝謝回帖
混合配搭: 金幣+2 2015-04-16 11:07:22
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不是，我想你還是剛接觸科研這個(gè)領(lǐng)域。 我把我學(xué)位論文摘一段給你看看： 為了鑒定xxx基因家族，我們使用擬南芥和水稻中已知的xxx蛋白序列搜索大豆全基因組數(shù)據(jù)庫(kù)（http://www.phytozome.net/soybean）。搜索到的所有可能的候選基因利用InterProScan program（http://www.ebi.ac.uk/interpro）進(jìn)行確認(rèn)xx區(qū)域是否存在xx結(jié)構(gòu)域。所有確認(rèn)的蛋白序列利用Pfam (http://pfam.sanger.ac.uk/search) and SMART (http://smart.embl-heidelberg.de/) 工具進(jìn)行重新評(píng)估。 3.1.5 序列分析 鑒定后得到的xxx蛋白序列利用DNAMAN軟件預(yù)測(cè)其分子量，在PROSITE (http://web.expasy.org/myristoylator/) 網(wǎng)站預(yù)測(cè)其N-myristoylation motif；系統(tǒng)進(jìn)化樹構(gòu)建采用MEG 5.0。 |
9樓2015-04-15 22:39:57
 本帖僅樓主可見 |
2樓2015-04-15 08:18:54
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3樓2015-04-15 08:33:22
阿Q~~
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5樓2015-04-15 08:46:57
hailunl
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6樓2015-04-15 15:56:27
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7樓2015-04-15 22:30:58
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8樓2015-04-15 22:32:49
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10樓2015-04-16 11:08:18
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