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gn02530640銀蟲(chóng) (小有名氣)
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[求助]
分析二面角分布 (dihedral angle distribution) 已有1人參與
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如題，我目前是用 NAMD/VMD 進(jìn)行模擬，完成后想分析二面角角度的分布情形(如下圖)，但VMD似乎沒(méi)有類(lèi)似的插件，請(qǐng)問(wèn)有哪些軟件或程序能夠支持NAMD的軌機(jī)檔并分析的嗎? 非常感謝 dihedral distribution.gif |
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3樓2015-04-24 11:31:01
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2樓2015-04-23 08:41:20
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非常感謝您的回復(fù)。我認(rèn)為這是一個(gè)很不錯(cuò)的方法，不過(guò)對(duì)我來(lái)說(shuō)要自己編程有一定的難度…只怪自己當(dāng)初沒(méi)認(rèn)真學(xué)TCL語(yǔ)法，現(xiàn)在時(shí)間上也來(lái)不及了…只能說(shuō)想學(xué)將NAMD/VMD 學(xué)到好多少還是要有一些編程基礎(chǔ)。 順帶一提，最后我是參照NAMD中文教程里關(guān)于 Maxwell-Boltzmann 能量分布的教學(xué)，使用Excel來(lái)完成的。給其他朋友當(dāng)作參考。 |
4樓2015-04-24 11:31:37
915384165
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我寫(xiě)過(guò)過(guò)統(tǒng)計(jì)構(gòu)象角的tcl程序，相當(dāng)于統(tǒng)計(jì)空間兩條直線(xiàn)的夾角。 基本流程大致如下 第一步：計(jì)算四個(gè)粒子的坐標(biāo)（分別在兩條直線(xiàn)上） 第二步：算兩條直線(xiàn)的向量 第三步：計(jì)算兩條射線(xiàn)的夾角（返回角度值） 根據(jù)需要寫(xiě)自己的循環(huán)： 因?yàn)槲夷M的體系是包含很多同類(lèi)分子的，所以先根據(jù)residue寫(xiě)了循環(huán)，后在時(shí)間上加上循環(huán)， 導(dǎo)出的角度值，再用matlab做分布函數(shù)。 你說(shuō)的二面角應(yīng)該差別不大 |
5樓2015-07-02 10:40:02
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