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gn02530640銀蟲 (小有名氣)
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[求助]
分析二面角分布 (dihedral angle distribution) 已有1人參與
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如題，我目前是用 NAMD/VMD 進(jìn)行模擬，完成后想分析二面角角度的分布情形(如下圖)，但VMD似乎沒有類似的插件，請(qǐng)問有哪些軟件或程序能夠支持NAMD的軌機(jī)檔并分析的嗎? 非常感謝 dihedral distribution.gif |
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915384165
新蟲 (小有名氣)
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我寫過過統(tǒng)計(jì)構(gòu)象角的tcl程序，相當(dāng)于統(tǒng)計(jì)空間兩條直線的夾角。 基本流程大致如下 第一步：計(jì)算四個(gè)粒子的坐標(biāo)（分別在兩條直線上） 第二步：算兩條直線的向量 第三步：計(jì)算兩條射線的夾角（返回角度值） 根據(jù)需要寫自己的循環(huán)： 因?yàn)槲夷M的體系是包含很多同類分子的，所以先根據(jù)residue寫了循環(huán)，后在時(shí)間上加上循環(huán)， 導(dǎo)出的角度值，再用matlab做分布函數(shù)。 你說的二面角應(yīng)該差別不大 |
5樓2015-07-02 10:40:02
polypro
木蟲 (正式寫手)
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2樓2015-04-23 08:41:20
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3樓2015-04-24 11:31:01
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4樓2015-04-24 11:31:37
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