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小木蟲論壇-學術科研互動平臺 » 計算模擬區(qū) » 分子模擬 » 其他 » NAMD中立方水體的生成
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[求助]
NAMD中立方水體的生成 已有1人參與
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我在做膠原蛋白的立方水體生成時 輸入package require solvate 后得到的是1.5 然后輸入solvate bkv.psf bkv.pdb –t 5 –o bkv_wb 得不到立方水體的結構圖，也得不到wb的psf和pdb文件，顯示的是下面這些， Info) Usage: solvate <psffile> <pdbfile> <option1?> <option2?>... Info) Usage: solvate <option1?> <option2?>... to just create a water box Info) Options: Info) -o <output prefix> (data will be written to output.psf/output.pdb) Info) -s <segid prefix> (should be either one or two letters; default WT) Info) -b <boundary> (minimum distance between water and solute, default 2.4) Info) -minmax {{xmin ymin zmin} {xmax ymax zmax}} Info) -rotate (rotate molecule to minimize water volume) Info) -rotsel <selection> (selection of atoms to check for rotation) Info) -rotinc <increment> (degree increment for rotation) Info) -t <pad in all directions> (override with any of the following) Info) -x <pad negative x> Info) -y <pad negative y> Info) -z <pad negative z> Info) +x <pad positive x> Info) +y <pad positive y> Info) +z <pad positive z> Info) The following options allow the use of solvent other than water: Info) -spsf <solventpsf> (PSF file for nonstandard solvent) Info) -spdb <solventpdb> (PDB file for nonstandard solvent) Info) -stop <solventtop> (Topology file for nonstandard solvent) Info) -ws <size> (Box length for nonstandard solvent) Info) -ks <keyatom> (Atom occuring once per residue for nonstandard solvent) 這是什么原因�。坎锁B急求，各路高手幫幫忙。 |
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7樓2015-06-13 21:10:37
2樓2015-06-09 17:13:05
3樓2015-06-10 15:08:04
4樓2015-06-10 21:59:50
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