 |
 |
 |
 |
 |
 |
||
 |
 |
 |
 |
 |
| 5 | 1/1 | 返回列表 |
| 查看: 1330 | 回復(fù): 7 | |||
| 當(dāng)前只顯示滿足指定條件的回帖，點(diǎn)擊這里查看本話題的所有回帖 | |||
gsaac木蟲 (小有名氣)
|
[求助]
PEG修飾多肽進(jìn)行動(dòng)力學(xué)模擬，如何添加適于PEG模擬的GROMACS力場(chǎng)文件 已有2人參與
|
||
現(xiàn)在需要進(jìn)行PEG修飾的十八肽的分子動(dòng)力學(xué)模擬，文獻(xiàn)中PEG修飾蛋白質(zhì)的分子動(dòng)力學(xué)模擬是通過(guò)GROMACS進(jìn)行的，文中提到在GROMACS力場(chǎng)文件中添加了PEG的殘基名及電荷等，但未說(shuō)明具體是怎么做的。本人并不是做分子模擬的，但實(shí)驗(yàn)急需，還望各位大神給予指導(dǎo)和幫助，非常感謝！  |
回復(fù)此樓» 收錄本帖的淘帖專輯推薦
 xuexijisuan |
» 猜你喜歡
一志愿北京化工大學(xué)070300 學(xué)碩336求調(diào)劑
已經(jīng)有8人回復(fù)
-
一志愿東華大學(xué)化學(xué)070300，求調(diào)劑
已經(jīng)有6人回復(fù)
-
318求調(diào)劑
已經(jīng)有7人回復(fù)
-
求調(diào)劑一志愿海大，0703化學(xué)學(xué)碩304分，有大創(chuàng)項(xiàng)目，四級(jí)已過(guò)
已經(jīng)有6人回復(fù)
-
一志愿武理材料工程348求調(diào)劑
已經(jīng)有5人回復(fù)
-
求調(diào)劑
已經(jīng)有7人回復(fù)
-
275求調(diào)劑
已經(jīng)有6人回復(fù)
-
招08考數(shù)學(xué)
已經(jīng)有7人回復(fù)
-
303求調(diào)劑
已經(jīng)有6人回復(fù)
-
306求調(diào)劑
已經(jīng)有4人回復(fù)
» 本主題相關(guān)商家推薦: (我也要在這里推廣)
» 本主題相關(guān)價(jià)值貼推薦，對(duì)您同樣有幫助:
- gromacs進(jìn)行分子模擬時(shí)，pdb2gmx不認(rèn)識(shí)小分子殘基，怎么辦，以及如何導(dǎo)入糖的力場(chǎng)
已經(jīng)有8人回復(fù)
- 環(huán)己烷在gromacs中的gromos45a3力場(chǎng)中的itp文件怎么寫？
已經(jīng)有12人回復(fù)
- Gromacs中添加CHARMM力場(chǎng)
已經(jīng)有41人回復(fù)
- Gromacs粗�；�(chǎng)（自己寫）
已經(jīng)有11人回復(fù)
- 離子液體模擬：如何從別的軟件移植力場(chǎng)到Gromacs（itp文件的含義以及如何寫itp文件）
已經(jīng)有4人回復(fù)
- gromacs 添加新的力場(chǎng)pdb2gmx報(bào)錯(cuò)
已經(jīng)有5人回復(fù)
- gromacs oplsaa 力場(chǎng)中的原子類型
已經(jīng)有6人回復(fù)
- 求Gromacs中Glycam力場(chǎng)數(shù)據(jù)包。。非常感謝
已經(jīng)有5人回復(fù)
- 【轉(zhuǎn)帖】GROMACS分析程序討論，在gromacs中添加Amber力場(chǎng)
已經(jīng)有8人回復(fù)
聲夢(mèng)奇緣001
木蟲 (正式寫手)
- 應(yīng)助: 56 (初中生)
- 金幣: 5597.4
- 紅花: 5
- 帖子: 614
- 在線: 218.7小時(shí)
- 蟲號(hào): 2406187
- 注冊(cè): 2013-04-07
- 專業(yè): 化學(xué)工程及工業(yè)化學(xué)
4樓2015-05-12 09:45:59
awaken2013
銅蟲 (小有名氣)
- 模擬EPI: 2
- 應(yīng)助: 26 (小學(xué)生)
- 金幣: 137.9
- 紅花: 15
- 帖子: 243
- 在線: 149.6小時(shí)
- 蟲號(hào): 2854550
- 注冊(cè): 2013-12-07
- 性別: GG
- 專業(yè): 生物大分子結(jié)構(gòu)與功能
【答案】應(yīng)助回帖
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
gsaac: 金幣+20, ★★★很有幫助 2015-05-12 09:26:36
gsaac: 金幣+20, ★★★很有幫助 2015-05-12 09:26:36
|
你的PEG是什么，如果是GROMOS力場(chǎng)，就用ATB服務(wù)器生成，最后在top中include itp文件。 如果是AMBER力場(chǎng)，就用高斯09優(yōu)化，再用antechamber轉(zhuǎn)換為對(duì)應(yīng)的grimaces的itp文件，include 到 top中。 如果是非標(biāo)準(zhǔn)氨基酸，請(qǐng)參考gromacs官網(wǎng)中如何添加非標(biāo)準(zhǔn)氨基酸的方式修改力場(chǎng)。最后直接pdb2gmx就能生成對(duì)應(yīng)的top和gro。 |
2樓2015-05-12 00:18:28
gsaac
木蟲 (小有名氣)
- 應(yīng)助: 0 (幼兒園)
- 金幣: 2808
- 帖子: 157
- 在線: 64.7小時(shí)
- 蟲號(hào): 2670379
- 注冊(cè): 2013-09-22
- 專業(yè): 生物信息學(xué)
3樓2015-05-12 09:23:36
|
本帖內(nèi)容被屏蔽 |
5樓2015-09-22 20:01:37
| 最具人氣熱帖推薦 [查看全部] | 作者 | 回/看 | 最后發(fā)表 | |
|---|---|---|---|---|
|
[考研] 285求調(diào)劑 +6 | ytter 2026-03-22 | 6/300 |
|
|---|---|---|---|---|
|
[考研] 328求調(diào)劑，英語(yǔ)六級(jí)551，有科研經(jīng)歷 +5 | 生物工程調(diào)劑 2026-03-17 | 9/450 |
|
|
|
[考研] 廣西大學(xué)材料導(dǎo)師推薦 +3 | 夏夏夏小正 2026-03-17 | 5/250 |
|
|
|
[考研] 333求調(diào)劑 +5 | 87639 2026-03-21 | 7/350 |
|
|
|
[考研] 一志愿南大，0703化學(xué)，分?jǐn)?shù)336，求調(diào)劑 +3 | 收到VS 2026-03-21 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 297求調(diào)劑 +3 | 喜歡還是不甘心 2026-03-20 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 材料學(xué)碩333求調(diào)劑 +3 | 北道巷 2026-03-18 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 313求調(diào)劑 +4 | 肆叁貳壹22 2026-03-19 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 298求調(diào)劑 +4 | 上岸6666@ 2026-03-20 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 機(jī)械專碩299求調(diào)劑至材料 +3 | kkcoco25 2026-03-16 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 一志愿天津大學(xué)化學(xué)工藝專業(yè)（081702）315分求調(diào)劑 +12 | yangfz 2026-03-17 | 12/600 |
|
|
|
[考研] 初始318分求調(diào)劑（有工作經(jīng)驗(yàn)） +3 | 1911236844 2026-03-17 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 296求調(diào)劑 +6 | www_q 2026-03-18 | 10/500 |
|
|
|
[考研] 一志愿武漢理工材料工程專碩調(diào)劑 +9 | Doleres 2026-03-19 | 9/450 |
|
|
|
[考研] 261求B區(qū)調(diào)劑，科研經(jīng)歷豐富 +3 | 牛奶很忙 2026-03-20 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 081700化工學(xué)碩調(diào)劑 +3 | 【1】 2026-03-16 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 085601材料工程專碩求調(diào)劑 +10 | 慕寒mio 2026-03-16 | 10/500 |
|
|
|
[考研] 0854可跨調(diào)劑，一作一項(xiàng)核心論文五項(xiàng)專利，省、國(guó)級(jí)證書40+數(shù)一英一287 +8 | 小李0854 2026-03-16 | 8/400 |
|
|
|
[考研] [導(dǎo)師推薦]西南科技大學(xué)國(guó)防/材料導(dǎo)師推薦 +3 | 尖角小荷 2026-03-16 | 6/300 |
|
|
|
[考研] 321求調(diào)劑 +5 | 大米飯！ 2026-03-15 | 5/250 |
|