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gsaac木蟲 (小有名氣)
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[求助]
PEG修飾多肽進(jìn)行動(dòng)力學(xué)模擬，如何添加適于PEG模擬的GROMACS力場(chǎng)文件 已有2人參與
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現(xiàn)在需要進(jìn)行PEG修飾的十八肽的分子動(dòng)力學(xué)模擬，文獻(xiàn)中PEG修飾蛋白質(zhì)的分子動(dòng)力學(xué)模擬是通過(guò)GROMACS進(jìn)行的，文中提到在GROMACS力場(chǎng)文件中添加了PEG的殘基名及電荷等，但未說(shuō)明具體是怎么做的。本人并不是做分子模擬的，但實(shí)驗(yàn)急需，還望各位大神給予指導(dǎo)和幫助，非常感謝！  |
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5樓2015-09-22 20:01:37
awaken2013
銅蟲 (小有名氣)
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【答案】應(yīng)助回帖
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gsaac: 金幣+20, ★★★很有幫助 2015-05-12 09:26:36
gsaac: 金幣+20, ★★★很有幫助 2015-05-12 09:26:36
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你的PEG是什么，如果是GROMOS力場(chǎng)，就用ATB服務(wù)器生成，最后在top中include itp文件。 如果是AMBER力場(chǎng)，就用高斯09優(yōu)化，再用antechamber轉(zhuǎn)換為對(duì)應(yīng)的grimaces的itp文件，include 到 top中。 如果是非標(biāo)準(zhǔn)氨基酸，請(qǐng)參考gromacs官網(wǎng)中如何添加非標(biāo)準(zhǔn)氨基酸的方式修改力場(chǎng)。最后直接pdb2gmx就能生成對(duì)應(yīng)的top和gro。 |
2樓2015-05-12 00:18:28
gsaac
木蟲 (小有名氣)
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3樓2015-05-12 09:23:36
聲夢(mèng)奇緣001
木蟲 (正式寫手)
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4樓2015-05-12 09:45:59
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