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gsaac木蟲 (小有名氣)
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[求助]
PEG修飾多肽進行動力學(xué)模擬，如何添加適于PEG模擬的GROMACS力場文件 已有2人參與
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現(xiàn)在需要進行PEG修飾的十八肽的分子動力學(xué)模擬，文獻中PEG修飾蛋白質(zhì)的分子動力學(xué)模擬是通過GROMACS進行的，文中提到在GROMACS力場文件中添加了PEG的殘基名及電荷等，但未說明具體是怎么做的。本人并不是做分子模擬的，但實驗急需，還望各位大神給予指導(dǎo)和幫助，非常感謝！  |
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hongyexi
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8樓2015-09-23 21:06:58
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【答案】應(yīng)助回帖
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gsaac: 金幣+20, ★★★很有幫助 2015-05-12 09:26:36
gsaac: 金幣+20, ★★★很有幫助 2015-05-12 09:26:36
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你的PEG是什么，如果是GROMOS力場，就用ATB服務(wù)器生成，最后在top中include itp文件。 如果是AMBER力場，就用高斯09優(yōu)化，再用antechamber轉(zhuǎn)換為對應(yīng)的grimaces的itp文件，include 到 top中。 如果是非標(biāo)準(zhǔn)氨基酸，請參考gromacs官網(wǎng)中如何添加非標(biāo)準(zhǔn)氨基酸的方式修改力場。最后直接pdb2gmx就能生成對應(yīng)的top和gro。 |
2樓2015-05-12 00:18:28
gsaac
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4樓2015-05-12 09:45:59
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