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fang8232335銀蟲 (初入文壇)
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[交流]
全基因組測序 已有4人參與
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新手，自己工科出身，但現(xiàn)在老板讓弄分子生物學(xué)，測一個(gè)細(xì)菌的全基因組 。現(xiàn)在拼接好的序列已經(jīng)有了，想問下，我現(xiàn)在想查下這個(gè)全基因組序列里有沒有我想要的基因或蛋白質(zhì)序列要怎么操作哇（比如我知道這個(gè)菌有農(nóng)藥的降解效果，降解酶的蛋白質(zhì)序列已經(jīng)有了，現(xiàn)在想拿我測的基因組序列跟這個(gè)進(jìn)行比對，看是不是有這個(gè)序列，以及確定這個(gè)序列的位置），謝謝大家了！自己用NCBI上blast怎么也用不好 |
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growlywolf
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2樓2015-05-10 10:54:24
fang8232335
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我后來又找到了那個(gè)基因的序列，然后用BioEdit 進(jìn)行本地blast，得到下面的數(shù)據(jù)，這是代表有還是沒有哇，感覺都是片段匹配，是什么意思哇？ BLASTN 2.2.10 [Oct-19-2004] Reference: Altschul, Stephen F., Thomas L. Madden, Alejandro A. Schaffer, Jinghui Zhang, Zheng Zhang, Webb Miller, and David J. Lipman (1997), "Gapped BLAST and PSI-BLAST: a new generation of protein database search programs", Nucleic Acids Res. 25:3389-3402. Query= gi|148712|gb|M29593.1|FVBOPD Flavobacterium sp. parathion hydrolase gene, complete cds (1693 letters) Database: D:\BioEdit\database\X1-01.fas 1 sequences; 2,450,153 total letters Score E Sequences producing significant alignments: (bits) Value X1-01.seq 34 0.21 >X1-01.seq Length = 2450153 Score = 34.2 bits (17), Expect = 0.21 Identities = 17/17 (100%) Strand = Plus / Minus Query: 466 tctgctcggcggcctgg 482 ||||||||||||||||| Sbjct: 894223 tctgctcggcggcctgg 894207 Score = 34.2 bits (17), Expect = 0.21 Identities = 17/17 (100%) Strand = Plus / Plus Query: 986 gccagcttggccaccgg 1002 ||||||||||||||||| Sbjct: 659980 gccagcttggccaccgg 659996 Score = 32.2 bits (16), Expect = 0.83 Identities = 16/16 (100%) Strand = Plus / Minus Query: 83 ggcttgccagcagccg 98 |||||||||||||||| Sbjct: 1669234 ggcttgccagcagccg 1669219 Score = 32.2 bits (16), Expect = 0.83 Identities = 16/16 (100%) Strand = Plus / Plus Query: 449 gcggccgccgcaggaa 464 |||||||||||||||| Sbjct: 1562756 gcggccgccgcaggaa 1562771 Score = 32.2 bits (16), Expect = 0.83 Identities = 16/16 (100%) Strand = Plus / Minus Query: 860 cagttcttcctgcgtg 875 |||||||||||||||| Sbjct: 699001 cagttcttcctgcgtg 698986 Score = 32.2 bits (16), Expect = 0.83 Identities = 16/16 (100%) Strand = Plus / Plus Query: 486 ggtgcgcgagcgtggc 501 |||||||||||||||| Sbjct: 393049 ggtgcgcgagcgtggc 393064 Score = 32.2 bits (16), Expect = 0.83 Identities = 19/20 (95%) Strand = Plus / Minus Query: 467 ctgctcggcggcctggctgg 486 ||||||||||||||| |||| Sbjct: 25911 ctgctcggcggcctgactgg 25892 Database: D:\BioEdit\database\X1-01.fas Posted date: May 10, 2015 1:46 PM Number of letters in database: 2,450,153 Number of sequences in database: 1 Lambda K H 1.37 0.711 1.31 Gapped Lambda K H 1.37 0.711 1.31 Matrix: blastn matrix:1 -3 Gap Penalties: Existence: 5, Extension: 2 Number of Hits to DB: 3969 Number of Sequences: 1 Number of extensions: 3969 Number of successful extensions: 7 Number of sequences better than 1.0: 1 Number of HSP's better than 1.0 without gapping: 1 Number of HSP's successfully gapped in prelim test: 0 Number of HSP's that attempted gapping in prelim test: 0 Number of HSP's gapped (non-prelim): 7 length of query: 1693 length of database: 2,450,153 effective HSP length: 16 effective length of query: 1677 effective length of database: 2,450,137 effective search space: 4108879749 effective search space used: 4108879749 T: 0 A: 0 X1: 11 (21.8 bits) X2: 15 (29.7 bits) S1: 12 (24.3 bits) S2: 16 (32.2 bits) |
3樓2015-05-10 16:19:29
nanhu1984
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4樓2015-05-12 11:24:31
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本帖內(nèi)容被屏蔽 |
5樓2015-05-12 20:19:36
ruociwang
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