當(dāng)前只顯示滿足指定條件的回帖，點(diǎn)擊這里查看本話題的所有回帖

fang8232335

應(yīng)助: 3 (幼兒園)
金幣: 425.4
散金: 5
帖子: 46
在線: 73.8小時(shí)
蟲(chóng)號(hào): 3636728
注冊(cè): 2015-01-09
性別: GG
專業(yè): 分子與進(jìn)化生態(tài)學(xué)

[交流] 全基因組測(cè)序已有4人參與

新手，自己工科出身，但現(xiàn)在老板讓弄分子生物學(xué)，測(cè)一個(gè)細(xì)菌的全基因組

�，F(xiàn)在拼接好的序列已經(jīng)有了，想問(wèn)下，我現(xiàn)在想查下這個(gè)全基因組序列里有沒(méi)有我想要的基因或蛋白質(zhì)序列要怎么操作哇（比如我知道這個(gè)菌有農(nóng)藥的降解效果，降解酶的蛋白質(zhì)序列已經(jīng)有了，現(xiàn)在想拿我測(cè)的基因組序列跟這個(gè)進(jìn)行比對(duì)，看是不是有這個(gè)序列，以及確定這個(gè)序列的位置），謝謝大家了！自己用NCBI上blast怎么也用不好

回復(fù)此樓

» 猜你喜歡

不合理蛙科研實(shí)驗(yàn)之“鼠逃三次我發(fā)三篇SCI” 已經(jīng)有0人回復(fù)
納米粒度分析已經(jīng)有3人回復(fù)
化學(xué)工程及工業(yè)化學(xué)論文潤(rùn)色/翻譯怎么收費(fèi)? 已經(jīng)有66人回復(fù)
林科院林化所招收材料與化工專業(yè)碩士，坐標(biāo)南京已經(jīng)有0人回復(fù)
留學(xué)--博士招生已經(jīng)有16人回復(fù)
化學(xué)工程，本211，求調(diào)劑，ab區(qū)不限已經(jīng)有4人回復(fù)
湖北師范大學(xué)招調(diào)劑啦已經(jīng)有6人回復(fù)
邵陽(yáng)學(xué)院食品與化學(xué)工程學(xué)院碩士調(diào)劑已經(jīng)有0人回復(fù)
天津商業(yè)大學(xué) 生物與醫(yī)藥課題組招生已經(jīng)有0人回復(fù)

» 本主題相關(guān)商家推薦: (我也要在這里推廣)

» 本主題相關(guān)價(jià)值貼推薦，對(duì)您同樣有幫助:

做了nosZ的功能基因，測(cè)序結(jié)果如下，我應(yīng)該怎么分析呢？已經(jīng)有7人回復(fù)
轉(zhuǎn)錄組測(cè)序后，與NCBI上提供的參考基因組mapping率極低的問(wèn)題已經(jīng)有11人回復(fù)
現(xiàn)在請(qǐng)公司測(cè)一個(gè)細(xì)菌的全基因組要用多長(zhǎng)時(shí)間已經(jīng)有6人回復(fù)
請(qǐng)教，轉(zhuǎn)錄組測(cè)序與基因組測(cè)序結(jié)果分析已經(jīng)有4人回復(fù)
大家對(duì)微生物測(cè)過(guò)全基因組嘛？進(jìn)來(lái)討論一下吧~ 已經(jīng)有11人回復(fù)
***！�。〖�(xì)菌全基因組測(cè)序亟待解決的困惑�。�！*** 已經(jīng)有7人回復(fù)
求助大牛，全基因組測(cè)序問(wèn)題已經(jīng)有8人回復(fù)
基因組測(cè)序結(jié)果問(wèn)題已經(jīng)有7人回復(fù)
請(qǐng)教做過(guò)人類基因外顯子測(cè)序的朋友已經(jīng)有5人回復(fù)
我擴(kuò)了某個(gè)物種的某個(gè)基因，測(cè)序結(jié)果比對(duì)后，我驚呆了已經(jīng)有9人回復(fù)
細(xì)菌全基因組測(cè)序已經(jīng)有5人回復(fù)
基因測(cè)序?qū)Ρ戎�，該怎樣判斷下一步怎么做�?/a> 已經(jīng)有3人回復(fù)

【資料】番茄基因組完成測(cè)序（附Nature全文）已經(jīng)有73人回復(fù)
怎樣在NCBI中查找一物種的全基因組？已經(jīng)有12人回復(fù)
尖孢鐮刀菌基因組有多大？全基因組測(cè)序的費(fèi)用大概多少？已經(jīng)有4人回復(fù)
一個(gè)二倍體植物的全基因組測(cè)序程序及花費(fèi)？已經(jīng)有18人回復(fù)
一個(gè)關(guān)于全基因組測(cè)序的問(wèn)題已經(jīng)有6人回復(fù)
【求助/交流】全基因組重測(cè)序和基因組測(cè)序有什么區(qū)別已經(jīng)有7人回復(fù)
【分享】小木蟲(chóng)基因組測(cè)序完成已經(jīng)有15人回復(fù)

1樓 2015-05-10 10:44:25

已閱回復(fù)此樓關(guān)注TA 給TA發(fā)消息送TA紅花 TA的回帖

nanhu1984

銀蟲(chóng) (正式寫(xiě)手)

應(yīng)助: 33 (小學(xué)生)
金幣: 2251.2
散金: 13
紅花: 13
帖子: 701
在線: 245.4小時(shí)
蟲(chóng)號(hào): 2531775
注冊(cè): 2013-07-04
專業(yè): 病原細(xì)菌、細(xì)菌感染與宿主

★
小木蟲(chóng): 金幣+0.5, 給個(gè)紅包，謝謝回帖

最好選擇BlastP或者BlastX，這樣獲得的結(jié)果更多，靈敏度更高

贊一下

回復(fù)此樓

https://www.microbialgenomic.cn/

4樓2015-05-12 11:24:31

已閱回復(fù)此樓關(guān)注TA 給TA發(fā)消息送TA紅花 TA的回帖

查看全部 6 個(gè)回答

growlywolf

金蟲(chóng) (小有名氣)

應(yīng)助: 39 (小學(xué)生)
金幣: 3099
散金: 1111
紅花: 10
帖子: 240
在線: 88.3小時(shí)
蟲(chóng)號(hào): 2454017
注冊(cè): 2013-05-08
專業(yè): 生物信息學(xué)

★
小木蟲(chóng): 金幣+0.5, 給個(gè)紅包，謝謝回帖

用基因組序列建立本地blast數(shù)據(jù)庫(kù)，以蛋白序列為query做本地tblast

[ 發(fā)自小木蟲(chóng)客戶端 ]

贊一下

回復(fù)此樓

2樓2015-05-10 10:54:24

已閱回復(fù)此樓關(guān)注TA 給TA發(fā)消息送TA紅花 TA的回帖

fang8232335

銀蟲(chóng) (初入文壇)

應(yīng)助: 3 (幼兒園)
金幣: 425.4
散金: 5
帖子: 46
在線: 73.8小時(shí)
蟲(chóng)號(hào): 3636728
注冊(cè): 2015-01-09
性別: GG
專業(yè): 分子與進(jìn)化生態(tài)學(xué)

引用回帖:

2樓: Originally posted by growlywolf at 2015-05-10 10:54:24
用基因組序列建立本地blast數(shù)據(jù)庫(kù)，以蛋白序列為query做本地tblast

我后來(lái)又找到了那個(gè)基因的序列，然后用BioEdit 進(jìn)行本地blast，得到下面的數(shù)據(jù)，這是代表有還是沒(méi)有哇，感覺(jué)都是片段匹配，是什么意思哇？
BLASTN 2.2.10 [Oct-19-2004]

Reference: Altschul, Stephen F., Thomas L. Madden, Alejandro A. Schaffer,
Jinghui Zhang, Zheng Zhang, Webb Miller, and David J. Lipman (1997),
"Gapped BLAST and PSI-BLAST: a new generation of protein database search
programs",  Nucleic Acids Res. 25:3389-3402.

Query= gi|148712|gb|M29593.1|FVBOPD Flavobacterium sp. parathion
hydrolase gene, complete cds
      (1693 letters)

Database: D:\BioEdit\database\X1-01.fas
         1 sequences; 2,450,153 total letters

                                                               Score E
Sequences producing significant alignments:                   (bits) Value

X1-01.seq                                                             34 0.21

>X1-01.seq
      Length = 2450153

Score = 34.2 bits (17), Expect = 0.21
Identities = 17/17 (100%)
Strand = Plus / Minus


Query: 466 tctgctcggcggcctgg 482
            |||||||||||||||||
Sbjct: 894223 tctgctcggcggcctgg 894207

Score = 34.2 bits (17), Expect = 0.21
Identities = 17/17 (100%)
Strand = Plus / Plus


Query: 986 gccagcttggccaccgg 1002
            |||||||||||||||||
Sbjct: 659980 gccagcttggccaccgg 659996

Score = 32.2 bits (16), Expect = 0.83
Identities = 16/16 (100%)
Strand = Plus / Minus


Query: 83    ggcttgccagcagccg 98
            ||||||||||||||||
Sbjct: 1669234 ggcttgccagcagccg 1669219

Score = 32.2 bits (16), Expect = 0.83
Identities = 16/16 (100%)
Strand = Plus / Plus


Query: 449    gcggccgccgcaggaa 464
            ||||||||||||||||
Sbjct: 1562756 gcggccgccgcaggaa 1562771

Score = 32.2 bits (16), Expect = 0.83
Identities = 16/16 (100%)
Strand = Plus / Minus


Query: 860 cagttcttcctgcgtg 875
            ||||||||||||||||
Sbjct: 699001 cagttcttcctgcgtg 698986

Score = 32.2 bits (16), Expect = 0.83
Identities = 16/16 (100%)
Strand = Plus / Plus


Query: 486 ggtgcgcgagcgtggc 501
            ||||||||||||||||
Sbjct: 393049 ggtgcgcgagcgtggc 393064

Score = 32.2 bits (16), Expect = 0.83
Identities = 19/20 (95%)
Strand = Plus / Minus


Query: 467 ctgctcggcggcctggctgg 486
         ||||||||||||||| ||||
Sbjct: 25911 ctgctcggcggcctgactgg 25892

  Database: D:\BioEdit\database\X1-01.fas
Posted date:  May 10, 2015  1:46 PM
  Number of letters in database: 2,450,153
  Number of sequences in database:  1

Lambda    K    H
1.37 0.711    1.31

Gapped
Lambda    K    H
1.37 0.711    1.31

Matrix: blastn matrix:1 -3
Gap Penalties: Existence: 5, Extension: 2
Number of Hits to DB: 3969
Number of Sequences: 1
Number of extensions: 3969
Number of successful extensions: 7
Number of sequences better than  1.0: 1
Number of HSP's better than  1.0 without gapping: 1
Number of HSP's successfully gapped in prelim test: 0
Number of HSP's that attempted gapping in prelim test: 0
Number of HSP's gapped (non-prelim): 7
length of query: 1693
length of database: 2,450,153
effective HSP length: 16
effective length of query: 1677
effective length of database: 2,450,137
effective search space: 4108879749
effective search space used: 4108879749
T: 0
A: 0
X1: 11 (21.8 bits)
X2: 15 (29.7 bits)
S1: 12 (24.3 bits)
S2: 16 (32.2 bits)

贊一下

回復(fù)此樓

3樓2015-05-10 16:19:29

已閱回復(fù)此樓關(guān)注TA 給TA發(fā)消息送TA紅花 TA的回帖

王志云006

新蟲(chóng) (初入文壇)

本帖內(nèi)容被屏蔽

5樓2015-05-12 20:19:36

已閱回復(fù)此樓關(guān)注TA 給TA發(fā)消息送TA紅花 TA的回帖

最具人氣熱帖推薦 [查看全部]	作者	回/看	最后發(fā)表

[考研] 化工調(diào)劑303分，過(guò)四級(jí) +5	棲梧待風(fēng) 2026-04-02	5/250	2026-04-02 11:49 by ms629
[考研] 348求調(diào)劑 +6	小懶蟲(chóng)不懶了 2026-03-27	7/350	2026-04-02 11:18 by sanrepian
[考研] 計(jì)算機(jī)265跨調(diào)環(huán)境 +5	Yumeng_6 2026-03-27	5/250	2026-04-02 10:54 by guanxin1001
[考研] 一志愿北交大材料工程總分358 +8	cs0106 2026-04-01	9/450	2026-04-02 10:36 by 不吃魚(yú)的貓
[考研] 292求調(diào)劑 +14	是妍子也是研子 2026-03-30	14/700	2026-04-02 10:17 by sanrepian
[考研] 求調(diào)劑，一志愿南京航空航天大學(xué) ，080500材料科學(xué)與工程學(xué)碩，總分289分 +11	@taotao 2026-03-29	11/550	2026-04-02 10:04 by realme321
[考研] 274求調(diào)劑 +8	薛定諤的虎。 2026-04-01	8/400	2026-04-02 09:21 by 晴空210210
[考研] 材料求調(diào)劑 +8	呢呢妮妮 2026-04-01	8/400	2026-04-02 07:13 by yjolah
[考博] 26年申博 +3	staryer 2026-03-30	4/200	2026-04-01 23:21 by ai4pharm
[考研] 279求調(diào)劑 +7	莫xiao 2026-04-01	7/350	2026-04-01 22:05 by 客爾美德
[考研] 342求調(diào)劑 +12	Mary Keen 2026-03-28	13/650	2026-04-01 21:02 by 流情牧豪
[考研] 調(diào)劑 +3	好好讀書(shū)。 2026-04-01	3/150	2026-04-01 17:06 by zhouyuwinner
[考研] 070300化學(xué)專業(yè)279調(diào)劑 +10	哈哈哈^_^ 2026-03-31	10/500	2026-03-31 23:13 by liu823948201
[考研] 277跪求調(diào)劑 +8	1915668 2026-03-27	13/650	2026-03-31 14:58 by 王亮_大連醫(yī)科大
[考研] 332求調(diào)劑 +6	@MZB382400 2026-03-28	6/300	2026-03-30 16:57 by 無(wú)際的草原
[考研] 本科新能源科學(xué)與工程，一志愿華理能動(dòng)285求調(diào)劑 +7	AZMK 2026-03-28	11/550	2026-03-28 21:01 by xxxsssccc
[考研] 295求調(diào)劑 +5	1428151015 2026-03-27	6/300	2026-03-28 04:04 by fmesaito
[考研] 265求調(diào)劑 +8	小木蟲(chóng)085600 2026-03-27	8/400	2026-03-27 22:16 by 無(wú)際的草原
[考研] 070300化學(xué)求調(diào)劑 +4	起個(gè)名咋這么難 2026-03-27	4/200	2026-03-27 21:39 by 83503孫老師
[考研] 292求調(diào)劑 +4	求求了收下我吧?/a> 2026-03-26	4/200	2026-03-27 10:37 by zhshch