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yukki_0818新蟲 (初入文壇)
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[求助]
關(guān)于multiwfn里ADCH的一些疑問 已有1人參與
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最近剛?cè)肓炕?jì)算坑,真是大坑。 我在算分子以及激發(fā)態(tài)的偶極矩,準(zhǔn)確來說是鍵偶極矩。研究思路是高斯計(jì)算→得出wfn文件→multiwfn查看ADCH→記錄每個原子的電荷分布→乘以鍵長=鍵偶極矩(偶極矩定義是正負(fù)電中心距離x電荷嘛)。然后問題出現(xiàn)了。 1.中性分子,但原子的正負(fù)電荷全加起來并不嚴(yán)格等于0,有時甚至一模一樣的化學(xué)鍵電荷都不同(比如CH4里四個氫的電荷分布不一樣)。老師說真是保留位數(shù)不同沒什么影響,這真的沒影響嗎? 2.一個與正電原子相連的另一原子必須帶負(fù)電嗎?比如NH2F,算出來N和F都是帶負(fù)電的,這就不知道該怎么分配電荷來計(jì)算N-F鍵的偶極矩了。 請求前輩們指導(dǎo)一下,或者給點(diǎn)解決方案。謝謝了。。。! |
木蟲 (正式寫手)
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1. 不同的電荷功能不同。ESP電荷只是考慮到了分子周圍的靜電勢,對分子內(nèi)部相互作用的描述不靠譜。ChelpG貌似原理上更優(yōu),考慮到了分子內(nèi)部的靜電勢分布;但是結(jié)果跟ESP差不多。NBO電荷只是給有機(jī)化學(xué)家看的,電荷數(shù)值偏大。AIM常常給出超出正常范圍的電荷,比如氧有時有絕對值大于1.0電荷。而且,以上電荷都主要用于討論分子間相互作用。 2. 相同種類的原子附近,在分子中的電子云分布不同,坐標(biāo)不同,得到的電荷就會有差別。只有做進(jìn)一步的約束計(jì)算才能得到具有對稱性的電荷。 請參考MacKerel的主頁,和RED網(wǎng)頁: http://q4md-forcefieldtools.org/RED/ 3. 研究分子內(nèi)局域性質(zhì),計(jì)算電荷不是個好辦法。因?yàn)殡姾刹皇俏锢砜蓽y量,定義具有隨意性。建議多查文獻(xiàn)多看看別人是怎么做的。 |
木蟲 (正式寫手)
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AIM文獻(xiàn)推薦: http://pubs.acs.org/doi/pdf/10.1021/jp001062e http://www.uwyo.edu/kubelka-chem/population_analysis.pdf http://www.lct.jussieu.fr/manuels/Gaussian98/00000415.htm (Gaussian成員中,開發(fā)AIM的人2000年左右離開了Gaussian公司,導(dǎo)致AIM功能不全。但是對于簡單體系,仍然可以做AIM分析。) https://notendur.hi.is//~egillsk ... der_pres_150206.pdf 還有個ELF(electron localization function)分析也可以試試。 http://www2.cpfs.mpg.de/ELF/index.php http://onlinelibrary.wiley.com/d ... 7610709.ch6/summary |
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