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如何計(jì)算分子間的弱相互作用以及分析氫鍵 已有2人參與
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如題 如何計(jì)算分子間的弱相互作用以及分析氫鍵 大家好，最近我在用gaussian軟件計(jì)算分子間的相互作用，但是對(duì)于操作步驟現(xiàn)在還是不太確定是不是正確的，所以向各位大牛詳細(xì)請(qǐng)教一下。 現(xiàn)在我把我的計(jì)算步驟詳細(xì)說一下 1）比如兩個(gè)分子，分別稱為分子A和分子B，兩個(gè)分子之間會(huì)形成氫鍵作用 2）我用gaussian軟件用B3LYP/6-311+G*基組分別計(jì)算了只有分子A存在的能量E(A)、只有分子B存在的能量E(B)以及同時(shí)存在兩個(gè)分子（即分子A和分子B）的能量E(AB) 3）最后計(jì)算 認(rèn)為E(AB)-E(A)-E(B)的絕對(duì)值是分子間的弱相互作用， 這樣的計(jì)算方法對(duì)不對(duì)，還是說要加上BSSE修正E(BSSE)就行了 即|E(AB)-E(A)-E(B)|+E(BSSE) 請(qǐng)大家不吝賜教，在此謝謝大家了 |
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7樓2015-06-23 13:58:47
kong890109
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gmy1990: 金幣+2, 感謝應(yīng)助 2015-06-24 17:09:32
gmy1990: 金幣+2, 感謝應(yīng)助 2015-06-24 17:09:32
| 需要BSSE校正，具體的弱相互作用分析方法可以參看此貼http://www.gaoyang168.com/html/201408/7827455.html；使用過這里面的RDG方法，感覺挺形象的，你可以試試。 |
2樓2015-06-22 20:06:50
zhou2009
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感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
十年磨練: 金幣+5, ★有幫助 2015-11-03 09:32:15
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十年磨練: 金幣+5, ★有幫助 2015-11-03 09:32:15
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B3LYP算氫鍵并不那么合用（參見“亂談DFT-D”：http://sobereva.com/83），如果起點(diǎn)不高，計(jì)算結(jié)果很難說。 不知分子體系有多大。最起碼要用b97d。最好用DFT-D。如果氫鍵體系較小，可以用mp4(sdtq)或者CCSD。 |
3樓2015-06-23 10:23:29
4樓2015-06-23 10:36:26
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