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十年磨練

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[求助] 如何計(jì)算分子間的弱相互作用以及分析氫鍵已有2人參與

如題如何計(jì)算分子間的弱相互作用以及分析氫鍵

大家好，最近我在用gaussian軟件計(jì)算分子間的相互作用，但是對(duì)于操作步驟現(xiàn)在還是不太確定是不是正確的，所以向各位大牛詳細(xì)請(qǐng)教一下。
現(xiàn)在我把我的計(jì)算步驟詳細(xì)說(shuō)一下
1）比如兩個(gè)分子，分別稱(chēng)為分子A和分子B，兩個(gè)分子之間會(huì)形成氫鍵作用
2）我用gaussian軟件用B3LYP/6-311+G*基組分別計(jì)算了只有分子A存在的能量E(A)、只有分子B存在的能量E(B)以及同時(shí)存在兩個(gè)分子（即分子A和分子B）的能量E(AB) 3）最后計(jì)算認(rèn)為E(AB)-E(A)-E(B)的絕對(duì)值是分子間的弱相互作用，
這樣的計(jì)算方法對(duì)不對(duì)，還是說(shuō)要加上BSSE修正E(BSSE)就行了即|E(AB)-E(A)-E(B)|+E(BSSE)

請(qǐng)大家不吝賜教，在此謝謝大家了

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1樓 2015-06-22 16:33:19

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gmy1990: 金幣+2, 感謝應(yīng)助 2015-06-24 17:09:32

需要BSSE校正，具體的弱相互作用分析方法可以參看此貼http://www.gaoyang168.com/html/201408/7827455.html；使用過(guò)這里面的RDG方法，感覺(jué)挺形象的，你可以試試。

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2樓2015-06-22 20:06:50

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3樓: Originally posted by zhou2009 at 2015-06-23 10:23:29
B3LYP算氫鍵并不那么合用（參見(jiàn)“亂談DFT-D”：http://sobereva.com/83），如果起點(diǎn)不高，計(jì)算結(jié)果很難說(shuō)。
不知分子體系有多大。最起碼要用b97d。最好用DFT-D。如果氫鍵體系較小，可以用mp4(sdtq)或者CCSD。...

首先，謝謝你的熱心解答，我再問(wèn)一下
一般一個(gè)分子有八九個(gè)原子，不過(guò)有時(shí)候我會(huì)研究好幾個(gè)分子之間的相互作用。這樣的話(huà)，原子個(gè)數(shù)大概就是30~60個(gè)左右，對(duì)于這樣的體系，選取mp2/aug-cc-pVDZ這樣一個(gè)基組怎么樣？計(jì)算時(shí)需不需要添加BSSE修正和色散修正？

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4樓2015-06-23 10:36:26

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感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
十年磨練: 金幣+5, ★有幫助 2015-11-03 09:32:15

B3LYP算氫鍵并不那么合用（參見(jiàn)“亂談DFT-D”：http://sobereva.com/83），如果起點(diǎn)不高，計(jì)算結(jié)果很難說(shuō)。
不知分子體系有多大。最起碼要用b97d。最好用DFT-D。如果氫鍵體系較小，可以用mp4(sdtq)或者CCSD。

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3樓2015-06-23 10:23:29

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2樓: Originally posted by kong890109 at 2015-06-22 20:06:50
需要BSSE校正，具體的弱相互作用分析方法可以參看此貼http://www.gaoyang168.com/html/201408/7827455.html；使用過(guò)這里面的RDG方法，感覺(jué)挺形象的，你可以試試。

嗯，好的，我先看看帖子

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5樓2015-06-23 10:37:10

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【答案】應(yīng)助回帖

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gmy1990: 金幣+2, 感謝應(yīng)助 2015-06-24 17:09:45

引用回帖:

4樓: Originally posted by 十年磨練 at 2015-06-23 10:36:26
首先，謝謝你的熱心解答，我再問(wèn)一下
一般一個(gè)分子有八九個(gè)原子，不過(guò)有時(shí)候我會(huì)研究好幾個(gè)分子之間的相互作用。這樣的話(huà)，原子個(gè)數(shù)大概就是30~60個(gè)左右，對(duì)于這樣的體系，選取mp2/aug-cc-pVDZ這樣一個(gè)基組怎么樣 ...

原子個(gè)數(shù)不算太大。mp2/aug-cc-pVDZ應(yīng)是可用的。但最好用Linux操作系統(tǒng)，避免數(shù)據(jù)溢出。
以我算氫鍵經(jīng)驗(yàn)看，如果有藍(lán)移氫鍵，mp2沒(méi)有mp4(sdtq)好。

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6樓2015-06-23 10:53:43

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6樓: Originally posted by zhou2009 at 2015-06-23 10:53:43
原子個(gè)數(shù)不算太大。mp2/aug-cc-pVDZ應(yīng)是可用的。但最好用Linux操作系統(tǒng)，避免數(shù)據(jù)溢出。
以我算氫鍵經(jīng)驗(yàn)看，如果有藍(lán)移氫鍵，mp2沒(méi)有mp4(sdtq)好。...

哦，我就是用linux下的gaussian算的

另外怎么區(qū)分得到的結(jié)果是氫鍵能量和范德華相互作用等

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7樓2015-06-23 13:58:47

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引用回帖:

7樓: Originally posted by 十年磨練 at 2015-06-23 13:58:47
哦，我就是用linux下的gaussian算的

另外怎么區(qū)分得到的結(jié)果是氫鍵能量和范德華相互作用等...

氫鍵是分子端頭處于能級(jí)高位的電子（如HOMO)向能級(jí)低位的勢(shì)阱空域偏移電子形成的。其中一方是LUMO之類(lèi)，是空域。
范德華作用的雙方通常都是配對(duì)的電子所形成的。（少見(jiàn)有一方是單電子）

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8樓2015-06-23 16:00:18

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8樓: Originally posted by zhou2009 at 2015-06-23 16:00:18
氫鍵是分子端頭處于能級(jí)高位的電子（如HOMO)向能級(jí)低位的勢(shì)阱空域偏移電子形成的。其中一方是LUMO之類(lèi)，是空域。
范德華作用的雙方通常都是配對(duì)的電子所形成的。（少見(jiàn)有一方是單電子）...

哦，我的意思是如何分別計(jì)算氫鍵和范德華相互作用的能量，或者算出來(lái)的能量如何區(qū)分多少是氫鍵多少是范德華相互作用能量
對(duì)于你上面說(shuō)的我不是很明白，我看看那方面的資料。對(duì)了，你有沒(méi)有推薦的這方面的資料可以給我發(fā)一下嗎？謝謝了

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9樓2015-06-25 09:25:18

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9樓: Originally posted by 十年磨練 at 2015-06-25 09:25:18
哦，我的意思是如何分別計(jì)算氫鍵和范德華相互作用的能量，或者算出來(lái)的能量如何區(qū)分多少是氫鍵多少是范德華相互作用能量
對(duì)于你上面說(shuō)的我不是很明白，我看看那方面的資料。對(duì)了，你有沒(méi)有推薦的這方面的資料可 ...

是不是應(yīng)該用波函數(shù)分析這個(gè)軟件，比如multiwfn這個(gè)，通過(guò)rdg分析可以表征弱相互作用和氫鍵作用，你可以試試。

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10樓2015-07-24 01:45:06

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