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餓的神啊新蟲 (著名寫手)
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[求助]
急求！核苷酸序列翻譯成氨基酸后，怎么回到對應(yīng)的核苷酸序列？ 已有2人參與
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下載了一段核苷酸序列，通過NCBI的ORF finder找了ORF，后來又比對找到了保守域，現(xiàn)在知道這個保守域的氨基酸序列，我想找到對應(yīng)的最初的核苷酸序列應(yīng)該怎么辦呢？附上序列 最初的核苷酸序列 >Cs8g12000.3 transcript(len:3478) -964.74 CAGAAATGCATAGACATTTTAAAGAGATTAGACAGCCGCTAACTGTTTGATAATAATCTCTTTTTCTCCATGCAAATATATATCACTCAA AATTAGTAACATACGAGTAGTCTTTCAATTGACTGAAAATTCTTCATATTCATTCATTCATTCATTCAATTTCATGAAAAAAATGAGAAG CGAGGAGGGCAGAGGAGGCTATATTGAAAACAATTCAGATACTGAAAGTATTGGCAGTGACAAAAGCGCATTCAGCGGACCGCTTGCCAA TAAACGAGCTTCCAAGAAAAGCGCCCGGTTCAATCTTCCGCCAGAAGCAGCAGTCACAAGCAGCAGTAACAATAACGATGATGGTGGTTA TGTAGAGATCACACTGGACATACGTGATGACTCTGTCGCAGTTCACAGCGTTCAGGGCGCACTTCATCATGAAGATCCTGAGTTGTCACT GTTGGCCAAGAAGACTTTGGAGATTAATAATAAATCTTCATCATTTCGGTCGTCTTTGTTCAGAAACACTTCCTCGCATATCAAGCAGGT CTCTCAAGAGCTCAAACGCTTTGCTTCCTTGACACGGCGACCCAGCAGCAGGCGTTTTGATAGGACTAAATCCGCTGCAGCTCATGCTCT TAAAGGACTCAAGTTCATCACCACCAAGACGGGAGCTGCCGGAAATGGCTGGCCTGCCGTCGAGAAGCGGTATAACGAGCTCGCCATCAC GACCTCCGACGGCCTTCTTCATTGCTCGATGTTCGGCGAATGCATAGGGATGAACAAGGAGTCTAAAGAATTTGCGGGTGAGCTATTCCG AGGACTTTGTAGAAAGCATAATATAAGTGGTGATTCTATCAACAAAGCTCAGCTCAAGGAGTTTTGGGACCAGATTTCCGACGAGAGCTT TGACTCCAGGCTCCAAACTTTCTTTGACATGGTCGACACAGACGCTGATGGAAGAATCACTGAAGAAGAAGTCAAAGAGATTATTAGTCT GAGTGCTTCTGCAAACAAGCTCTCCAACATTCAGAAACAAGCAGAGGAATATGCAGCCATGATTATGGAAGAATTAGACCCTGACAATGC CGGATACATCATGATTCATAACCTGGAAACATTGTTGTTGCAAGCTCCAAATCAATCTGTAAGAGTAGGAGACAGTCGAATTCTGAGTCA AATGTTGAGCCAGAAGCTGAAGCCAACCCAAGAAAACAACCCATTACGAAAATGTTATCAGAAGATTAAGTACTTTTTGATGGATAATTG GCAAAGGGTTTGGATTATGCTGTTGTGGCTTGGAATTGTTGGGGGTTTATTTGCCTACAAGTTTGTGCAGTACCGAAACAAGGCTGCTTA TGATGTGATGGGCTATTGCGTTTGCATTGCTAAAGGAGGAGCAGAGACACTTAAATTCAACATGGCCTTGATATTATTACCAGTTTGCCG AAACACCATCACATGGCTCAGAAACAAAACTAAATTAGGACTTGTTGTCCCTTTCGATGACAACTTAAATTTCCATAAGGTGATCGCGGT TGGAATTGGGATTGGAGTTATATTACACGGCGGAGCTCATCTAACCTGTGATTTCCCGCGACTCCTCCACGCGACTGAAGAAGAATACGA GCCAATGAAGCCTTACTTTGGGGACGAGCAACCGGATAATTACTGGTGGTTTGTAAAGGGAGTTGAAGGAGTAACAGGGATCATAATGGT GGTGTTAATGGTGATAGCATTCACTTTGGCAACGCCTTGGTTCAGGCGCAACAAGCTCAATCTGCCAAAACCACTTAAAAGACTCACTGG ATTCAATGCCTTTTGGTACTCACATCATCTTTTCATCATTGTCTATACCCTTCTCATTGTCCATGGAATTAAACTCTATCTCACCAAGAA ATGGTATCAGAAGACGACATGGATGTATCTGGCTGTCCCGATGGTTCTTTATGCTTGTGAGAGATTGACTAGAGCTTTGAGATCAAGCAT CGAGCCTGTCAAGATTCTCAAGGTTGCTGTTTATCCTGGAAATGTCTTGGCATTACACATGTCAAAACCACAAGGCTTCAAATACAAGAG CGGACAGTACATGTTTGTAAATTGCGCTGCCGTCTCACCATTCGAATGGCATCCGTTTTCCATCACATCATCACCAGGAGATGACTACCT CAGCGTTCACATCCGAACTTTGGGCGATTGGACTAGGCAGCTTAAGACAGTTTTCTCTGAGGTTTGCCAGCCTGCACCTGCTGGGAAGAG CGGTCTTCTCAGAGCAGAAAGGGAAAATAACTCTCGAGGGTATGTATTATTTGTTTTTTCCTTTTTAATAATTCATCAATGAAATTAATG TAAAATATTTGACAGAATGTTGACATAGATAAGATAAGACAAATACCAATTTAATTACTTAACTAAAAAATAAAGTAAATCTCAACTAAT TTCGCTTATATTTCTGTTACCGTTCTATCAAGATTCTGTTTGTGTCTTTCTCCTTTTTTGAATTAAAATTTATATCTTGTGATGTAGCAG GTTTCCAAAGATATTAATAGACGGACCATATGGAGCACCAGCTCAAGACTATAAAAAATATGATGTAGTGCTACTAGTGGGGCTTGGAAT TGGGGCTACTCCCATGATCAGCATAGTCAAAGACATCATCAACAACATGAAATCAGAAGACAACAATTTAGAGTCAGGATTAACAGTAAA CAACAACAACAAGAATTCATCATTCAATACAAGAAAAGCATACTTCTATTGGGTGACAAGGGAACAAGGTTCATTCGAGTGGTTCAAAGG CATAATGAATGAGGTGGCGGAGATGGATGAGAAGAGGGTAATAGAATTACACAATTATTGCACAAGTGTGTACGAAGAAGGAGATGCCAG GTCAGCGCTTATAGCTATGCTTCAATCACTCCATCATGCAAAGAATGGTGTTGATGTTGTTTCTGGGACACGTGTCAAATCTCACTTTGC TAAGCCAAATTGGAGACAAGTTTACAAGAGGATTGCTCTTCATCATCCTGATTCTAGAATTGGAGTATTCTATTGCGGTGCACCCGCACT AACAAAGGAGCTAAGACAACTAGCCTCGGATTTCTCCCACAAGACTTCCACTAAGTTTGAATTTCATAAAGAAAATTTTTAAAATTAATT AATTTATAGCTTCATCAATTGATTAATAATATTATTCTTGAACTTGGAAAGTTTTTTCTTTCTTTAGAAAGGAAGGTCCTCGGACATTAG TAGCCACTTGCAAATAGAAAATACGTACACTCAAATGGTCTGACTTTTCTTTTCTCTTTTTTTAATCACCCTTTTAAAAAATAAAGAGAG TGATGCCCCTTCTAGTCTTCTAGAAGAGTTGTTCAGTTTTATAGATATTCCAAAGTCCAATCTTACAGCTGTTCAACGTATTGTGTAATT CAATTCTTTCTTAATTGTTGACTGAATTGAATATGTAATGTAAACATATTCAGAGCTC 這個是ORF >Cs8g12000.3 722aa NADPH-OX superfamily; EFh superfamily; EF-hand-7; Ferric-reduct superfamily; FNR-like superfamily MKKMRSEEGRGGYIENNSDTESIGSDKSAFSGPLANKRASKKSA RFNLPPEAAVTSSSNNNDDGGYVEITLDIRDDSVAVHSVQGALHHEDPELSLLAKKTL EINNKSSSFRSSLFRNTSSHIKQVSQELKRFASLTRRPSSRRFDRTKSAAAHALKGLK FITTKTGAAGNGWPAVEKRYNELAITTSDGLLHCSMFGECIGMNKESKEFAGELFRGL CRKHNISGDSINKAQLKEFWDQISDESFDSRLQTFFDMVDTDADGRITEEEVKEIISL SASANKLSNIQKQAEEYAAMIMEELDPDNAGYIMIHNLETLLLQAPNQSVRVGDSRIL SQMLSQKLKPTQENNPLRKCYQKIKYFLMDNWQRVWIMLLWLGIVGGLFAYKFVQYRN KAAYDVMGYCVCIAKGGAETLKFNMALILLPVCRNTITWLRNKTKLGLVVPFDDNLNF HKVIAVGIGIGVILHGGAHLTCDFPRLLHATEEEYEPMKPYFGDEQPDNYWWFVKGVE GVTGIIMVVLMVIAFTLATPWFRRNKLNLPKPLKRLTGFNAFWYSHHLFIIVYTLLIV HGIKLYLTKKWYQKTTWMYLAVPMVLYACERLTRALRSSIEPVKILKVAVYPGNVLAL HMSKPQGFKYKSGQYMFVNCAAVSPFEWHPFSITSSPGDDYLSVHIRTLGDWTRQLKT VFSEVCQPAPAGKSGLLRAERENNSRGYVLFVFSFLIIHQ 這個是我找到的保守域的核苷酸：148-248 aa TKSAAAHALKGLKFITTKTGAAGNGWPAVEKRY NELAITTSDGLLHCSMFGECIGMNKESKEFAGELFRGLCRKHNISGDSINKAQLKEFWDQ ISDESFDS： 611-685 aa ILKVAVYPGNVLALHMSKPQGFKYKSGQYMFVNCAAVSPFEWHPFSITSSPGDDYLSVHI RTLGDWTRQLKTVFS 我想找到這個保守域氨基酸對應(yīng)的原核苷酸中的位置，好設(shè)計引物！ |
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餓的神啊2樓2015-07-03 11:30:27
liuderong
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餓的神啊: 金幣+20, ★★★★★最佳答案, 十分感謝！ 2015-07-03 14:53:39
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| 用NCBI的blastX，http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Bl ... p;LINK_LOC=blasttab。query那個框（上面那個）粘貼所有的DNA序列，另一個粘貼蛋白，比對一下就知道了。 |
3樓2015-07-03 11:31:37
liuderong
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5樓2015-07-03 14:54:37
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