 |
 |
 |
 |
 |
 |
||
 |
 |
 |
 |
 |
| 5 | 1/1 | 返回列表 |
| 查看: 2210 | 回復(fù): 8 | ||
| 當(dāng)前只顯示滿足指定條件的回帖，點擊這里查看本話題的所有回帖 | ||
jianchuanliu金蟲 (初入文壇)
|
[求助]
NVT時出現(xiàn)here is no domain decomposition for 30 nodes 已有1人參與
|
|
|
急��！ Gromacs！ NVT時出現(xiàn)here is no domain decomposition for 30 nodes that is compatible with the given box and a minimum cell size of 5.01333 nm 錯誤如何解決啊，我的gro和mdp文件在附件里。 做的是碳納米管加乙醇甲醇仿真。 謝謝 大神的解答！ error.png |
回復(fù)此樓» 本帖附件資源列表
-
歡迎監(jiān)督和反饋：小木蟲僅提供交流平臺，不對該內(nèi)容負(fù)責(zé)。
本內(nèi)容由用戶自主發(fā)布，如果其內(nèi)容涉及到知識產(chǎn)權(quán)問題，其責(zé)任在于用戶本人，如對版權(quán)有異議，請聯(lián)系郵箱：xiaomuchong@tal.com - 附件 1 : all.gro
- 附件 2 : nvt.mdp
2015-07-20 17:25:43, 437.44 K
2015-07-20 17:38:16, 1.72 K
» 猜你喜歡
286分人工智能專業(yè)請求調(diào)劑愿意跨考！
已經(jīng)有8人回復(fù)
-
資源與環(huán)境 調(diào)劑申請(333分)
已經(jīng)有5人回復(fù)
-
280求調(diào)劑
已經(jīng)有12人回復(fù)
-
269專碩求調(diào)劑
已經(jīng)有5人回復(fù)
-
求調(diào)劑院校信息
已經(jīng)有3人回復(fù)
-
材料學(xué)碩301分求調(diào)劑
已經(jīng)有7人回復(fù)
-
初試 317
已經(jīng)有7人回復(fù)
-
一志愿211，0703化學(xué)310分求調(diào)劑
已經(jīng)有3人回復(fù)
-
廣西大學(xué)材料導(dǎo)師推薦
已經(jīng)有5人回復(fù)
-
化學(xué)調(diào)劑
已經(jīng)有5人回復(fù)
» 本主題相關(guān)商家推薦: (我也要在這里推廣)
jianchuanliu
金蟲 (初入文壇)
- 應(yīng)助: 1 (幼兒園)
- 金幣: 2036.2
- 散金: 10
- 帖子: 49
- 在線: 48.6小時
- 蟲號: 2924195
- 注冊: 2014-01-10
- 專業(yè): 化學(xué)動力學(xué)
6樓2015-07-21 22:26:28
angjzy
木蟲 (小有名氣)
- 應(yīng)助: 5 (幼兒園)
- 金幣: 1745.2
- 散金: 1491
- 紅花: 5
- 帖子: 251
- 在線: 172.3小時
- 蟲號: 647898
- 注冊: 2008-11-06
- 專業(yè): 藥物材料
2樓2015-07-21 00:14:38
jianchuanliu
金蟲 (初入文壇)
- 應(yīng)助: 1 (幼兒園)
- 金幣: 2036.2
- 散金: 10
- 帖子: 49
- 在線: 48.6小時
- 蟲號: 2924195
- 注冊: 2014-01-10
- 專業(yè): 化學(xué)動力學(xué)
3樓2015-07-21 08:14:47
jianchuanliu
金蟲 (初入文壇)
- 應(yīng)助: 1 (幼兒園)
- 金幣: 2036.2
- 散金: 10
- 帖子: 49
- 在線: 48.6小時
- 蟲號: 2924195
- 注冊: 2014-01-10
- 專業(yè): 化學(xué)動力學(xué)
|
log文件里你說的那行是 Initializing Domain Decomposition on 32 nodes Dynamic load balancing: no Will sort the charge groups at every domain (re)decomposition Initial maximum inter charge-group distances: two-body bonded interactions: 4.558 nm, LJ-14, atoms 742 1195 multi-body bonded interactions: 4.549 nm, Angle, atoms 742 1176 Minimum cell size due to bonded interactions: 5.013 nm Guess for relative PME load: 0.06 Will use 30 particle-particle and 2 PME only nodes This is a guess, check the performance at the end of the log file Using 2 separate PME nodes, as guessed by mdrun Optimizing the DD grid for 30 cells with a minimum initial size of 5.013 nm The maximum allowed number of cells is: X 0 Y 0 Z 1 ------------------------------------------------------- Program mdrun, VERSION 4.6.5 Source code file: /build/buildd/gromacs-4.6.5/src/mdlib/domdec.c, line: 6913 Fatal error: There is no domain decomposition for 30 nodes that is compatible with the given box and a minimum cell size of 5.01333 nm Change the number of nodes or mdrun option -rdd Look in the log file for details on the domain decomposition For more information and tips for troubleshooting, please check the GROMACS website at http://www.gromacs.org/Documentation/Errors ------------------------------------------------------- "What's Your Definition Of Dirty ?" (G. Michael) |
4樓2015-07-21 08:42:50
| 最具人氣熱帖推薦 [查看全部] | 作者 | 回/看 | 最后發(fā)表 | |
|---|---|---|---|---|
|
[考研] 278求調(diào)劑 +9 | 煙火先于春 2026-03-17 | 9/450 |
|
|---|---|---|---|---|
|
|
[考研] 297求調(diào)劑 +11 | 戲精丹丹丹 2026-03-17 | 12/600 |
|
|
|
[考研] 317求調(diào)劑 +9 | 申子申申 2026-03-19 | 15/750 |
|
|
|
[考研] 初始318分求調(diào)劑（有工作經(jīng)驗） +3 | 1911236844 2026-03-17 | 3/150 |
|
|
[考研] 化學(xué)求調(diào)劑 +4 | 臨澤境llllll 2026-03-17 | 5/250 |
|
|
|
[考研] 華東師范大學(xué)-071000生物學(xué)-293分-求調(diào)劑 +3 | 研究生何瑤明 2026-03-18 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 一志愿西南交大，求調(diào)劑 +5 | 材化逐夢人 2026-03-18 | 5/250 |
|
|
|
[考研] 319求調(diào)劑 +3 | 小力氣珂珂 2026-03-20 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 求調(diào)劑 +3 | @taotao 2026-03-20 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 招收調(diào)劑碩士 +4 | lidianxing 2026-03-19 | 12/600 |
|
|
|
[考研] 材料學(xué)碩318求調(diào)劑 +5 | February_Feb 2026-03-19 | 5/250 |
|
|
|
[考研] 081700化工學(xué)碩調(diào)劑 +3 | 【1】 2026-03-16 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 本科鄭州大學(xué)物理學(xué)院，一志愿華科070200學(xué)碩，346求調(diào)劑 +4 | 我不是一根蔥 2026-03-18 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 材料，紡織，生物（0856、0710），化學(xué)招生啦 +3 | Eember. 2026-03-17 | 9/450 |
|
|
|
[考博] 26博士申請 +3 | 1042136743 2026-03-17 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 有沒有道鐵/土木的想調(diào)劑南林，給自己招師弟中～ +3 | TqlXswl 2026-03-16 | 7/350 |
|
|
|
[考研]
 11408 一志愿西電，277分求調(diào)劑
+3
|
zhouzhen654 2026-03-16 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 機(jī)械專碩325，尋找調(diào)劑院校 +3 | y9999 2026-03-15 | 5/250 |
|
|
|
[考研] 333求調(diào)劑 +3 | 文思客 2026-03-16 | 7/350 |
|
|
|
[考研] 0856求調(diào)劑 +3 | 劉夢微 2026-03-15 | 3/150 |
|