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小周zj123

新蟲(chóng) (初入文壇)

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[求助] MS分子晶體結(jié)構(gòu)優(yōu)化已有1人參與

各位大神，小弟想請(qǐng)教一下如何能夠?qū)?gòu)建的有機(jī)分子直接拉進(jìn)一個(gè)晶格內(nèi)，請(qǐng)大神們指點(diǎn)。多謝了。

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1樓 2015-11-23 22:40:18

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hnurenkui

木蟲(chóng) (正式寫(xiě)手)

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【答案】應(yīng)助回帖

引用回帖:

7樓: Originally posted by 橙子學(xué)術(shù) at 2015-11-24 12:28:18
非常感謝，可是我建好了盒子，也建了一個(gè)長(zhǎng)碳納米管，將管子復(fù)制黏貼過(guò)去時(shí)出了這個(gè)錯(cuò)誤是怎么回事��？

EO0]7XL63G3$H5%EXQGJJC0.png

J{VU08Z36P1(CM]Q]@9(W90.png
...

你的SWNT是周期性結(jié)構(gòu)的，不能直接復(fù)制，需要去掉周期性，操作為：激活SWNT文件，點(diǎn)擊build-symmetry-nonperiodic struture. 然后復(fù)制，粘貼過(guò)去就行了。

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難的不是事情本身，而是開(kāi)始行動(dòng)的勇氣！

9樓2015-11-24 16:42:45

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hnurenkui

木蟲(chóng) (正式寫(xiě)手)

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【答案】應(yīng)助回帖

感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1

沒(méi)太看懂你的問(wèn)題，是想計(jì)算分子的大小，還是要計(jì)算有機(jī)分子與金屬之間的相互作用。如果是計(jì)算分子大小，就先構(gòu)建一個(gè)盒子，然后把有機(jī)物分子復(fù)制過(guò)去。操作上一般是選中有機(jī)物分子，然后按住ctrl和shift，鼠標(biāo)右鍵移動(dòng)；按住shift，鼠標(biāo)右鍵旋轉(zhuǎn)分子。相互作用的話(huà)就幾何優(yōu)化然后計(jì)算能量的變化。

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難的不是事情本身，而是開(kāi)始行動(dòng)的勇氣！

2樓2015-11-23 23:02:01

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引用回帖:

2樓: Originally posted by hnurenkui at 2015-11-23 23:02:01
沒(méi)太看懂你的問(wèn)題，是想計(jì)算分子的大小，還是要計(jì)算有機(jī)分子與金屬之間的相互作用。如果是計(jì)算分子大小，就先構(gòu)建一個(gè)盒子，然后把有機(jī)物分子復(fù)制過(guò)去。操作上一般是選中有機(jī)物分子，然后按住ctrl和shift，鼠標(biāo)右鍵 ...

你好，怎么建一個(gè)空盒子呢，我再建碳納米管的時(shí)候沒(méi)有出現(xiàn)盒子，不知道怎么給它田間一個(gè)盒子？謝謝

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3樓2015-11-24 10:57:51

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引用回帖:

你好，怎么建一個(gè)空盒子呢，我在建碳納米管的時(shí)候沒(méi)有出現(xiàn)盒子，不知道怎么給它添加一個(gè)盒子？謝謝

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4樓2015-11-24 10:58:54

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