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蛋白質(zhì)同源建模 已有2人參與
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我在用swiss model 找模板的時(shí)候結(jié)果出來提示說分值太低（如下），請(qǐng)問這樣怎么辦呢？ - Aligning sequence of the user template structure with the target sequence using BLAST - Alignment quality between target and specified template is too low - Aligning sequence of the user template structure with the target sequence using HHSearch - Alignment quality between target and specified template it too low - Unfortunately, we could not align the user specified template to the target - For troubleshooting, please see our article in Nature Protocols: - Bordoli, L., Kiefer, F., Arnold, K., Benkert, P., Battey, J. and Schwede, T. (2009). Protein structure homology modelling using SWISS-MODEL Workspace. Nature Protocols, 4, 1. - Workspace Pipeline parameter Cut-off parameters to model the target based on a BLAST target-template alignment Evalue : 0.0001 Minimum Template size (aa) for ranking : 25 Minimum Sequence identity : 60 Cut-off parameters to model the target based on a HHSearch target-template alignment Evalue : 0.0001 Probability : 50 MAC : 0.3 Parameters for model selection Minimal number of uncovered target residues after BLAST to run HHSEARCH : 50 Minimal number of uncovered target residues to model an additional template : 25 - Finish SMR-Pipeline in automated mode on BC2-cluster at Sat Jan 23 01:58:09 2016 |
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5樓2016-01-28 19:44:29
wbf3ng
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2樓2016-01-23 11:50:16
3樓2016-01-23 15:05:26
shxteacher
鐵桿木蟲 (正式寫手)
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【答案】應(yīng)助回帖
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萬木有靈: 金幣+5 2016-01-28 19:44:31
萬木有靈: 金幣+5 2016-01-28 19:44:31
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其實(shí)進(jìn)行同源建模時(shí)候，并不是所有的蛋白全序列都可以建模，或者都能找到模板（template）。 但是對(duì)于目的蛋白，你可能只對(duì)其中某段序列區(qū)域（催化域，底物/輔酶結(jié)合域等）感興趣，而這些序列區(qū)域 可能保守度很高，可以對(duì)這些區(qū)域進(jìn)行建模即可。 你可以先將全序列進(jìn)行建模，如果全局比對(duì)分值很低，你根據(jù)比對(duì)結(jié)果，選取保守區(qū)域的氨基酸序列（最好含有你感興趣的區(qū)域），利用swiss model對(duì)該區(qū)域重新建模即可。 或者你試試這個(gè)建模網(wǎng)站PHYRE2：http://www.sbg.bio.ic.ac.uk/phyre2/html/page.cgi?id=index |
4樓2016-01-27 18:53:54
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