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小木蟲論壇-學術科研互動平臺 » 生物醫(yī)藥區(qū) » 分子生物 » 生物信息 » 蛋白質同源建模
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[求助]
蛋白質同源建模 已有2人參與
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我在用swiss model 找模板的時候結果出來提示說分值太低（如下），請問這樣怎么辦呢？ - Aligning sequence of the user template structure with the target sequence using BLAST - Alignment quality between target and specified template is too low - Aligning sequence of the user template structure with the target sequence using HHSearch - Alignment quality between target and specified template it too low - Unfortunately, we could not align the user specified template to the target - For troubleshooting, please see our article in Nature Protocols: - Bordoli, L., Kiefer, F., Arnold, K., Benkert, P., Battey, J. and Schwede, T. (2009). Protein structure homology modelling using SWISS-MODEL Workspace. Nature Protocols, 4, 1. - Workspace Pipeline parameter Cut-off parameters to model the target based on a BLAST target-template alignment Evalue : 0.0001 Minimum Template size (aa) for ranking : 25 Minimum Sequence identity : 60 Cut-off parameters to model the target based on a HHSearch target-template alignment Evalue : 0.0001 Probability : 50 MAC : 0.3 Parameters for model selection Minimal number of uncovered target residues after BLAST to run HHSEARCH : 50 Minimal number of uncovered target residues to model an additional template : 25 - Finish SMR-Pipeline in automated mode on BC2-cluster at Sat Jan 23 01:58:09 2016 |
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8樓2017-03-08 15:04:26
wbf3ng
金蟲 (小有名氣)
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2樓2016-01-23 11:50:16
3樓2016-01-23 15:05:26
shxteacher
鐵桿木蟲 (正式寫手)
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- 專業(yè): 蛋白質組學
【答案】應助回帖
★ ★ ★ ★ ★
萬木有靈: 金幣+5 2016-01-28 19:44:31
萬木有靈: 金幣+5 2016-01-28 19:44:31
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其實進行同源建模時候，并不是所有的蛋白全序列都可以建模，或者都能找到模板（template）。 但是對于目的蛋白，你可能只對其中某段序列區(qū)域（催化域，底物/輔酶結合域等）感興趣，而這些序列區(qū)域 可能保守度很高，可以對這些區(qū)域進行建模即可。 你可以先將全序列進行建模，如果全局比對分值很低，你根據比對結果，選取保守區(qū)域的氨基酸序列（最好含有你感興趣的區(qū)域），利用swiss model對該區(qū)域重新建模即可。 或者你試試這個建模網站PHYRE2：http://www.sbg.bio.ic.ac.uk/phyre2/html/page.cgi?id=index |
4樓2016-01-27 18:53:54
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