 |
 |
 |
 |
 |
 |
||
 |
 |
 |
 |
 |
| 5 | 1/1 | 返回列表 |
| 查看: 1086 | 回復(fù): 6 | |||
| 當前只顯示滿足指定條件的回帖，點擊這里查看本話題的所有回帖 | |||
[求助]
NAMD自己生成小分子的psf文件時總多一個氨基酸的cooH和NH3還有CA,為什么
|
|||
|
小分子的力場文件以及top是swiss-param生成的 下載下的小分子pdb和psf文件沒有問題。 采用vmd生產(chǎn)psf文件時就出問題了。 實在是不知道怎么回事 求大神指點。 萬分感激 文件放附件了 包括生產(chǎn)的top par文件以及 自個生產(chǎn)psf文件時的命令和結(jié)果文件 |
回復(fù)此樓» 本帖附件資源列表
-
歡迎監(jiān)督和反饋：小木蟲僅提供交流平臺，不對該內(nèi)容負責(zé)。
本內(nèi)容由用戶自主發(fā)布，如果其內(nèi)容涉及到知識產(chǎn)權(quán)問題，其責(zé)任在于用戶本人，如對版權(quán)有異議，請聯(lián)系郵箱：xiaomuchong@tal.com - 附件 1 : SAM.rar
2016-03-17 18:38:13, 12.2 K
» 猜你喜歡
346求調(diào)劑[0856]
已經(jīng)有7人回復(fù)
-
一志愿山大07化學(xué) 332分 四六級已過 本科山東雙非 求調(diào)劑！
已經(jīng)有3人回復(fù)
-
310求調(diào)劑
已經(jīng)有3人回復(fù)
-
機械專碩299求調(diào)劑至材料
已經(jīng)有4人回復(fù)
-
070300化學(xué)319求調(diào)劑
已經(jīng)有7人回復(fù)
-
08工科 320總分 求調(diào)劑
已經(jīng)有6人回復(fù)
-
一志愿天津大學(xué)化學(xué)工藝專業(yè)（081702）315分求調(diào)劑
已經(jīng)有12人回復(fù)
-
307求調(diào)劑
已經(jīng)有3人回復(fù)
-
265求調(diào)劑
已經(jīng)有3人回復(fù)
-
301求調(diào)劑
已經(jīng)有10人回復(fù)
» 本主題相關(guān)商家推薦: (我也要在這里推廣)
|
經(jīng)過幾天的摸索，終于整明白了。 這里我們使用top_all27_prot-lipid.inp時這里文件里面是默認定義了多肽鏈的NTER和CTER的。生成蛋白質(zhì)的psf文件是沒問題的。但有小分子作為ligand出現(xiàn)在獨立的一條鏈時，會出現(xiàn)錯誤。如果小分子的top文件沒有特別聲明，和蛋白質(zhì)一起生成psf文件是后多出一個NTER和CTER. 所以在小分子top文件的最后一行（END之前）要添加“patching firs non last none”就不會出現(xiàn)上述問題。 最簡單的做法是先生成蛋白或者DNA/RNA復(fù)合物的psf 文件。與swissparam生成的小分子的psf文件通過vmd的merge structure生成最后的psf以及pdb文件即可。 以上供大家參考！ |
3樓2016-03-21 14:43:32
|
經(jīng)過幾天的摸索，終于整明白了。 這里我們使用top_all27_prot-lipid.inp時這里文件里面是默認定義了多肽鏈的NTER和CTER的。生成蛋白質(zhì)的psf文件是沒問題的。但有小分子作為ligand出現(xiàn)在獨立的一條鏈時，會出現(xiàn)錯誤。如果小分子的top文件沒有特別聲明，和蛋白質(zhì)一起生成psf文件是后多出一個NTER和CTER. 所以在小分子top文件的最后一行（END之前）要添加“patching firs non last none”就不會出現(xiàn)上述問題。 最簡單的做法是先生成蛋白或者DNA/RNA復(fù)合物的psf 文件。與swissparam生成的小分子的psf文件通過vmd的merge structure生成最后的psf以及pdb文件即可。 以上供大家參考！ |
2樓2016-03-21 14:42:59
|
經(jīng)過幾天的摸索，終于整明白了。 這里我們使用top_all27_prot-lipid.inp時這里文件里面是默認定義了多肽鏈的NTER和CTER的。生成蛋白質(zhì)的psf文件是沒問題的。但有小分子作為ligand出現(xiàn)在獨立的一條鏈時，會出現(xiàn)錯誤。如果小分子的top文件沒有特別聲明，和蛋白質(zhì)一起生成psf文件是后多出一個NTER和CTER. 所以在小分子top文件的最后一行（END之前）要添加“patching firs non last none”就不會出現(xiàn)上述問題。 最簡單的做法是先生成蛋白或者DNA/RNA復(fù)合物的psf 文件。與swissparam生成的小分子的psf文件通過vmd的merge structure生成最后的psf以及pdb文件即可。 以上供大家參考！ |
4樓2016-03-21 14:44:17
|
經(jīng)過幾天的摸索，終于整明白了。 這里我們使用top_all27_prot-lipid.inp時這里文件里面是默認定義了多肽鏈的NTER和CTER的。生成蛋白質(zhì)的psf文件是沒問題的。但有小分子作為ligand出現(xiàn)在獨立的一條鏈時，會出現(xiàn)錯誤。如果小分子的top文件沒有特別聲明，和蛋白質(zhì)一起生成psf文件是后多出一個NTER和CTER. 所以在小分子top文件的最后一行（END之前）要添加“patching firs non last none”就不會出現(xiàn)上述問題。 最簡單的做法是先生成蛋白或者DNA/RNA復(fù)合物的psf 文件。與swissparam生成的小分子的psf文件通過vmd的merge structure生成最后的psf以及pdb文件即可。 以上供大家參考！ |
5樓2016-03-21 14:44:30
| 最具人氣熱帖推薦 [查看全部] | 作者 | 回/看 | 最后發(fā)表 | |
|---|---|---|---|---|
|
[考研] 070300化學(xué)319求調(diào)劑 +7 | 錦鯉0909 2026-03-17 | 7/350 |
|
|---|---|---|---|---|
|
[考研] 08工科 320總分 求調(diào)劑 +6 | 梨花珞晚風(fēng) 2026-03-17 | 6/300 |
|
|
|
[考研] 299求調(diào)劑 +6 | △小透明* 2026-03-17 | 6/300 |
|
|
|
[考研] 一志愿華中科技大學(xué)，080502，354分求調(diào)劑 +5 | 守候夕陽CF 2026-03-18 | 5/250 |
|
|
|
[考研] 304求調(diào)劑 +6 | 曼殊2266 2026-03-18 | 6/300 |
|
|
|
[考研] 290求調(diào)劑 +7 | ^O^乜 2026-03-19 | 7/350 |
|
|
|
[考研] 一志愿西南交通 專碩 材料355 本科雙非 求調(diào)劑 +5 | 西南交通專材355 2026-03-19 | 5/250 |
|
|
|
[考研] 求調(diào)劑 +3 | @taotao 2026-03-20 | 3/150 |
|
|
|
[基金申請]
學(xué)校已經(jīng)提交到NSFC，還能修改嗎？
 40+4
|
babangida 2026-03-19 | 8/400 |
|
|
|
[考研] 0856調(diào)劑，是學(xué)校就去 +8 | sllhht 2026-03-19 | 9/450 |
|
|
|
[考研] 一志愿中國海洋大學(xué)，生物學(xué)，301分，求調(diào)劑 +5 | 1孫悟空 2026-03-17 | 6/300 |
|
|
|
[考研] 311求調(diào)劑 +6 | 26研0 2026-03-15 | 6/300 |
|
|
|
[考研] 0854可跨調(diào)劑，一作一項核心論文五項專利，省、國級證書40+數(shù)一英一287 +8 | 小李0854 2026-03-16 | 8/400 |
|
|
|
[考研] 收復(fù)試調(diào)劑生 +4 | 雨后秋荷 2026-03-18 | 4/200 |
|
|
|
[考博] 26博士申請 +3 | 1042136743 2026-03-17 | 3/150 |
|
|
|
[考研] [導(dǎo)師推薦]西南科技大學(xué)國防/材料導(dǎo)師推薦 +3 | 尖角小荷 2026-03-16 | 6/300 |
|
|
|
[考研] 東南大學(xué)364求調(diào)劑 +5 | JasonYuiui 2026-03-15 | 5/250 |
|
|
|
[考研] 一志愿211 0703方向310分求調(diào)劑 +3 | 努力奮斗112 2026-03-15 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 327求調(diào)劑 +6 | 拾光任染 2026-03-15 | 11/550 |
|
|
|
[考研] 085601材料工程315分求調(diào)劑 +3 | yang_0104 2026-03-15 | 3/150 |
|