 |
 |
 |
 |
 |
 |
||
 |
 |
 |
 |
 |
| 7 | 1/1 | 返回列表 |
| 查看: 1081 | 回復(fù): 6 | |||
[求助]
NAMD自己生成小分子的psf文件時(shí)總多一個(gè)氨基酸的cooH和NH3還有CA,為什么
|
|
小分子的力場(chǎng)文件以及top是swiss-param生成的 下載下的小分子pdb和psf文件沒有問題。 采用vmd生產(chǎn)psf文件時(shí)就出問題了。 實(shí)在是不知道怎么回事 求大神指點(diǎn)。 萬分感激 文件放附件了 包括生產(chǎn)的top par文件以及 自個(gè)生產(chǎn)psf文件時(shí)的命令和結(jié)果文件 |
回復(fù)此樓» 本帖附件資源列表
-
歡迎監(jiān)督和反饋：小木蟲僅提供交流平臺(tái)，不對(duì)該內(nèi)容負(fù)責(zé)。
本內(nèi)容由用戶自主發(fā)布，如果其內(nèi)容涉及到知識(shí)產(chǎn)權(quán)問題，其責(zé)任在于用戶本人，如對(duì)版權(quán)有異議，請(qǐng)聯(lián)系郵箱：xiaomuchong@tal.com - 附件 1 : SAM.rar
2016-03-17 18:38:13, 12.2 K
» 猜你喜歡
材料學(xué)碩297已過四六級(jí)求調(diào)劑推薦
已經(jīng)有8人回復(fù)
-
本人考085602 化學(xué)工程 專碩
已經(jīng)有21人回復(fù)
-
265求調(diào)劑
已經(jīng)有12人回復(fù)
-
求調(diào)劑
已經(jīng)有5人回復(fù)
-
一志愿中南化學(xué)337求調(diào)劑
已經(jīng)有6人回復(fù)
-
350求調(diào)劑
已經(jīng)有3人回復(fù)
-
295復(fù)試調(diào)劑
已經(jīng)有8人回復(fù)
-
0817 化學(xué)工程 299分求調(diào)劑 有科研經(jīng)歷 有二區(qū)文章
已經(jīng)有22人回復(fù)
-
287求調(diào)劑
已經(jīng)有7人回復(fù)
-
329求調(diào)劑
已經(jīng)有7人回復(fù)
» 本主題相關(guān)商家推薦: (我也要在這里推廣)
|
經(jīng)過幾天的摸索，終于整明白了。 這里我們使用top_all27_prot-lipid.inp時(shí)這里文件里面是默認(rèn)定義了多肽鏈的NTER和CTER的。生成蛋白質(zhì)的psf文件是沒問題的。但有小分子作為ligand出現(xiàn)在獨(dú)立的一條鏈時(shí)，會(huì)出現(xiàn)錯(cuò)誤。如果小分子的top文件沒有特別聲明，和蛋白質(zhì)一起生成psf文件是后多出一個(gè)NTER和CTER. 所以在小分子top文件的最后一行（END之前）要添加“patching firs non last none”就不會(huì)出現(xiàn)上述問題。 最簡(jiǎn)單的做法是先生成蛋白或者DNA/RNA復(fù)合物的psf 文件。與swissparam生成的小分子的psf文件通過vmd的merge structure生成最后的psf以及pdb文件即可。 以上供大家參考！ |
2樓2016-03-21 14:42:59
|
經(jīng)過幾天的摸索，終于整明白了。 這里我們使用top_all27_prot-lipid.inp時(shí)這里文件里面是默認(rèn)定義了多肽鏈的NTER和CTER的。生成蛋白質(zhì)的psf文件是沒問題的。但有小分子作為ligand出現(xiàn)在獨(dú)立的一條鏈時(shí)，會(huì)出現(xiàn)錯(cuò)誤。如果小分子的top文件沒有特別聲明，和蛋白質(zhì)一起生成psf文件是后多出一個(gè)NTER和CTER. 所以在小分子top文件的最后一行（END之前）要添加“patching firs non last none”就不會(huì)出現(xiàn)上述問題。 最簡(jiǎn)單的做法是先生成蛋白或者DNA/RNA復(fù)合物的psf 文件。與swissparam生成的小分子的psf文件通過vmd的merge structure生成最后的psf以及pdb文件即可。 以上供大家參考！ |
3樓2016-03-21 14:43:32
|
經(jīng)過幾天的摸索，終于整明白了。 這里我們使用top_all27_prot-lipid.inp時(shí)這里文件里面是默認(rèn)定義了多肽鏈的NTER和CTER的。生成蛋白質(zhì)的psf文件是沒問題的。但有小分子作為ligand出現(xiàn)在獨(dú)立的一條鏈時(shí)，會(huì)出現(xiàn)錯(cuò)誤。如果小分子的top文件沒有特別聲明，和蛋白質(zhì)一起生成psf文件是后多出一個(gè)NTER和CTER. 所以在小分子top文件的最后一行（END之前）要添加“patching firs non last none”就不會(huì)出現(xiàn)上述問題。 最簡(jiǎn)單的做法是先生成蛋白或者DNA/RNA復(fù)合物的psf 文件。與swissparam生成的小分子的psf文件通過vmd的merge structure生成最后的psf以及pdb文件即可。 以上供大家參考！ |
4樓2016-03-21 14:44:17
|
經(jīng)過幾天的摸索，終于整明白了。 這里我們使用top_all27_prot-lipid.inp時(shí)這里文件里面是默認(rèn)定義了多肽鏈的NTER和CTER的。生成蛋白質(zhì)的psf文件是沒問題的。但有小分子作為ligand出現(xiàn)在獨(dú)立的一條鏈時(shí)，會(huì)出現(xiàn)錯(cuò)誤。如果小分子的top文件沒有特別聲明，和蛋白質(zhì)一起生成psf文件是后多出一個(gè)NTER和CTER. 所以在小分子top文件的最后一行（END之前）要添加“patching firs non last none”就不會(huì)出現(xiàn)上述問題。 最簡(jiǎn)單的做法是先生成蛋白或者DNA/RNA復(fù)合物的psf 文件。與swissparam生成的小分子的psf文件通過vmd的merge structure生成最后的psf以及pdb文件即可。 以上供大家參考！ |
5樓2016-03-21 14:44:30
6樓2016-03-21 14:45:36
排骨仙科研
銀蟲 (初入文壇)
- 應(yīng)助: 0 (幼兒園)
- 金幣: 412.6
- 帖子: 18
- 在線: 39.3小時(shí)
- 蟲號(hào): 2469981
- 注冊(cè): 2013-05-18
- 專業(yè): 藥物設(shè)計(jì)與藥物信息
7樓2016-11-10 09:28:09
相關(guān)版塊跳轉(zhuǎn)
我要訂閱樓主 supertype 的主題更新
| 7 | 1/1 | 返回列表 |
| 最具人氣熱帖推薦 [查看全部] | 作者 | 回/看 | 最后發(fā)表 | |
|---|---|---|---|---|
|
[考研] 本人考085602 化學(xué)工程 專碩 +19 | 不知道叫什么！ 2026-03-15 | 21/1050 |
|
|---|---|---|---|---|
|
[考研] 350求調(diào)劑 +3 | weudhdk 2026-03-19 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 316求調(diào)劑 +3 | 梁茜雯 2026-03-19 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 一志愿南昌大學(xué)，327分，材料與化工085600 +7 | Ncdx123456 2026-03-19 | 7/350 |
|
|
|
[考研] A區(qū)線材料學(xué)調(diào)劑 +3 | 周周無極 2026-03-20 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 【考研調(diào)劑】化學(xué)專業(yè) 281分，一志愿四川大學(xué)，誠(chéng)心求調(diào)劑 +6 | 吃吃吃才有意義 2026-03-19 | 6/300 |
|
|
|
[考研]
 271材料工程求調(diào)劑
+7
|
.6lL 2026-03-18 | 7/350 |
|
|
|
[考研] 求調(diào)劑 +3 | 暗涌afhb 2026-03-16 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 一志愿蘇州大學(xué)材料求調(diào)劑，總分315（英一） +3 | sbdksD 2026-03-19 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 085601材料工程專碩求調(diào)劑 +10 | 慕寒mio 2026-03-16 | 10/500 |
|
|
|
[考研] 一志愿福大288有機(jī)化學(xué)，求調(diào)劑 +3 | 小木蟲200408204 2026-03-18 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 08工科 320總分 求調(diào)劑 +5 | 梨花珞晚風(fēng) 2026-03-17 | 5/250 |
|
|
|
[考研] 311求調(diào)劑 +11 | 冬十三 2026-03-15 | 12/600 |
|
|
|
[考研] 0854可跨調(diào)劑，一作一項(xiàng)核心論文五項(xiàng)專利，省、國(guó)級(jí)證書40+數(shù)一英一287 +8 | 小李0854 2026-03-16 | 8/400 |
|
|
|
[考研] 一志愿西南交大，求調(diào)劑 +4 | 材化逐夢(mèng)人 2026-03-18 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 材料專碩306英一數(shù)二 +10 | z1z2z3879 2026-03-16 | 13/650 |
|
|
|
[考研] 304求調(diào)劑 +5 | 素年祭語(yǔ) 2026-03-15 | 5/250 |
|
|
|
[考研] 304求調(diào)劑 +4 | ahbd 2026-03-14 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 070303 總分349求調(diào)劑 +3 | LJY9966 2026-03-15 | 5/250 |
|
|
|
[考研] 中科大材料與化工319求調(diào)劑 +3 | 孟鑫材料 2026-03-14 | 3/150 |
|