 |
 |
 |
 |
 |
 |
||
 |
 |
 |
 |
 |
| 7 | 1/1 | 返回列表 |
| 查看: 1078 | 回復: 6 | ||
[求助]
NAMD自己生成小分子的psf文件時總多一個氨基酸的cooH和NH3還有CA,為什么
|
|
小分子的力場文件以及top是swiss-param生成的 下載下的小分子pdb和psf文件沒有問題。 采用vmd生產psf文件時就出問題了。 實在是不知道怎么回事 求大神指點。 萬分感激 文件放附件了 包括生產的top par文件以及 自個生產psf文件時的命令和結果文件 |
回復此樓» 本帖附件資源列表
-
歡迎監(jiān)督和反饋：小木蟲僅提供交流平臺，不對該內容負責。
本內容由用戶自主發(fā)布，如果其內容涉及到知識產權問題，其責任在于用戶本人，如對版權有異議，請聯系郵箱：xiaomuchong@tal.com - 附件 1 : SAM.rar
2016-03-17 18:38:13, 12.2 K
» 猜你喜歡
287求調劑
已經有5人回復
-
22408 344分 求調劑 一志愿 華電計算機技術
已經有3人回復
-
289求調劑
已經有3人回復
-
317求調劑
已經有10人回復
-
廣西大學家禽遺傳育種課題組2026年碩士招生（接收計算機專業(yè)調劑）
已經有3人回復
-
學校已經提交到NSFC，還能修改嗎？
已經有8人回復
-
08工學調劑
已經有5人回復
-
281求調劑（0805）
已經有25人回復
-
085600材料與化工
已經有6人回復
-
265求調劑
已經有8人回復
» 本主題相關商家推薦: (我也要在這里推廣)
|
經過幾天的摸索，終于整明白了。 這里我們使用top_all27_prot-lipid.inp時這里文件里面是默認定義了多肽鏈的NTER和CTER的。生成蛋白質的psf文件是沒問題的。但有小分子作為ligand出現在獨立的一條鏈時，會出現錯誤。如果小分子的top文件沒有特別聲明，和蛋白質一起生成psf文件是后多出一個NTER和CTER. 所以在小分子top文件的最后一行（END之前）要添加“patching firs non last none”就不會出現上述問題。 最簡單的做法是先生成蛋白或者DNA/RNA復合物的psf 文件。與swissparam生成的小分子的psf文件通過vmd的merge structure生成最后的psf以及pdb文件即可。 以上供大家參考！ |
2樓2016-03-21 14:42:59
|
經過幾天的摸索，終于整明白了。 這里我們使用top_all27_prot-lipid.inp時這里文件里面是默認定義了多肽鏈的NTER和CTER的。生成蛋白質的psf文件是沒問題的。但有小分子作為ligand出現在獨立的一條鏈時，會出現錯誤。如果小分子的top文件沒有特別聲明，和蛋白質一起生成psf文件是后多出一個NTER和CTER. 所以在小分子top文件的最后一行（END之前）要添加“patching firs non last none”就不會出現上述問題。 最簡單的做法是先生成蛋白或者DNA/RNA復合物的psf 文件。與swissparam生成的小分子的psf文件通過vmd的merge structure生成最后的psf以及pdb文件即可。 以上供大家參考！ |
3樓2016-03-21 14:43:32
|
經過幾天的摸索，終于整明白了。 這里我們使用top_all27_prot-lipid.inp時這里文件里面是默認定義了多肽鏈的NTER和CTER的。生成蛋白質的psf文件是沒問題的。但有小分子作為ligand出現在獨立的一條鏈時，會出現錯誤。如果小分子的top文件沒有特別聲明，和蛋白質一起生成psf文件是后多出一個NTER和CTER. 所以在小分子top文件的最后一行（END之前）要添加“patching firs non last none”就不會出現上述問題。 最簡單的做法是先生成蛋白或者DNA/RNA復合物的psf 文件。與swissparam生成的小分子的psf文件通過vmd的merge structure生成最后的psf以及pdb文件即可。 以上供大家參考！ |
4樓2016-03-21 14:44:17
|
經過幾天的摸索，終于整明白了。 這里我們使用top_all27_prot-lipid.inp時這里文件里面是默認定義了多肽鏈的NTER和CTER的。生成蛋白質的psf文件是沒問題的。但有小分子作為ligand出現在獨立的一條鏈時，會出現錯誤。如果小分子的top文件沒有特別聲明，和蛋白質一起生成psf文件是后多出一個NTER和CTER. 所以在小分子top文件的最后一行（END之前）要添加“patching firs non last none”就不會出現上述問題。 最簡單的做法是先生成蛋白或者DNA/RNA復合物的psf 文件。與swissparam生成的小分子的psf文件通過vmd的merge structure生成最后的psf以及pdb文件即可。 以上供大家參考！ |
5樓2016-03-21 14:44:30
6樓2016-03-21 14:45:36
7樓2016-11-10 09:28:09
相關版塊跳轉
我要訂閱樓主 supertype 的主題更新
| 7 | 1/1 | 返回列表 |
| 最具人氣熱帖推薦 [查看全部] | 作者 | 回/看 | 最后發(fā)表 | |
|---|---|---|---|---|
|
[考研] 289求調劑 +3 | 懷瑾握瑜l 2026-03-20 | 3/150 |
|
|---|---|---|---|---|
|
|
[考研] 一志愿中南化學337求調劑 +4 | niko- 2026-03-19 | 5/250 |
|
|
[考研]
 271材料工程求調劑
+7
|
.6lL 2026-03-18 | 7/350 |
|
|
|
[考研]
320求調劑0856
+3
|
不想起名字112 2026-03-19 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 一志愿北京化工大學0703化學318分，有科研經歷，求調劑 +3 | 一瓶苯甲酸 2026-03-14 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 324分 085600材料化工求調劑 +3 | llllkkkhh 2026-03-18 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 本科鄭州大學物理學院，一志愿華科070200學碩，346求調劑 +4 | 我不是一根蔥 2026-03-18 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 304求調劑 +6 | 司空. 2026-03-18 | 6/300 |
|
|
|
[考研] 材料工程專碩調劑 +5 | 204818@lcx 2026-03-17 | 6/300 |
|
|
|
[考研] 化學工程321分求調劑 +15 | 大米飯！ 2026-03-15 | 18/900 |
|
|
|
[考研] 收復試調劑生 +4 | 雨后秋荷 2026-03-18 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 312求調劑 +8 | 陌宸希 2026-03-16 | 9/450 |
|
|
|
[考研]
0854，計算機類招收調劑
+3
|
胡辣湯放糖 2026-03-15 | 6/300 |
|
|
|
[考研] 278求調劑 +5 | 煙火先于春 2026-03-17 | 5/250 |
|
|
|
[考研] 268求調劑 +8 | 一定有學上- 2026-03-14 | 9/450 |
|
|
|
[考研] 材料專碩326求調劑 +6 | 墨煜姒莘 2026-03-15 | 7/350 |
|
|
|
[考研] 藥學383 求調劑 +3 | 藥學chy 2026-03-15 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 304求調劑 +4 | ahbd 2026-03-14 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 0703化學調劑 290分有科研經歷，論文在投 +7 | 膩膩gk 2026-03-14 | 7/350 |
|
|
|
[考研] 復試調劑 +3 | 呼呼？~+123456 2026-03-14 | 3/150 |
|