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NAMD自己生成小分子的psf文件時(shí)總多一個(gè)氨基酸的cooH和NH3還有CA,為什么
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小分子的力場(chǎng)文件以及top是swiss-param生成的 下載下的小分子pdb和psf文件沒(méi)有問(wèn)題。 采用vmd生產(chǎn)psf文件時(shí)就出問(wèn)題了。 實(shí)在是不知道怎么回事 求大神指點(diǎn)。 萬(wàn)分感激 文件放附件了 包括生產(chǎn)的top par文件以及 自個(gè)生產(chǎn)psf文件時(shí)的命令和結(jié)果文件 |
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2016-03-17 18:38:13, 12.2 K
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6樓2016-03-21 14:45:36
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經(jīng)過(guò)幾天的摸索，終于整明白了。 這里我們使用top_all27_prot-lipid.inp時(shí)這里文件里面是默認(rèn)定義了多肽鏈的NTER和CTER的。生成蛋白質(zhì)的psf文件是沒(méi)問(wèn)題的。但有小分子作為ligand出現(xiàn)在獨(dú)立的一條鏈時(shí)，會(huì)出現(xiàn)錯(cuò)誤。如果小分子的top文件沒(méi)有特別聲明，和蛋白質(zhì)一起生成psf文件是后多出一個(gè)NTER和CTER. 所以在小分子top文件的最后一行（END之前）要添加“patching firs non last none”就不會(huì)出現(xiàn)上述問(wèn)題。 最簡(jiǎn)單的做法是先生成蛋白或者DNA/RNA復(fù)合物的psf 文件。與swissparam生成的小分子的psf文件通過(guò)vmd的merge structure生成最后的psf以及pdb文件即可。 以上供大家參考！ |
2樓2016-03-21 14:42:59
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經(jīng)過(guò)幾天的摸索，終于整明白了。 這里我們使用top_all27_prot-lipid.inp時(shí)這里文件里面是默認(rèn)定義了多肽鏈的NTER和CTER的。生成蛋白質(zhì)的psf文件是沒(méi)問(wèn)題的。但有小分子作為ligand出現(xiàn)在獨(dú)立的一條鏈時(shí)，會(huì)出現(xiàn)錯(cuò)誤。如果小分子的top文件沒(méi)有特別聲明，和蛋白質(zhì)一起生成psf文件是后多出一個(gè)NTER和CTER. 所以在小分子top文件的最后一行（END之前）要添加“patching firs non last none”就不會(huì)出現(xiàn)上述問(wèn)題。 最簡(jiǎn)單的做法是先生成蛋白或者DNA/RNA復(fù)合物的psf 文件。與swissparam生成的小分子的psf文件通過(guò)vmd的merge structure生成最后的psf以及pdb文件即可。 以上供大家參考！ |
3樓2016-03-21 14:43:32
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經(jīng)過(guò)幾天的摸索，終于整明白了。 這里我們使用top_all27_prot-lipid.inp時(shí)這里文件里面是默認(rèn)定義了多肽鏈的NTER和CTER的。生成蛋白質(zhì)的psf文件是沒(méi)問(wèn)題的。但有小分子作為ligand出現(xiàn)在獨(dú)立的一條鏈時(shí)，會(huì)出現(xiàn)錯(cuò)誤。如果小分子的top文件沒(méi)有特別聲明，和蛋白質(zhì)一起生成psf文件是后多出一個(gè)NTER和CTER. 所以在小分子top文件的最后一行（END之前）要添加“patching firs non last none”就不會(huì)出現(xiàn)上述問(wèn)題。 最簡(jiǎn)單的做法是先生成蛋白或者DNA/RNA復(fù)合物的psf 文件。與swissparam生成的小分子的psf文件通過(guò)vmd的merge structure生成最后的psf以及pdb文件即可。 以上供大家參考！ |
4樓2016-03-21 14:44:17
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