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NAMD自己生成小分子的psf文件時總多一個氨基酸的cooH和NH3還有CA,為什么
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小分子的力場文件以及top是swiss-param生成的 下載下的小分子pdb和psf文件沒有問題。 采用vmd生產(chǎn)psf文件時就出問題了。 實在是不知道怎么回事 求大神指點。 萬分感激 文件放附件了 包括生產(chǎn)的top par文件以及 自個生產(chǎn)psf文件時的命令和結(jié)果文件 |
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2016-03-17 18:38:13, 12.2 K
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2樓2016-03-21 14:42:59
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經(jīng)過幾天的摸索，終于整明白了。 這里我們使用top_all27_prot-lipid.inp時這里文件里面是默認(rèn)定義了多肽鏈的NTER和CTER的。生成蛋白質(zhì)的psf文件是沒問題的。但有小分子作為ligand出現(xiàn)在獨立的一條鏈時，會出現(xiàn)錯誤。如果小分子的top文件沒有特別聲明，和蛋白質(zhì)一起生成psf文件是后多出一個NTER和CTER. 所以在小分子top文件的最后一行（END之前）要添加“patching firs non last none”就不會出現(xiàn)上述問題。 最簡單的做法是先生成蛋白或者DNA/RNA復(fù)合物的psf 文件。與swissparam生成的小分子的psf文件通過vmd的merge structure生成最后的psf以及pdb文件即可。 以上供大家參考！ |
3樓2016-03-21 14:43:32
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經(jīng)過幾天的摸索，終于整明白了。 這里我們使用top_all27_prot-lipid.inp時這里文件里面是默認(rèn)定義了多肽鏈的NTER和CTER的。生成蛋白質(zhì)的psf文件是沒問題的。但有小分子作為ligand出現(xiàn)在獨立的一條鏈時，會出現(xiàn)錯誤。如果小分子的top文件沒有特別聲明，和蛋白質(zhì)一起生成psf文件是后多出一個NTER和CTER. 所以在小分子top文件的最后一行（END之前）要添加“patching firs non last none”就不會出現(xiàn)上述問題。 最簡單的做法是先生成蛋白或者DNA/RNA復(fù)合物的psf 文件。與swissparam生成的小分子的psf文件通過vmd的merge structure生成最后的psf以及pdb文件即可。 以上供大家參考！ |
4樓2016-03-21 14:44:17
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經(jīng)過幾天的摸索，終于整明白了。 這里我們使用top_all27_prot-lipid.inp時這里文件里面是默認(rèn)定義了多肽鏈的NTER和CTER的。生成蛋白質(zhì)的psf文件是沒問題的。但有小分子作為ligand出現(xiàn)在獨立的一條鏈時，會出現(xiàn)錯誤。如果小分子的top文件沒有特別聲明，和蛋白質(zhì)一起生成psf文件是后多出一個NTER和CTER. 所以在小分子top文件的最后一行（END之前）要添加“patching firs non last none”就不會出現(xiàn)上述問題。 最簡單的做法是先生成蛋白或者DNA/RNA復(fù)合物的psf 文件。與swissparam生成的小分子的psf文件通過vmd的merge structure生成最后的psf以及pdb文件即可。 以上供大家參考！ |
5樓2016-03-21 14:44:30
6樓2016-03-21 14:45:36
排骨仙科研
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7樓2016-11-10 09:28:09
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