 |
 |
 |
 |
 |
 |
||
 |
 |
 |
 |
 |
| 5 | 1/1 | 返回列表 |
| 查看: 1082 | 回復(fù): 6 | |||
| 當(dāng)前只顯示滿足指定條件的回帖，點(diǎn)擊這里查看本話題的所有回帖 | |||
[求助]
NAMD自己生成小分子的psf文件時(shí)總多一個(gè)氨基酸的cooH和NH3還有CA,為什么
|
|||
|
小分子的力場(chǎng)文件以及top是swiss-param生成的 下載下的小分子pdb和psf文件沒(méi)有問(wèn)題。 采用vmd生產(chǎn)psf文件時(shí)就出問(wèn)題了。 實(shí)在是不知道怎么回事 求大神指點(diǎn)。 萬(wàn)分感激 文件放附件了 包括生產(chǎn)的top par文件以及 自個(gè)生產(chǎn)psf文件時(shí)的命令和結(jié)果文件 |
回復(fù)此樓» 本帖附件資源列表
-
歡迎監(jiān)督和反饋：小木蟲(chóng)僅提供交流平臺(tái)，不對(duì)該內(nèi)容負(fù)責(zé)。
本內(nèi)容由用戶自主發(fā)布，如果其內(nèi)容涉及到知識(shí)產(chǎn)權(quán)問(wèn)題，其責(zé)任在于用戶本人，如對(duì)版權(quán)有異議，請(qǐng)聯(lián)系郵箱：xiaomuchong@tal.com - 附件 1 : SAM.rar
2016-03-17 18:38:13, 12.2 K
» 猜你喜歡
287求調(diào)劑
已經(jīng)有8人回復(fù)
-
一志愿 西北大學(xué) ，070300化學(xué)學(xué)碩，總分287，雙非一本，求調(diào)劑。
已經(jīng)有4人回復(fù)
-
求調(diào)劑，一志愿:南京航空航天大學(xué)大學(xué) ，080500材料科學(xué)與工程學(xué)碩，總分289分
已經(jīng)有4人回復(fù)
-
085600材料與化工
已經(jīng)有8人回復(fù)
-
材料與化工 322求調(diào)劑
已經(jīng)有4人回復(fù)
-
藥學(xué)383 求調(diào)劑
已經(jīng)有5人回復(fù)
-
一志愿蘇州大學(xué)材料求調(diào)劑，總分315（英一）
已經(jīng)有5人回復(fù)
-
324求調(diào)劑
已經(jīng)有4人回復(fù)
-
一志愿南昌大學(xué)，327分，材料與化工085600
已經(jīng)有8人回復(fù)
-
350求調(diào)劑
已經(jīng)有5人回復(fù)
» 本主題相關(guān)商家推薦: (我也要在這里推廣)
|
經(jīng)過(guò)幾天的摸索，終于整明白了。 這里我們使用top_all27_prot-lipid.inp時(shí)這里文件里面是默認(rèn)定義了多肽鏈的NTER和CTER的。生成蛋白質(zhì)的psf文件是沒(méi)問(wèn)題的。但有小分子作為ligand出現(xiàn)在獨(dú)立的一條鏈時(shí)，會(huì)出現(xiàn)錯(cuò)誤。如果小分子的top文件沒(méi)有特別聲明，和蛋白質(zhì)一起生成psf文件是后多出一個(gè)NTER和CTER. 所以在小分子top文件的最后一行（END之前）要添加“patching firs non last none”就不會(huì)出現(xiàn)上述問(wèn)題。 最簡(jiǎn)單的做法是先生成蛋白或者DNA/RNA復(fù)合物的psf 文件。與swissparam生成的小分子的psf文件通過(guò)vmd的merge structure生成最后的psf以及pdb文件即可。 以上供大家參考！ |
5樓2016-03-21 14:44:30
|
經(jīng)過(guò)幾天的摸索，終于整明白了。 這里我們使用top_all27_prot-lipid.inp時(shí)這里文件里面是默認(rèn)定義了多肽鏈的NTER和CTER的。生成蛋白質(zhì)的psf文件是沒(méi)問(wèn)題的。但有小分子作為ligand出現(xiàn)在獨(dú)立的一條鏈時(shí)，會(huì)出現(xiàn)錯(cuò)誤。如果小分子的top文件沒(méi)有特別聲明，和蛋白質(zhì)一起生成psf文件是后多出一個(gè)NTER和CTER. 所以在小分子top文件的最后一行（END之前）要添加“patching firs non last none”就不會(huì)出現(xiàn)上述問(wèn)題。 最簡(jiǎn)單的做法是先生成蛋白或者DNA/RNA復(fù)合物的psf 文件。與swissparam生成的小分子的psf文件通過(guò)vmd的merge structure生成最后的psf以及pdb文件即可。 以上供大家參考！ |
2樓2016-03-21 14:42:59
|
經(jīng)過(guò)幾天的摸索，終于整明白了。 這里我們使用top_all27_prot-lipid.inp時(shí)這里文件里面是默認(rèn)定義了多肽鏈的NTER和CTER的。生成蛋白質(zhì)的psf文件是沒(méi)問(wèn)題的。但有小分子作為ligand出現(xiàn)在獨(dú)立的一條鏈時(shí)，會(huì)出現(xiàn)錯(cuò)誤。如果小分子的top文件沒(méi)有特別聲明，和蛋白質(zhì)一起生成psf文件是后多出一個(gè)NTER和CTER. 所以在小分子top文件的最后一行（END之前）要添加“patching firs non last none”就不會(huì)出現(xiàn)上述問(wèn)題。 最簡(jiǎn)單的做法是先生成蛋白或者DNA/RNA復(fù)合物的psf 文件。與swissparam生成的小分子的psf文件通過(guò)vmd的merge structure生成最后的psf以及pdb文件即可。 以上供大家參考！ |
3樓2016-03-21 14:43:32
|
經(jīng)過(guò)幾天的摸索，終于整明白了。 這里我們使用top_all27_prot-lipid.inp時(shí)這里文件里面是默認(rèn)定義了多肽鏈的NTER和CTER的。生成蛋白質(zhì)的psf文件是沒(méi)問(wèn)題的。但有小分子作為ligand出現(xiàn)在獨(dú)立的一條鏈時(shí)，會(huì)出現(xiàn)錯(cuò)誤。如果小分子的top文件沒(méi)有特別聲明，和蛋白質(zhì)一起生成psf文件是后多出一個(gè)NTER和CTER. 所以在小分子top文件的最后一行（END之前）要添加“patching firs non last none”就不會(huì)出現(xiàn)上述問(wèn)題。 最簡(jiǎn)單的做法是先生成蛋白或者DNA/RNA復(fù)合物的psf 文件。與swissparam生成的小分子的psf文件通過(guò)vmd的merge structure生成最后的psf以及pdb文件即可。 以上供大家參考！ |
4樓2016-03-21 14:44:17
| 最具人氣熱帖推薦 [查看全部] | 作者 | 回/看 | 最后發(fā)表 | |
|---|---|---|---|---|
|
[考研] 一志愿西南交通 專碩 材料355 本科雙非 求調(diào)劑 +5 | 西南交通專材355 2026-03-19 | 5/250 |
|
|---|---|---|---|---|
|
[考研] 261求B區(qū)調(diào)劑，科研經(jīng)歷豐富 +3 | 牛奶很忙 2026-03-20 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 材料與化工專碩調(diào)劑 +7 | heming3743 2026-03-16 | 7/350 |
|
|
|
[考研] 一志愿南理工085701環(huán)境302求調(diào)劑院校 +3 | 葵梓衛(wèi)隊(duì) 2026-03-20 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 085410人工智能專碩317求調(diào)劑（0854都可以） +4 | xbxudjdn 2026-03-18 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 梁成偉老師課題組歡迎你的加入 +9 | 一鴨鴨喲 2026-03-14 | 11/550 |
|
|
|
[考研] 286求調(diào)劑 +6 | lemonzzn 2026-03-16 | 10/500 |
|
|
|
[考研] 328求調(diào)劑，英語(yǔ)六級(jí)551，有科研經(jīng)歷 +4 | 生物工程調(diào)劑 2026-03-16 | 12/600 |
|
|
|
[考研] 0703化學(xué)調(diào)劑，求各位老師收留 +10 | 秋有木北 2026-03-14 | 10/500 |
|
|
|
[考研] 【同濟(jì)軟件】軟件（085405）考研求調(diào)劑 +3 | 2026eternal 2026-03-18 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 一志愿武理材料305分求調(diào)劑 +5 | 想上岸的鯉魚(yú) 2026-03-18 | 6/300 |
|
|
|
[考研] 280求調(diào)劑 +6 | 咕嚕曉曉 2026-03-18 | 7/350 |
|
|
|
[考研] 293求調(diào)劑 +11 | zjl的號(hào) 2026-03-16 | 16/800 |
|
|
|
[考研] 考研求調(diào)劑 +3 | 橘頌. 2026-03-17 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 有沒(méi)有道鐵/土木的想調(diào)劑南林，給自己招師弟中～ +3 | TqlXswl 2026-03-16 | 7/350 |
|
|
|
[基金申請(qǐng)]
今年的國(guó)基金是打分制嗎？
 50+3
|
zhanghaozhu 2026-03-14 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 277材料科學(xué)與工程080500求調(diào)劑 +3 | 自由煎餅果子 2026-03-16 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 0703化學(xué)調(diào)劑 290分有科研經(jīng)歷，論文在投 +7 | 膩膩gk 2026-03-14 | 7/350 |
|
|
|
[考研] 326求調(diào)劑 +3 | mlpqaz03 2026-03-15 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 一志愿哈工大材料324分求調(diào)劑 +5 | 閆旭東 2026-03-14 | 5/250 |
|