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mymarik鐵桿木蟲 (小有名氣)
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[求助]
安裝lammps的時候 出現(xiàn)fftw3d相關的一些提示 能幫我看看是什么問題嗎 已有2人參與
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我在想是不是 要去除某個 package fft3d.o：在函數‘fft_3d’中： /home/tree/Software/lammps/src/Obj_mpi/../fft3d.cpp:151：對‘fftwf_execute_dft’未定義的引用 /home/tree/Software/lammps/src/Obj_mpi/../fft3d.cpp:214：對‘fftwf_execute_dft’未定義的引用 /home/tree/Software/lammps/src/Obj_mpi/../fft3d.cpp:277：對‘fftwf_execute_dft’未定義的引用 /home/tree/Software/lammps/src/Obj_mpi/../fft3d.cpp:151：對‘fftwf_execute_dft’未定義的引用 /home/tree/Software/lammps/src/Obj_mpi/../fft3d.cpp:214：對‘fftwf_execute_dft’未定義的引用 fft3d.o:/home/tree/Software/lammps/src/Obj_mpi/../fft3d.cpp:277: 跟著更多未定義的參考到 fftwf_execute_dft fft3d.o：在函數‘fft_3d_create_plan’中： /home/tree/Software/lammps/src/Obj_mpi/../fft3d.cpp:852：對‘fftwf_plan_many_dft’未定義的引用 /home/tree/Software/lammps/src/Obj_mpi/../fft3d.cpp:857：對‘fftwf_plan_many_dft’未定義的引用 /home/tree/Software/lammps/src/Obj_mpi/../fft3d.cpp:862：對‘fftwf_plan_many_dft’未定義的引用 /home/tree/Software/lammps/src/Obj_mpi/../fft3d.cpp:867：對‘fftwf_plan_many_dft’未定義的引用 /home/tree/Software/lammps/src/Obj_mpi/../fft3d.cpp:872：對‘fftwf_plan_many_dft’未定義的引用 fft3d.o:/home/tree/Software/lammps/src/Obj_mpi/../fft3d.cpp:877: 跟著更多未定義的參考到 fftwf_plan_many_dft fft3d.o：在函數‘fft_3d_destroy_plan’中： /home/tree/Software/lammps/src/Obj_mpi/../fft3d.cpp:987：對‘fftwf_destroy_plan’未定義的引用 /home/tree/Software/lammps/src/Obj_mpi/../fft3d.cpp:988：對‘fftwf_destroy_plan’未定義的引用 /home/tree/Software/lammps/src/Obj_mpi/../fft3d.cpp:989：對‘fftwf_destroy_plan’未定義的引用 /home/tree/Software/lammps/src/Obj_mpi/../fft3d.cpp:990：對‘fftwf_destroy_plan’未定義的引用 /home/tree/Software/lammps/src/Obj_mpi/../fft3d.cpp:991：對‘fftwf_destroy_plan’未定義的引用 fft3d.o:/home/tree/Software/lammps/src/Obj_mpi/../fft3d.cpp:992: 跟著更多未定義的參考到 fftwf_destroy_plan fft3d.o：在函數‘fft_1d_only’中： /home/tree/Software/lammps/src/Obj_mpi/../fft3d.cpp:1218：對‘fftwf_execute_dft’未定義的引用 /home/tree/Software/lammps/src/Obj_mpi/../fft3d.cpp:1223：對‘fftwf_execute_dft’未定義的引用 /home/tree/Software/lammps/src/Obj_mpi/../fft3d.cpp:1228：對‘fftwf_execute_dft’未定義的引用 /home/tree/Software/lammps/src/Obj_mpi/../fft3d.cpp:1218：對‘fftwf_execute_dft’未定義的引用 /home/tree/Software/lammps/src/Obj_mpi/../fft3d.cpp:1223：對‘fftwf_execute_dft’未定義的引用 fft3d.o:/home/tree/Software/lammps/src/Obj_mpi/../fft3d.cpp:1228: 跟著更多未定義的參考到 fftwf_execute_dft collect2: error: ld returned 1 exit status Makefile:91: recipe for target '../lmp_mpi' failed make[1]: *** [../lmp_mpi] Error 1 make[1]: Leaving directory '/home/tree/Software/lammps/src/Obj_mpi' Makefile:129: recipe for target 'mpi' failed make: *** [mpi] Error 2 |
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如果不安裝多余的package（即用系統(tǒng)默認的package） 可以成功編譯 而且能跑一部分例子 # mpi = default MPI compiler, default MPI SHELL = /bin/sh # --------------------------------------------------------------------- # compiler/linker settings # specify flags and libraries needed for your compiler CC = g++ #mpicxx CCFLAGS = -g -O3 -DLAMMPS_MEMALIGN=64 SHFLAGS = -fPIC DEPFLAGS = -M LINK = g++ #mpicxx LINKFLAGS = -g -O LIB = SIZE = size ARCHIVE = ar ARFLAGS = -rc SHLIBFLAGS = -shared # --------------------------------------------------------------------- # LAMMPS-specific settings, all OPTIONAL # specify settings for LAMMPS features you will use # if you change any -D setting, do full re-compile after "make clean" # LAMMPS ifdef settings # see possible settings in Section 2.2 (step 4) of manual LMP_INC = -DLAMMPS_GZIP # MPI library # see discussion in Section 2.2 (step 5) of manual # MPI wrapper compiler/linker can provide this info # can point to dummy MPI library in src/STUBS as in Makefile.serial # use -D MPICH and OMPI settings in INC to avoid C++ lib conflicts # INC = path for mpi.h, MPI compiler settings # PATH = path for MPI library # LIB = name of MPI library MPI_INC = -DMPICH_SKIP_MPICXX -I/home/tree/Software/mpich/src/include MPI_PATH = -L/usr/local/lib MPI_LIB = -lmpich -lmpl -lpthread # FFT library # see discussion in Section 2.2 (step 6) of manual # can be left blank to use provided KISS FFT library # INC = -DFFT setting, e.g. -DFFT_FFTW, FFT compiler settings # PATH = path for FFT library # LIB = name of FFT library FFT_INC = -DFFT_FFTW3 -DFFT_SINGLE -I/home/tree/Software/fftw/kernel FFT_PATH = -L/usr/local/lib FFT_LIB = -lfftw3 # JPEG and/or PNG library # see discussion in Section 2.2 (step 7) of manual # only needed if -DLAMMPS_JPEG or -DLAMMPS_PNG listed with LMP_INC # INC = path(s) for jpeglib.h and/or png.h # PATH = path(s) for JPEG library and/or PNG library # LIB = name(s) of JPEG library and/or PNG library JPG_INC = -I/home/tree/Software/jpeg JPG_PATH = -L/usr/local/lib JPG_LIB = /usr/local/lib/libjpeg.a # --------------------------------------------------------------------- # build rules and dependencies # do not edit this section include Makefile.package.settings include Makefile.package EXTRA_INC = $(LMP_INC) $(PKG_INC) $(MPI_INC) $(FFT_INC) $(JPG_INC) $(PKG_SYSINC) EXTRA_PATH = $(PKG_PATH) $(MPI_PATH) $(FFT_PATH) $(JPG_PATH) $(PKG_SYSPATH) EXTRA_LIB = $(PKG_LIB) $(MPI_LIB) $(FFT_LIB) $(JPG_LIB) $(PKG_SYSLIB) EXTRA_CPP_DEPENDS = $(PKG_CPP_DEPENDS) EXTRA_LINK_DEPENDS = $(PKG_LINK_DEPENDS) # Path to src files vpath %.cpp .. vpath %.h .. # Link target $(EXE): $(OBJ) $(EXTRA_LINK_DEPENDS) $(LINK) $(LINKFLAGS) $(EXTRA_PATH) $(OBJ) $(EXTRA_LIB) $(LIB) -o $(EXE) $(SIZE) $(EXE) # Library targets lib: $(OBJ) $(EXTRA_LINK_DEPENDS) $(ARCHIVE) $(ARFLAGS) $(EXE) $(OBJ) shlib: $(OBJ) $(EXTRA_LINK_DEPENDS) $(CC) $(CCFLAGS) $(SHFLAGS) $(SHLIBFLAGS) $(EXTRA_PATH) -o $(EXE) \ $(OBJ) $(EXTRA_LIB) $(LIB) # Compilation rules %.o:%.cpp $(EXTRA_CPP_DEPENDS) $(CC) $(CCFLAGS) $(SHFLAGS) $(EXTRA_INC) -c $< %.d:%.cpp $(EXTRA_CPP_DEPENDS) $(CC) $(CCFLAGS) $(EXTRA_INC) $(DEPFLAGS) $< > $@ %.o:%.cu $(EXTRA_CPP_DEPENDS) $(CC) $(CCFLAGS) $(SHFLAGS) $(EXTRA_INC) -c $< # Individual dependencies DEPENDS = $(OBJ:.o=.d) sinclude $(DEPENDS) |
3樓2016-03-31 21:41:35
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【答案】應助回帖
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FFT_INC = -DFFT_FFTW3 -DFFT_SINGLE -I/home/tree/Software/fftw/kernel FFT_PATH = -L/usr/local/lib FFT_LIB = -lfftw3 看到這里，我有如下推測，不知準不準確：樓主的fftw是自己進行編譯，并且設置configure的時候 使用了./configure --prefix=/home/tree/Software/fftw。如果我的想法是成立的話，我建議樓主將FFT_PATH改成FFT_PATH=-L/home/tree/Software/fftw/lib, 將FFT_INC改成 FFT_INC = -DFFT_FFTW3 -DFFT_SINGLE -I/home/tree/Software/fftw/include 其他不變。 如果以上推測成立，即樓主自行編譯安裝了mpich，并且使用了--prefix=/home/tree/Software/mpich/ 建議樓主做相應修改，即MPI_INC = -DMPICH_SKIP_MPICXX -I/home/tree/Software/mpich/include 和MPI_PATH = -L/home/tree/Software/mpich/lib MPI_INC = -DMPICH_SKIP_MPICXX -I/home/tree/Software/mpich/src/include MPI_PATH = -L/usr/local/lib MPI_LIB = -lmpich -lmpl -lpthread 對于JPG，建議也做如上相應的修改。 JPG_INC = -I/home/tree/Software/jpeg JPG_PATH = -L/usr/local/lib JPG_LIB = /usr/local/lib/libjpeg.a |
4樓2016-04-01 01:31:26
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我安裝的時候沒有指定地址 直接是 ./configure 我是搜索了相應文件所在的目錄設定的那些路徑 我的fftw 文件夾里沒有l(wèi)ib 相關的文件也被安裝在了系統(tǒng)的lib里面 你說的這個問題 如果我路徑設置錯誤 那應該沒有辦法編譯出可計算的程序吧 可是 我在這之前 沒有添加其他package的時候就成功編譯出來可以跑的程序 所以 我覺得是不是某個package里對fftw3d有要求 如果我去掉這個包 應該就不會有這個提示吧 我是這樣想的 發(fā)自小木蟲IOS客戶端 |
5樓2016-04-01 11:22:04
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你可以看看我最新發(fā)布的資源，在小木蟲里，題為“Ubuntu中l(wèi)ammps串并行安裝帶reax/meam/poems全解讀”。希望會對你有幫助的。 發(fā)自小木蟲Android客戶端 |
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mymarik8樓2016-04-01 18:37:58
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