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[求助]
【求助】lammps模擬碰撞竟然丟失原子，難道是勢(shì)函數(shù)的問(wèn)題？？ 已有2人參與
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 建了一個(gè)模型碰撞的時(shí)候一直丟失兩個(gè)原子，都要瘋了，為了檢查錯(cuò)誤，直接建立了一個(gè)簡(jiǎn)單盒子模擬碰撞，竟然還是報(bào)錯(cuò)丟失兩個(gè)原子！請(qǐng)各路大神幫忙瞄瞄，很簡(jiǎn)單的小程序，咋會(huì)一直報(bào)錯(cuò)呢？請(qǐng)不要用什么截?cái)喟霃竭^(guò)小，還是飛出盒子這樣的話回復(fù)我。因?yàn)槲矣X(jué)得完全不可能飛出盒子，步長(zhǎng)也調(diào)到過(guò)0.00001ps，但是不解決問(wèn)題，而且是周期邊界，丟失原子覺(jué)得很奇怪��！ velocity 0 0 500的時(shí)候沒(méi)問(wèn)題，但是速度一提高就報(bào)錯(cuò)，比如velocity 0 0 1000。實(shí)在是不知道咋辦了，所以請(qǐng)各路大神幫忙看看，小弟先謝過(guò)了�？赡苡行┩瑢W(xué)打開(kāi)附件有問(wèn)題，所以我直接把代碼粘貼出來(lái)了，勢(shì)能是lammps自帶的勢(shì)能 units metal boundary p p p atom_style atomic lattice bcc 2.855 #orient x 1 1 1 orient y -1 -1 2 orient z 1 -1 0 region box block -16 16 -15 15 -20 20 create_box 1 box mass 1 56.0 create_atoms 1 box pair_style eam/alloy pair_coeff * * Fe_mm.eam.fs Fe timestep 0.001 neighbor 1.5 bin neigh_modify every 30 delay 0 check no #displace_box all z delta -2 2 remap none compute pe all pe/atom compute dis all displace/atom dump 1 all custom 500 2.lammpstrj id type x y z vx vy vz c_pe c_dis[1] fix 3 all nvt temp 300 300 0.1 run 1000 unfix 3 write_restart dislocation.restart ——————————————————下面是restart文件 read_restart dislocation.restart lattice bcc 2.855 #orient x 1 1 1 orient y -1 -1 2 orient z 1 -1 0 pair_style eam/alloy pair_coeff * * Fe_mm.eam.fs Fe timestep 0.0001 neighbor 1.5 bin neigh_modify every 10 delay 0 check no compute pe all pe/atom compute dis all displace/atom dump 2 all custom 100 4.lammpstrj id type x y z vx vy vz c_pe c_dis[1] group kpa id 62410 velocity kpa set 0.0 0.0 1000.0 units box fix 5 all nve run 1000 unfix 5 |
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2016-04-01 10:16:49, 328.17 K
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3樓2016-04-01 13:15:09
hooge
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2樓2016-04-01 13:09:58
whyaquarius
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感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
大懶貓王浩: 金幣+300, ★★★★★最佳答案, 師兄竟然來(lái)賺金幣了，，，，不好意思，只能給師兄了。。。 2016-04-01 17:29:35
月只藍(lán): IP檢查，初步認(rèn)定為馬甲行為，涉嫌轉(zhuǎn)移金幣，違反論壇相關(guān)管理規(guī)定：http://emuch.net/bbs/viewthread.php?tid=3711903 2016-04-02 10:16:56
月只藍(lán): 經(jīng)查，您和大懶貓王浩的IP地址十分相近，請(qǐng)于2天內(nèi)通過(guò)站內(nèi)短消息解釋您和大懶貓王浩的關(guān)系！逾期按馬甲處理，并可能追加額外金幣處罰。 2016-04-02 10:18:04
月只藍(lán): 金幣-50, 認(rèn)定為金幣轉(zhuǎn)移行為，核減金幣300×0.8=240個(gè)，現(xiàn)扣除50個(gè)，還需要扣除190個(gè)。 2016-04-07 13:38:49
月只藍(lán): 金幣-50, 認(rèn)定為金幣轉(zhuǎn)移行為，核減金幣300×0.8=240個(gè)，現(xiàn)扣除50個(gè)，還需要扣除140個(gè)。 2016-04-07 13:39:08
月只藍(lán): 金幣-50, 認(rèn)定為金幣轉(zhuǎn)移行為，核減金幣300×0.8=240個(gè)，現(xiàn)扣除50個(gè)，還需要扣除90個(gè)。 2016-04-07 13:39:34
月只藍(lán): 金幣-50, 認(rèn)定為金幣轉(zhuǎn)移行為，核減金幣300×0.8=240個(gè)，現(xiàn)扣除50個(gè)，還需要扣除40個(gè)。 2016-04-07 13:40:20
月只藍(lán): 金幣-40, 認(rèn)定為金幣轉(zhuǎn)移行為，核減金幣300×0.8=240個(gè)，現(xiàn)已扣除完畢。 2016-04-07 13:40:42
月只藍(lán): 考慮到用戶可能不了解馬甲行為規(guī)定且是初犯，免除額外處罰。 2016-04-07 13:42:00
感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
大懶貓王浩: 金幣+300, ★★★★★最佳答案, 師兄竟然來(lái)賺金幣了，，，，不好意思，只能給師兄了。。。 2016-04-01 17:29:35
月只藍(lán): IP檢查，初步認(rèn)定為馬甲行為，涉嫌轉(zhuǎn)移金幣，違反論壇相關(guān)管理規(guī)定：http://emuch.net/bbs/viewthread.php?tid=3711903 2016-04-02 10:16:56
月只藍(lán): 經(jīng)查，您和大懶貓王浩的IP地址十分相近，請(qǐng)于2天內(nèi)通過(guò)站內(nèi)短消息解釋您和大懶貓王浩的關(guān)系！逾期按馬甲處理，并可能追加額外金幣處罰。 2016-04-02 10:18:04
月只藍(lán): 金幣-50, 認(rèn)定為金幣轉(zhuǎn)移行為，核減金幣300×0.8=240個(gè)，現(xiàn)扣除50個(gè)，還需要扣除190個(gè)。 2016-04-07 13:38:49
月只藍(lán): 金幣-50, 認(rèn)定為金幣轉(zhuǎn)移行為，核減金幣300×0.8=240個(gè)，現(xiàn)扣除50個(gè)，還需要扣除140個(gè)。 2016-04-07 13:39:08
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月只藍(lán): 金幣-50, 認(rèn)定為金幣轉(zhuǎn)移行為，核減金幣300×0.8=240個(gè)，現(xiàn)扣除50個(gè)，還需要扣除40個(gè)。 2016-04-07 13:40:20
月只藍(lán): 金幣-40, 認(rèn)定為金幣轉(zhuǎn)移行為，核減金幣300×0.8=240個(gè)，現(xiàn)已扣除完畢。 2016-04-07 13:40:42
月只藍(lán): 考慮到用戶可能不了解馬甲行為規(guī)定且是初犯，免除額外處罰。 2016-04-07 13:42:00
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來(lái)來(lái)來(lái)，我來(lái)賺金幣啦~ 在輻照損傷的模擬中，在離子間距離比較小時(shí)，已經(jīng)不能用平衡態(tài)下的作用勢(shì)來(lái)描述，一般用 ZBL 來(lái)描述這個(gè)碰撞過(guò)程。比如說(shuō)常用到的 tersoff/zbl 作用勢(shì)就勢(shì)就是將 Tersoff 作用勢(shì)與 ZBL 作用勢(shì)通過(guò)一個(gè)費(fèi)米函數(shù)連接起來(lái)，一般 認(rèn)為小于 1Å 時(shí)需要用 ZBL 描述。 P.S. eam勢(shì)木有官方的zbl銜接版本~ |
4樓2016-04-01 17:20:32
5樓2016-04-01 18:13:55
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