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nnxqwei至尊木蟲 (職業(yè)作家)
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[求助]
請教Autodock Grid Box (格子中心)的設(shè)定問題！ 已有3人參與
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通過同源建模和結(jié)構(gòu)比對分析，預(yù)測目標蛋白的活性中心關(guān)鍵氨基酸殘基為His164、Ser281、Glu435。 現(xiàn)用Autodock將其底物分子與該蛋白進行對接，設(shè)定格子的大小包含以上三個殘基的區(qū)域為原則，那么如何設(shè)定對接Grid Box (格子)中心的x、y、z 坐標值呢？是否可以折中取這三個殘基平均空間中心位置為Grid Box中心的x、y、z 坐標值呢?? 如果分別用以上每個殘基的坐標設(shè)定對接Grid Box中心的x、y、z 坐標值，其它條件不變，對接結(jié)果都不一樣，甚至相差很遠，又是什么原因呢？ 煩請各路大神、高手指教，非常謝謝��！  |
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nnxqwei
至尊木蟲 (職業(yè)作家)
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- 專業(yè): 微生物學(xué)
送紅花一朵 
3樓2016-04-24 10:38:56
wbf3ng
金蟲 (小有名氣)
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- 專業(yè): 理論和計算化學(xué)
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1.感覺你的是ache；2.在adt的grid box里調(diào)整把這三個都包含進去即可 發(fā)自小木蟲Android客戶端 |
» 本帖已獲得的紅花（最新10朵）
2樓2016-04-23 11:07:55
【答案】應(yīng)助回帖
★ ★ ★
感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
nnxqwei: 金幣+3, ★★★很有幫助, 謝謝關(guān)注，看來運用熟練后才有可能熟能生巧。至于DOCK6很少用到的，先試試看效果如何再說吧...... 2016-04-24 20:55:57
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nnxqwei: 金幣+3, ★★★很有幫助, 謝謝關(guān)注，看來運用熟練后才有可能熟能生巧。至于DOCK6很少用到的，先試試看效果如何再說吧...... 2016-04-24 20:55:57
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1、Box應(yīng)以包含這些殘基為原則，同時，包含這些殘基所在的口袋為宜。 2、本人經(jīng)驗，Autodock4和Autodock Vina的晶體構(gòu)象重現(xiàn)性比較差，個人推薦DOCK6。教程參見："http://www.yinfotech.cn/blog/tutorial" |
4樓2016-04-24 10:43:06
好孩子壞孩子
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5樓2016-04-25 14:36:47
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