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nnxqwei至尊木蟲 (職業(yè)作家)
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[求助]
請(qǐng)教Autodock Grid Box (格子中心)的設(shè)定問(wèn)題！ 已有3人參與
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通過(guò)同源建模和結(jié)構(gòu)比對(duì)分析，預(yù)測(cè)目標(biāo)蛋白的活性中心關(guān)鍵氨基酸殘基為His164、Ser281、Glu435。 現(xiàn)用Autodock將其底物分子與該蛋白進(jìn)行對(duì)接，設(shè)定格子的大小包含以上三個(gè)殘基的區(qū)域?yàn)樵瓌t，那么如何設(shè)定對(duì)接Grid Box (格子)中心的x、y、z 坐標(biāo)值呢？是否可以折中取這三個(gè)殘基平均空間中心位置為Grid Box中心的x、y、z 坐標(biāo)值呢?? 如果分別用以上每個(gè)殘基的坐標(biāo)設(shè)定對(duì)接Grid Box中心的x、y、z 坐標(biāo)值，其它條件不變，對(duì)接結(jié)果都不一樣，甚至相差很遠(yuǎn)，又是什么原因呢？ 煩請(qǐng)各路大神、高手指教，非常謝謝！！  |
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1.感覺(jué)你的是ache；2.在adt的grid box里調(diào)整把這三個(gè)都包含進(jìn)去即可 發(fā)自小木蟲Android客戶端 |
» 本帖已獲得的紅花（最新10朵）
nnxqwei2樓2016-04-23 11:07:55
nnxqwei
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6樓2016-04-26 11:46:33
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3樓2016-04-24 10:38:56
【答案】應(yīng)助回帖
★ ★ ★
感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
nnxqwei: 金幣+3, ★★★很有幫助, 謝謝關(guān)注，看來(lái)運(yùn)用熟練后才有可能熟能生巧。至于DOCK6很少用到的，先試試看效果如何再說(shuō)吧...... 2016-04-24 20:55:57
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1、Box應(yīng)以包含這些殘基為原則，同時(shí)，包含這些殘基所在的口袋為宜。 2、本人經(jīng)驗(yàn)，Autodock4和Autodock Vina的晶體構(gòu)象重現(xiàn)性比較差，個(gè)人推薦DOCK6。教程參見(jiàn)："http://www.yinfotech.cn/blog/tutorial" |
4樓2016-04-24 10:43:06
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5樓2016-04-25 14:36:47
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8樓2016-04-27 12:02:02
9樓2016-04-29 11:03:42
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10樓2016-04-29 11:28:20
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