 |
 |
 |
 |
 |
 |
||
 |
 |
 |
 |
 |
| 5 | 1/1 | 返回列表 |
| 查看: 3568 | 回復(fù): 11 | ||
| 當(dāng)前只顯示滿(mǎn)足指定條件的回帖，點(diǎn)擊這里查看本話(huà)題的所有回帖 | ||
nnxqwei至尊木蟲(chóng) (職業(yè)作家)
|
[求助]
請(qǐng)教Autodock Grid Box (格子中心)的設(shè)定問(wèn)題！ 已有3人參與
|
|
|
通過(guò)同源建模和結(jié)構(gòu)比對(duì)分析，預(yù)測(cè)目標(biāo)蛋白的活性中心關(guān)鍵氨基酸殘基為His164、Ser281、Glu435。 現(xiàn)用Autodock將其底物分子與該蛋白進(jìn)行對(duì)接，設(shè)定格子的大小包含以上三個(gè)殘基的區(qū)域?yàn)樵瓌t，那么如何設(shè)定對(duì)接Grid Box (格子)中心的x、y、z 坐標(biāo)值呢？是否可以折中取這三個(gè)殘基平均空間中心位置為Grid Box中心的x、y、z 坐標(biāo)值呢?? 如果分別用以上每個(gè)殘基的坐標(biāo)設(shè)定對(duì)接Grid Box中心的x、y、z 坐標(biāo)值，其它條件不變，對(duì)接結(jié)果都不一樣，甚至相差很遠(yuǎn)，又是什么原因呢？ 煩請(qǐng)各路大神、高手指教，非常謝謝��！  |
回復(fù)此樓» 猜你喜歡
299求調(diào)劑
已經(jīng)有4人回復(fù)
-
材料與化工專(zhuān)碩調(diào)劑
已經(jīng)有6人回復(fù)
-
086500 325 求調(diào)劑
已經(jīng)有3人回復(fù)
-
材料080500調(diào)劑求收留
已經(jīng)有7人回復(fù)
-
一志愿南昌大學(xué)，327分，材料與化工085600
已經(jīng)有6人回復(fù)
-
環(huán)境工程調(diào)劑
已經(jīng)有9人回復(fù)
-
工科材料085601 279求調(diào)劑
已經(jīng)有9人回復(fù)
-
287求調(diào)劑
已經(jīng)有5人回復(fù)
-
22408 344分 求調(diào)劑 一志愿 華電計(jì)算機(jī)技術(shù)
已經(jīng)有3人回復(fù)
-
289求調(diào)劑
已經(jīng)有3人回復(fù)
» 本主題相關(guān)商家推薦: (我也要在這里推廣)
» 本主題相關(guān)價(jià)值貼推薦，對(duì)您同樣有幫助:
- Autodock分子對(duì)接問(wèn)題請(qǐng)教
已經(jīng)有5人回復(fù)
- 請(qǐng)教各位大神autodock知識(shí)
已經(jīng)有4人回復(fù)
- 妹子是autodock的新手，向高手請(qǐng)教。
已經(jīng)有2人回復(fù)
- 請(qǐng)教autodock4: non-integral charge及error in docking parameter file
已經(jīng)有2人回復(fù)
- 請(qǐng)教關(guān)于A(yíng)UTODOCK做虛i擬篩選的問(wèn)題
已經(jīng)有7人回復(fù)
- Autodock 參數(shù)設(shè)定問(wèn)題
已經(jīng)有3人回復(fù)
- win7系統(tǒng)安裝Autodock不成功，請(qǐng)教高手！
已經(jīng)有2人回復(fù)
- 用Autodock做藥物與BSA的對(duì)接，有點(diǎn)問(wèn)題請(qǐng)教
已經(jīng)有8人回復(fù)
- AUTODOCK中map文件問(wèn)題請(qǐng)教
已經(jīng)有2人回復(fù)
- Autodock對(duì)接構(gòu)象有問(wèn)題，請(qǐng)教
已經(jīng)有7人回復(fù)
- 【求助】請(qǐng)教Autodock結(jié)果分析
已經(jīng)有8人回復(fù)
- 【求助】Autodock分析請(qǐng)教
已經(jīng)有17人回復(fù)
- 【求助】請(qǐng)教autodock結(jié)果分析時(shí)出現(xiàn)的問(wèn)題
已經(jīng)有1人回復(fù)
- 請(qǐng)教關(guān)于autodock
已經(jīng)有2人回復(fù)
9樓2016-04-29 11:03:42
wbf3ng
金蟲(chóng) (小有名氣)
- 應(yīng)助: 116 (高中生)
- 金幣: 2086.3
- 紅花: 8
- 帖子: 255
- 在線(xiàn): 171.4小時(shí)
- 蟲(chóng)號(hào): 3202097
- 注冊(cè): 2014-05-13
- 性別: GG
- 專(zhuān)業(yè): 理論和計(jì)算化學(xué)
|
1.感覺(jué)你的是ache；2.在adt的grid box里調(diào)整把這三個(gè)都包含進(jìn)去即可 發(fā)自小木蟲(chóng)Android客戶(hù)端 |
» 本帖已獲得的紅花（最新10朵）
nnxqwei2樓2016-04-23 11:07:55
nnxqwei
至尊木蟲(chóng) (職業(yè)作家)
- 應(yīng)助: 4 (幼兒園)
- 貴賓: 0.01
- 金幣: 44443.4
- 散金: 66
- 紅花: 110
- 帖子: 4689
- 在線(xiàn): 781.4小時(shí)
- 蟲(chóng)號(hào): 50626
- 注冊(cè): 2004-07-13
- 性別: GG
- 專(zhuān)業(yè): 微生物學(xué)
3樓2016-04-24 10:38:56
【答案】應(yīng)助回帖
★ ★ ★
感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
nnxqwei: 金幣+3, ★★★很有幫助, 謝謝關(guān)注，看來(lái)運(yùn)用熟練后才有可能熟能生巧。至于DOCK6很少用到的，先試試看效果如何再說(shuō)吧...... 2016-04-24 20:55:57
感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
nnxqwei: 金幣+3, ★★★很有幫助, 謝謝關(guān)注，看來(lái)運(yùn)用熟練后才有可能熟能生巧。至于DOCK6很少用到的，先試試看效果如何再說(shuō)吧...... 2016-04-24 20:55:57
|
1、Box應(yīng)以包含這些殘基為原則，同時(shí)，包含這些殘基所在的口袋為宜。 2、本人經(jīng)驗(yàn)，Autodock4和Autodock Vina的晶體構(gòu)象重現(xiàn)性比較差，個(gè)人推薦DOCK6。教程參見(jiàn)："http://www.yinfotech.cn/blog/tutorial" |
4樓2016-04-24 10:43:06
| 最具人氣熱帖推薦 [查看全部] | 作者 | 回/看 | 最后發(fā)表 | |
|---|---|---|---|---|
|
[考研] 材料080500調(diào)劑求收留 +7 | 一顆meteor 2026-03-13 | 7/350 |
|
|---|---|---|---|---|
|
|
[考研] 環(huán)境工程調(diào)劑 +9 | 大可digkids 2026-03-16 | 9/450 |
|
|
[考研] 0817 化學(xué)工程 299分求調(diào)劑 有科研經(jīng)歷 有二區(qū)文章 +21 | rare12345 2026-03-18 | 21/1050 |
|
|
|
[考研] 290求調(diào)劑 +4 | ^O^乜 2026-03-19 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 286分人工智能專(zhuān)業(yè)請(qǐng)求調(diào)劑愿意跨考！ +3 | lemonzzn 2026-03-17 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 085410人工智能專(zhuān)碩317求調(diào)劑（0854都可以） +4 | xbxudjdn 2026-03-18 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 266求調(diào)劑 +5 | 陽(yáng)陽(yáng)哇塞 2026-03-14 | 10/500 |
|
|
|
[考研] 346求調(diào)劑[0856] +3 | WayneLim327 2026-03-16 | 6/300 |
|
|
|
[考研] 材料，紡織，生物（0856、0710），化學(xué)招生啦 +3 | Eember. 2026-03-17 | 9/450 |
|
|
|
[考研] 生物學(xué)071000 329分求調(diào)劑 +3 | 我愛(ài)生物生物愛(ài)?/a> 2026-03-17 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 0703化學(xué)336分求調(diào)劑 +6 | zbzihdhd 2026-03-15 | 7/350 |
|
|
|
[考研] 考研化學(xué)學(xué)碩調(diào)劑，一志愿985 +4 | 張vvvv 2026-03-15 | 6/300 |
|
|
|
[考研] 308求調(diào)劑 +4 | 是Lupa啊 2026-03-16 | 4/200 |
|
|
|
[考研] [導(dǎo)師推薦]西南科技大學(xué)國(guó)防/材料導(dǎo)師推薦 +3 | 尖角小荷 2026-03-16 | 6/300 |
|
|
|
[考研] 藥學(xué)383 求調(diào)劑 +3 | 藥學(xué)chy 2026-03-15 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 333求調(diào)劑 +3 | 文思客 2026-03-16 | 7/350 |
|
|
|
[考研] 一志愿211 0703方向310分求調(diào)劑 +3 | 努力奮斗112 2026-03-15 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 326求調(diào)劑 +3 | mlpqaz03 2026-03-15 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 070305求調(diào)劑 +3 | mlpqaz03 2026-03-14 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 一志愿哈工大材料324分求調(diào)劑 +5 | 閆旭東 2026-03-14 | 5/250 |
|