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還在fighting新蟲 (初入文壇)
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[求助]
NCBI上的序列下載建樹對序列的選擇要求。 已有2人參與
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我是要做一個目里面幾十個種的進化樹，然后我選取16S的序列，但是序列長短差距較大一些1500多，一些500多(沒法選擇長度基本一致的，因為有些只有這么一個)，然后我該怎么去建樹呢？我自己跑了一下來看，建出來的樹看著完全不對。一個科的都不能聚在一起。是不是序列選取有問題呢？還是應(yīng)該怎么做？ 發(fā)自小木蟲Android客戶端 |
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9樓2016-10-24 20:21:51
【答案】應(yīng)助回帖
★ ★
感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
西門吹雪170: 金幣+2, 鼓勵回帖交流 2016-10-24 22:36:37
感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
西門吹雪170: 金幣+2, 鼓勵回帖交流 2016-10-24 22:36:37
| 用核苷酸序列還是蛋白質(zhì)序列建樹的呢，用的什么軟件呢，MEGA么，其實可以用PAUP4來試一下，而且算之前最好用mrbayes-3.1.2 算一下選擇什么模型。而且還要看你選擇用什么算法，一般是用鄰接法（Neighbor-Joining，NJ）、最大似然法（Maximum likelihood，ML）和最大簡約法（Maximum parsimony，MP），我老師教我的時候是說用這三種算法分別建樹，看是不是結(jié)果相似，相似就是對的。另外選擇一個合適外群也挺重要的。我也才在學(xué)習(xí)這方面的，歡迎討論。 |
2樓2016-10-22 15:52:38
3樓2016-10-22 15:56:26
還在fighting
新蟲 (初入文壇)
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- 專業(yè): 分子與進化生態(tài)學(xué)
|
我是用Mrbayes建樹，外群選擇的是一個綱里面的另外一個目，并且用mega的ML建樹進行比對，我現(xiàn)在的問題就是在NCBI上選擇的序列別人用的酶切位點不一樣，做出來的序列長度不一樣，這樣建樹就有問題。不知道該怎么解決， 發(fā)自小木蟲Android客戶端 |
4樓2016-10-22 17:01:26
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