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qphll金蟲 (正式寫手)
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【求助】關(guān)于結(jié)構(gòu)參數(shù)的優(yōu)化
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一直有個(gè)問題不是很清楚,請(qǐng)有經(jīng)驗(yàn)的大家解答一下. 在做結(jié)構(gòu)參數(shù)優(yōu)化的時(shí)候,如果需要優(yōu)化的參數(shù)不止一個(gè),那么應(yīng)該怎樣? 比如,如果需要對(duì)Orthorhombic(正交)盒子進(jìn)行優(yōu)化, 那么就會(huì)涉及到需要優(yōu)化的參數(shù)有三個(gè). 如果是在pwscf中,那么就是a, b/a和c/a. 對(duì)于我而已,我是想研究小分子在表面的分解, 那么一般c取到一定大以后,就不去考慮c/a的優(yōu)化了. 那么在實(shí)際的操作中怎么分別優(yōu)化a和b/a? 我的理解和做法是這樣的: 分兩步來 (1) 固定b/a的值,看a變化的過程中,體系總能量的變化,從而找到a的優(yōu)化值; (2) 固定a值為(1)中找到的最優(yōu)值,然后調(diào)節(jié)b/a的值, (事實(shí)上這里就是等同于改變b的值), 然后找到b的最優(yōu)值. 請(qǐng)大家評(píng)價(jià)一下,是不是就是這樣做的? 還有,如果我是這樣兩步做的: (1) 固定b的值,看a變化的過程中,體系總能量的變化,從而找到a的優(yōu)化值; (2) 固定a值為(1)中找到的最優(yōu)值,然后改變b的值, 然后找到b的最優(yōu)值. 如果這樣做,那么和前面的那種優(yōu)化方法有啥本質(zhì)的區(qū)別嗎? 搬個(gè)板凳,帶著筆記,等大家拍磚. |
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wuchenwf(金幣+2,VIP+0):謝謝 9-24 22:00
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wuchenwf(金幣+2,VIP+0):謝謝 9-24 22:00
qphll(金幣+2,VIP+0): 9-25 11:42
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PWscf的參數(shù)“cell_dofree”專門處理你提出的問題，只優(yōu)化a,b而固定c 但是這個(gè)方法bfgs好像是暫時(shí)還沒有實(shí)現(xiàn)，你需使用共軛梯度法 你可以看看這個(gè)：“http://blog.sina.com.cn/s/blog_5f15ead20100e1lu.html###”（Some fundamental concept and parameters of pwscf） 里面有關(guān)于此問題PWscf forum的網(wǎng)址 |
5樓2009-09-24 09:47:17
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多謝樓上三位的參與. 對(duì)于我自己的特定體系而已, 我發(fā)帖的里面提到的結(jié)構(gòu)參數(shù)的優(yōu)化問題已經(jīng)想明白了. 對(duì)于graphene而言,因?yàn)槲易约壕幊躺蒰raphene的原因,我的盒子是Orthorhombic的,a,b,c三個(gè)值各不相等,alpha, beta, gamma 都是90度. 如果想想結(jié)構(gòu)優(yōu)化的目的,我想對(duì)于我的體系而已,無非是因?yàn)樵谏蒰raphene的時(shí)候, C-C的鍵長使用了實(shí)驗(yàn)值1.42 那么這里結(jié)構(gòu)優(yōu)化的目的,就是通過盒子的'擴(kuò)張'或者'收縮', 找到一個(gè)合適的C-C鍵長而已. 如果keep that in mind, 那么雖然我這里a和b的數(shù)值是不相等的,但是其實(shí)它們也不是互相獨(dú)立的.如果我將a (X軸)拉伸,那么為了維持graphene中C-C鍵長的一致性, b(Y軸)必定得要按比例拉伸. 這里c (Z軸)在取到一定值以后,保證graphene面和它的Z軸鏡像沒有相互左右以后,就不需要優(yōu)化啦. 所以我想,對(duì)于我的這個(gè)長方體的模擬盒子,放在pwscf里面考慮lattice parameter優(yōu)化的話,是可以這么一步做的: (在in文件中,有celldm(1)=a, celldm(2)=b/a,celldm(3)=c/a 這三個(gè)參數(shù)) 固定b/a的值,固定c的值, 看a變化的過程中,體系總能量的變化,從而找到a的優(yōu)化值 (事實(shí)上b/a固定的話,那么a的最優(yōu)值找到了,那么b的值也相應(yīng)找到了). 超級(jí)新手, pw里面的vc-relax沒有嘗試,看manual也似乎沒說啥,例子也沒有找到. y1ding可否提供一個(gè)in文件給我學(xué)習(xí)學(xué)習(xí)? |
6樓2009-09-25 12:02:36
7樓2009-09-28 15:30:47
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