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ljyang320木蟲 (正式寫手)
小書蟲愛吃糖
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[交流]
【求助】discover 里面怎么分析氫鍵的鍵角和鍵長分布 已有7人參與
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| 請問MS里面的模塊中怎么對氫鍵鍵長個鍵角分布函數(shù)進行分析�。� |
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 xuexijisuan | methylation |
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yjmaxpayne
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ljyang320(金幣+5):多謝，我試過這樣的弄發(fā)，結果不成功 2010-03-09 11:51
zxzj05(金幣+2):謝謝回帖交流 2010-03-09 21:21
ljyang320(金幣+5):多謝，我試過這樣的弄發(fā)，結果不成功 2010-03-09 11:51
zxzj05(金幣+2):謝謝回帖交流 2010-03-09 21:21
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對于氫鍵鍵長，你這個情況的話，可能需要結合Scripting （具體可以在help中輸入hydrogen bond來獲取需要的信息）來進行分析， 或者是你在進行動力學演化之前， 把所有氫鍵鍵長給測量出來，然后建立一個set。 動力學演化之后， 就可以直接使用Discover或者Forcite中Analysis---> structural (discover) / length distribution (forcite) 來進行分析了。 如果只是靜態(tài)結構的話， forcite中的length distribution可能更好些。 同理， 鍵角也是類似的做法，最好是測量出來后進行分析， forcite中同樣也有Angle distribution的工具。 希望能夠對你有所幫助。 [ Last edited by yjmaxpayne on 2010-3-9 at 11:46 ] |
貓頭鷹love2樓2010-03-09 11:45:30
yjmaxpayne
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3樓2010-03-09 12:37:30
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aylayl08(金幣+8):非常感謝專家指點 2010-03-11 10:34
ljyang320(金幣+15):嗯，這是個好辦法，你說的很對，對于少量的很方便但是對于很多酒麻煩的。materials scripting來進行測量該怎么操作呢？ 2010-03-11 19:24
aylayl08(金幣+8):非常感謝專家指點 2010-03-11 10:34
ljyang320(金幣+15):嗯，這是個好辦法，你說的很對，對于少量的很方便但是對于很多酒麻煩的。materials scripting來進行測量該怎么操作呢？ 2010-03-11 19:24
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鍵角的關鍵在于你如何定義了， 據(jù)我估計，你想要研究的氫鍵鍵角是不是可以認為是有一個高電負性中心原子然后臨近兩個極性分子上各貢獻一個H原子而形成的？ 例如：import -> structures -> molecular crystals -> drugs -> histidine_resolved.xsd 這個結構中就有H...Cl...H這樣的氫鍵存在， 所以可以通過常用的鍵角測量方法得到這類型氫鍵的鍵角。 測量方法就不多說了， 關鍵是測量好以后， 需要按住alt鍵然后鼠標雙擊某個鍵角數(shù)值， 這樣就可以全選鍵角， 之后在edit -> edit sets 中 對這些鍵角新建一個set， 然后就可以使用Forcite -> Analysis -> Angle distribution 對其進行分析了。 我這個方法可能在鍵角數(shù)量較小的時候還比較方便，如果體系很大， 可能就需要考慮結合materials scripting來進行測量和分析了。 希望能對你有所幫助。 [ Last edited by yjmaxpayne on 2010-3-11 at 10:15 ] |
4樓2010-03-11 10:13:32
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