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ljyang320木蟲 (正式寫手)
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[交流]
【求助】discover 里面怎么分析氫鍵的鍵角和鍵長(zhǎng)分布 已有7人參與
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| 請(qǐng)問(wèn)MS里面的模塊中怎么對(duì)氫鍵鍵長(zhǎng)個(gè)鍵角分布函數(shù)進(jìn)行分析��？ |
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7樓2011-10-08 09:39:57
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ljyang320(金幣+5):多謝，我試過(guò)這樣的弄發(fā)，結(jié)果不成功 2010-03-09 11:51
zxzj05(金幣+2):謝謝回帖交流 2010-03-09 21:21
ljyang320(金幣+5):多謝，我試過(guò)這樣的弄發(fā)，結(jié)果不成功 2010-03-09 11:51
zxzj05(金幣+2):謝謝回帖交流 2010-03-09 21:21
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對(duì)于氫鍵鍵長(zhǎng)，你這個(gè)情況的話，可能需要結(jié)合Scripting （具體可以在help中輸入hydrogen bond來(lái)獲取需要的信息）來(lái)進(jìn)行分析， 或者是你在進(jìn)行動(dòng)力學(xué)演化之前， 把所有氫鍵鍵長(zhǎng)給測(cè)量出來(lái)，然后建立一個(gè)set。 動(dòng)力學(xué)演化之后， 就可以直接使用Discover或者Forcite中Analysis---> structural (discover) / length distribution (forcite) 來(lái)進(jìn)行分析了。 如果只是靜態(tài)結(jié)構(gòu)的話， forcite中的length distribution可能更好些。 同理， 鍵角也是類似的做法，最好是測(cè)量出來(lái)后進(jìn)行分析， forcite中同樣也有Angle distribution的工具。 希望能夠?qū)δ阌兴鶐椭?br /> [ Last edited by yjmaxpayne on 2010-3-9 at 11:46 ] |
» 本帖已獲得的紅花（最新10朵）
貓頭鷹love2樓2010-03-09 11:45:30
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zxzj05(金幣+1):謝謝回帖交流 2010-03-09 21:21
ljyang320(金幣+5):還是不正確的，不知道是不是我的操作有問(wèn)題，兄臺(tái)能能做個(gè)關(guān)于氫鍵鍵角分布的詳細(xì)說(shuō)明啊？多謝 2010-03-09 21:59
ljyang320(金幣+25):bingo,不過(guò)氫鍵鍵角分布還是不明白，鍵長(zhǎng)搞定了，你說(shuō)的方法很有用 2010-03-10 10:07
zxzj05(金幣+1):謝謝回帖交流 2010-03-09 21:21
ljyang320(金幣+5):還是不正確的，不知道是不是我的操作有問(wèn)題，兄臺(tái)能能做個(gè)關(guān)于氫鍵鍵角分布的詳細(xì)說(shuō)明啊？多謝 2010-03-09 21:59
ljyang320(金幣+25):bingo,不過(guò)氫鍵鍵角分布還是不明白，鍵長(zhǎng)搞定了，你說(shuō)的方法很有用 2010-03-10 10:07
| 我剛試過(guò)先測(cè)量，然后建立set，之后再通過(guò)Forcite中的Length Distribution來(lái)進(jìn)行計(jì)算，可以得到相應(yīng)的圖的啊。 |
3樓2010-03-09 12:37:30
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aylayl08(金幣+8):非常感謝專家指點(diǎn) 2010-03-11 10:34
ljyang320(金幣+15):嗯，這是個(gè)好辦法，你說(shuō)的很對(duì)，對(duì)于少量的很方便但是對(duì)于很多酒麻煩的。materials scripting來(lái)進(jìn)行測(cè)量該怎么操作呢？ 2010-03-11 19:24
aylayl08(金幣+8):非常感謝專家指點(diǎn) 2010-03-11 10:34
ljyang320(金幣+15):嗯，這是個(gè)好辦法，你說(shuō)的很對(duì)，對(duì)于少量的很方便但是對(duì)于很多酒麻煩的。materials scripting來(lái)進(jìn)行測(cè)量該怎么操作呢？ 2010-03-11 19:24
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鍵角的關(guān)鍵在于你如何定義了， 據(jù)我估計(jì)，你想要研究的氫鍵鍵角是不是可以認(rèn)為是有一個(gè)高電負(fù)性中心原子然后臨近兩個(gè)極性分子上各貢獻(xiàn)一個(gè)H原子而形成的？ 例如：import -> structures -> molecular crystals -> drugs -> histidine_resolved.xsd 這個(gè)結(jié)構(gòu)中就有H...Cl...H這樣的氫鍵存在， 所以可以通過(guò)常用的鍵角測(cè)量方法得到這類型氫鍵的鍵角。 測(cè)量方法就不多說(shuō)了， 關(guān)鍵是測(cè)量好以后， 需要按住alt鍵然后鼠標(biāo)雙擊某個(gè)鍵角數(shù)值， 這樣就可以全選鍵角， 之后在edit -> edit sets 中 對(duì)這些鍵角新建一個(gè)set， 然后就可以使用Forcite -> Analysis -> Angle distribution 對(duì)其進(jìn)行分析了。 我這個(gè)方法可能在鍵角數(shù)量較小的時(shí)候還比較方便，如果體系很大， 可能就需要考慮結(jié)合materials scripting來(lái)進(jìn)行測(cè)量和分析了。 希望能對(duì)你有所幫助。 [ Last edited by yjmaxpayne on 2010-3-11 at 10:15 ] |
4樓2010-03-11 10:13:32
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