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microdiag鐵蟲 (初入文壇)
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[交流]
【原創(chuàng)】HRM技術(shù)應(yīng)用于SNP、突變和甲基化檢測 已有14人參與
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現(xiàn)階段,大家檢測SNP時都用一貫的檢測方法,包括測序,探針還有DHPLC等等,而甲基化大多用MSP.至于HRM技術(shù)(高分辨率溶解曲線技術(shù))并不為大家所熟知,有兩個原因:1)適合做HRM技術(shù)的儀器太少了,而且在國內(nèi)的普及程度不高,具我了解能夠做HRM的有Roche LightCycler 480,Qiagen Roter-Gene 6000,ABI 7500 Fast和ABI7900HT Fast,Idaho LightScanncer.其中羅氏的480在其軟件分析上是做的最好的.2)HRM的實(shí)驗(yàn)靈敏度太高,影響實(shí)驗(yàn)因素過多,很多人都做了,但是就是做不出來.因此就放棄,就換用其他比較成熟的方法.殊不知,HRM技術(shù)的檢測方法有其他技術(shù)難以比擬的優(yōu)勢，不僅能實(shí)現(xiàn)高通量和高精度的同時,PCR和熒光定量在同一管內(nèi)進(jìn)行,能夠有效避免假陽性. 作為新一代的遺傳掃描工具,HRM具有"簡,效,快,廉"等其他技術(shù)難以比擬的優(yōu)勢: 簡:無需序列特異性探針,不受堿基位點(diǎn)局限,同時檢出已知或未知突變、SNP和甲基化位點(diǎn)：閉管操作，避免交叉污染。 效：最低檢測0.1%-0，01%的突變或異常甲基化，檢測SNP靈敏度和特異性均為100%。 快：1次同時不多于384個樣本，在60-90分鐘內(nèi)完成檢測。 廉：簡化操作步驟、降低人工和試劑成本，費(fèi)用遠(yuǎn)少于測序、Taqman探針等方法。 HRM技術(shù)特別適用于樣本量多、檢測位點(diǎn)較少的SNP、突變或甲基化分析，是不同于基因芯片檢測方法（檢測位點(diǎn)多，樣本少）的高通量方法。同時，也是基因芯片篩選后的多個基因在更多標(biāo)本中驗(yàn)證的最佳方法。 |
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snp、突變和甲基化實(shí)驗(yàn)解決的更佳方案
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HRM介紹 HRM技術(shù)是high-resolution melting analysis即高分辨熔解曲線分析技術(shù)，是近年國外興起的一種全新的突變掃描和基因分型的遺傳分析方法。基于高效穩(wěn)健的PCR技術(shù)，HRM不受突變堿基位點(diǎn)與類型局限，無需序列特異性探針，在PCR結(jié)束后直接運(yùn)行高分辨熔解，即可完成對樣品突變、單核苷酸多態(tài)性-SNP、甲基化、HLA配型等的分析。 HRM原理 HRM的主要原理是根據(jù)DNA序列的長度，GC含量以及堿基互補(bǔ)性差異，應(yīng)用高分辨率的熔解曲線對樣品進(jìn)行分析，極高的溫度均一性和溫度分辨率使分辨精度達(dá)到對單個堿基差異的區(qū)分。 HRM應(yīng)用 l SNP（單核苷酸多態(tài)性）的篩查。 l 基因突變掃描，包括缺失、重復(fù)、點(diǎn)突變。 l 新突變的篩查。 l 甲基化的篩查。 l 遺傳育種中特定突變的篩查、未知突變的發(fā)現(xiàn)。 l HLA基因組配型、等位基因頻率分析、物種鑒定、品種鑒定、甲基化研究。 l 法醫(yī)學(xué)鑒定、親子鑒定。 l 動植物品質(zhì)相關(guān)多態(tài)性位點(diǎn)的研究等。植物抗逆性，突變與性狀關(guān)聯(lián)性研究。 |
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測序絕對是SNP的黃金標(biāo)準(zhǔn)，唯一的缺點(diǎn)可能就是價格稍貴！ 10樓2012-04-24 21:41:42
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