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pidou213木蟲 (正式寫手)
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[交流]
【求助/交流】幫忙查看引物是否合適 已有5人參與
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5‘-GTTGAACGACTGGGTCAGTTAACAGGAGCA 5’-GCCAAGGCCAAACACAGCATAATTCAAACCAGT 我的意思是想讓蟲友們幫忙看看： 1、GC含量 2、Tm值可否合適 3、3‘端有沒有問題 4、每一條引物自身的發(fā)卡結(jié)構(gòu)嚴(yán)重否？ 5、第一條引物后面的A會不會產(chǎn)生錯配？ 謝謝 請詳細(xì)解釋一下，謝謝�。�！急求高手解決 [ Last edited by pidou213 on 2010-4-29 at 01:18 ] |
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zjzz
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★
plantaqp(金幣+1): 2010-04-29 04:35
plantaqp(金幣+1): 2010-04-29 04:35
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MM，知道為什么沒有人回復(fù)嗎？除了我這沙發(fā)癖的？ 是因?yàn)槟銌柕淖屓瞬恢涝趺椿卮?br /> 你既不給模板的序列或物種，別人沒法幫你分析引物是否夠特異 你也不說引物是用來做什么的，沒法考慮那個方面優(yōu)先考慮 你不簡單說說是否加酶切位點(diǎn)和保護(hù)堿基的，即使想幫你分析Tm，G值之類的也不太好下手。 所以說要問好一個問題也很重要啊~~~~~~~ 坐完沙發(fā)飄走~請無視 [ Last edited by zjzz on 2010-4-29 at 00:53 ] |
2樓2010-04-29 00:36:25
★ ★ ★
pidou213(金幣+1):可否繼續(xù)幫忙 2010-04-29 01:16
plantaqp(金幣+3): 2010-04-29 04:36
pidou213(金幣+1):可否繼續(xù)幫忙 2010-04-29 01:16
plantaqp(金幣+3): 2010-04-29 04:36
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引物末端的堿基不太好，且太長 5‘-GTTGAACGACTGGGTCAGTTAACAGGAGCA Tm=72.48 GC=50% 5’-GCCAAGGCCAAACACAGCATAATTCAAACCAGT Tm=77 GC=45% 對于RACE，Tm值還行，GC含量第二條不合適，且兩條引物太長，23-28bp即可，避免引物3'最末端5個堿基中GC不要超過2個，3‘最末一個堿基不要是G,不要問我為什么？這是經(jīng)驗(yàn)，此外你用primerprimer5設(shè)計引物的時候不要擔(dān)心錯配的問題，置于擴(kuò)增的產(chǎn)物的長度，你可以通過自己已有的序列翻譯成蛋白質(zhì)去blast，根據(jù)相似蛋白到5’或3‘的長度確定目的片段的長度即氨基酸乘以3，然后再加500bp左右的非翻譯區(qū)即可 |
3樓2010-04-29 00:47:30
pidou213
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susizheng
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9樓2010-04-29 18:41:34
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10樓2010-04-29 18:41:47
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