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pidou213木蟲 (正式寫手)
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[交流]
【求助/交流】幫忙查看引物是否合適 已有5人參與
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5‘-GTTGAACGACTGGGTCAGTTAACAGGAGCA 5’-GCCAAGGCCAAACACAGCATAATTCAAACCAGT 我的意思是想讓蟲友們幫忙看看： 1、GC含量 2、Tm值可否合適 3、3‘端有沒有問題 4、每一條引物自身的發(fā)卡結(jié)構(gòu)嚴重否？ 5、第一條引物后面的A會不會產(chǎn)生錯配？ 謝謝 請詳細解釋一下，謝謝�。�！急求高手解決 [ Last edited by pidou213 on 2010-4-29 at 01:18 ] |
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pidou213(金幣+1):可否繼續(xù)幫忙 2010-04-29 01:16
plantaqp(金幣+3): 2010-04-29 04:36
pidou213(金幣+1):可否繼續(xù)幫忙 2010-04-29 01:16
plantaqp(金幣+3): 2010-04-29 04:36
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引物末端的堿基不太好，且太長 5‘-GTTGAACGACTGGGTCAGTTAACAGGAGCA Tm=72.48 GC=50% 5’-GCCAAGGCCAAACACAGCATAATTCAAACCAGT Tm=77 GC=45% 對于RACE，Tm值還行，GC含量第二條不合適，且兩條引物太長，23-28bp即可，避免引物3'最末端5個堿基中GC不要超過2個，3‘最末一個堿基不要是G,不要問我為什么？這是經(jīng)驗，此外你用primerprimer5設(shè)計引物的時候不要擔(dān)心錯配的問題，置于擴增的產(chǎn)物的長度，你可以通過自己已有的序列翻譯成蛋白質(zhì)去blast，根據(jù)相似蛋白到5’或3‘的長度確定目的片段的長度即氨基酸乘以3，然后再加500bp左右的非翻譯區(qū)即可 |
3樓2010-04-29 00:47:30
zjzz
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2樓2010-04-29 00:36:25
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4樓2010-04-29 01:14:02
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5樓2010-04-29 01:16:18
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