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feitianrenwo木蟲 (著名寫手)
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[交流]
【求助/交流】求助基因克隆方面的問題解決方案 已有10人參與
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求助基因克隆方面的問題解決方案 本人正在克隆一個(gè)微生物的一個(gè)基因,設(shè)計(jì)簡(jiǎn)并引物擴(kuò)增基因組DNA,獲得了幾個(gè)DNA片段,在NCBI里比對(duì),與一些微生物的同源性達(dá)到80%以上,我想知道有了這些DNA片段的序列,如何知道相應(yīng)的氨基酸序列呢?然后如何得到該基因的全長(zhǎng)?(已經(jīng)知道沒有內(nèi)含子) |
| 有了DNA序列如何知道相應(yīng)的aa氨基酸序列?翻譯啊,無(wú)論是什么序列,只要是功能基因,那么只有一個(gè)閱讀框是正確的,你可以正向反向翻譯,去掉一個(gè)堿基再翻譯,去掉兩個(gè)堿基再翻譯,在翻譯中不中斷的序列即是正確的閱讀框,拿翻譯的結(jié)果去做蛋白質(zhì)blast |
木蟲 (著名寫手)
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首先樓主要說明白,獲得的片段是從頭到尾的,還是只是一部分,就是說樓主要說明白引物是怎么設(shè)計(jì)的,在什么位置設(shè)計(jì)的,明確這一點(diǎn)的目的是要知道是否包含完整的閱讀框。 如果樓主PCR所用引物比較靠近兩端,就是說基本能包含完整的閱讀框,那么直接使用NCBI的ORF fineder就可以了,可以直接找到整個(gè)開放閱讀框,并且翻譯出氨基酸序列,包含起始密碼子和終止密碼子 |
木蟲 (著名寫手)
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