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feitianrenwo木蟲 (著名寫手)
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[交流]
【求助/交流】求助基因克隆方面的問題解決方案 已有10人參與
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求助基因克隆方面的問題解決方案 本人正在克隆一個微生物的一個基因，設計簡并引物擴增基因組DNA，獲得了幾個DNA片段，在NCBI里比對，與一些微生物的同源性達到80%以上，我想知道有了這些DNA片段的序列，如何知道相應的氨基酸序列呢？然后如何得到該基因的全長？（已經(jīng)知道沒有內(nèi)含子） |
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2樓2010-05-14 19:57:24
yujiaping1
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首先樓主要說明白，獲得的片段是從頭到尾的，還是只是一部分，就是說樓主要說明白引物是怎么設計的，在什么位置設計的，明確這一點的目的是要知道是否包含完整的閱讀框。 如果樓主PCR所用引物比較靠近兩端，就是說基本能包含完整的閱讀框，那么直接使用NCBI的ORF fineder就可以了，可以直接找到整個開放閱讀框，并且翻譯出氨基酸序列，包含起始密碼子和終止密碼子 |
3樓2010-05-14 20:39:21
feitianrenwo
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4樓2010-05-15 09:52:57
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6樓2010-05-15 10:59:30
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feitianrenwo(金幣+1): 2010-05-16 09:44:11
| 恩，8k是有點難弄的，需要摸摸條件，不是一次性就能很順利出來的。當然根據(jù)同源保守序列設計的引物跑出來的產(chǎn)物也不一定對的，需要不斷的測序，上ncbi比對，如果比對結(jié)果和預期相符再考慮race或walking，沒有全基因組或轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)拿全長是需要花費不少時間的，特別是你這么長的序列。當然你說的翻譯啥的不用考慮太多吧，直接上blastx，tblastx等就會自動幫你翻譯去比對蛋白了，這個不是問題，關(guān)鍵是先要保證p出來的片段測序后是自己需要的目的基因上的，才能往下繼續(xù)調(diào)整后獲取全長 |
10樓2010-05-15 21:23:42
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