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zouting

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[交流] 【求助/交流】NCBI blast 具體已有5人參與

鑒定細(xì)菌，提取DNA，PCR擴(kuò)增16s rRNA并測(cè)序得到序列，要NCBI blast 搜索，不知道用BLAST Assembled Genomes，還是Basic BLAST？如果選前者，請(qǐng)具體說(shuō)明一下怎么操作。如果用后者的nucleotide blast，Choose Search Set中的Database應(yīng)該選哪一個(gè)呀？謝謝了。

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NCBI blast 結(jié)果一些參數(shù)的含義求高手指點(diǎn) 已經(jīng)有12人回復(fù)

1樓 2010-06-12 16:57:37

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jiyawei

銀蟲(chóng) (初入文壇)

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9樓2014-02-22 00:26:06

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mazhenning

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scelab(金幣+2):你最好弄幾張圖上來(lái)，呵呵 2010-06-12 22:56:15
zouting(金幣+1):是搜索序列相似性最高的，謝謝 2010-06-14 08:58:55

是二者比對(duì)，還是從數(shù)據(jù)庫(kù)中搜索與你的序列相似性最高的？
如果是后者，到NCBI的blast頁(yè)面，選擇nucleotide blast，數(shù)據(jù)庫(kù)選others，也就是（nr/nt）.
不知道我有沒(méi)有理解你的意思，呵呵。

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2樓2010-06-12 22:25:58

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dhmdddd

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zouting(金幣+1): 2010-06-14 08:56:54
lstt09nk(金幣+1):很熱心~~ 2010-06-14 21:56:17

論壇里好象有怎么用NCBI的中文版，你搜下了，如果不行的話你的郵箱？給你發(fā)過(guò)去！！

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上班族，學(xué)習(xí)ing……

3樓2010-06-13 10:12:35

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引用回帖:

Originally posted by mazhenning at 2010-06-12 22:25:58:
是二者比對(duì)，還是從數(shù)據(jù)庫(kù)中搜索與你的序列相似性最高的？
如果是后者，到NCBI的blast頁(yè)面，選擇nucleotide blast，數(shù)據(jù)庫(kù)選others，也就是（nr/nt）.
不知道我有沒(méi)有理解你的意思，呵呵。

比對(duì)過(guò)了，看來(lái)是我提的不純或者是引物特異性還不夠，比對(duì)出來(lái)好多都是99%的

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4樓2010-06-14 09:06:28

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